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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12827 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the mini-RNA-guided endonuclease CRISPR-Cas_phi3 | |||||||||||||||
マップデータ | map 3 different conformation | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | CRISPR-Cas / RNA-guided endonuclease / R-loop / RNA BINDING PROTEIN | |||||||||||||||
生物種 | Phage (ファージ) / synthetic construct (人工物) / Phage #D (ファージ) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Carabias del Rey A / Fugilsang A / Montoya G | |||||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structure of the mini-RNA-guided endonuclease CRISPR-Cas12j3. 著者: Arturo Carabias / Anders Fuglsang / Piero Temperini / Tillmann Pape / Nicholas Sofos / Stefano Stella / Simon Erlendsson / Guillermo Montoya / 要旨: CRISPR-Cas12j is a recently identified family of miniaturized RNA-guided endonucleases from phages. These ribonucleoproteins provide a compact scaffold gathering all key activities of a genome ...CRISPR-Cas12j is a recently identified family of miniaturized RNA-guided endonucleases from phages. These ribonucleoproteins provide a compact scaffold gathering all key activities of a genome editing tool. We provide the first structural insight into the Cas12j family by determining the cryoEM structure of Cas12j3/R-loop complex after DNA cleavage. The structure reveals the machinery for PAM recognition, hybrid assembly and DNA cleavage. The crRNA-DNA hybrid is directed to the stop domain that splits the hybrid, guiding the T-strand towards the catalytic site. The conserved RuvC insertion is anchored in the stop domain and interacts along the phosphate backbone of the crRNA in the hybrid. The assembly of a hybrid longer than 12-nt activates catalysis through key functional residues in the RuvC insertion. Our findings suggest why Cas12j unleashes unspecific ssDNA degradation after activation. A site-directed mutagenesis analysis supports the DNA cutting mechanism, providing new avenues to redesign CRISPR-Cas12j nucleases for genome editing. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12827.map.gz | 57.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12827-v30.xml emd-12827.xml | 21.5 KB 21.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12827_fsc.xml | 11.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12827.png | 117.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12827.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_12827_additional_1.map.gz emd_12827_additional_2.map.gz | 57.6 MB 54.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12827 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12827 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12827_validation.pdf.gz | 493.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12827_full_validation.pdf.gz | 493.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12827_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12827_validation.cif.gz | 14.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12827 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12827 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12827.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | map 3 different conformation | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.832 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_12827_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: map 2 different conformation
ファイル | emd_12827_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | map 2 different conformation | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : cas_phi/R-loop complex
+超分子 #1: cas_phi/R-loop complex
+超分子 #2: Cas_phi3
+超分子 #3: DNA and RNA
+分子 #1: Cas_phi3
+分子 #2: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*TP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*CP*AP*GP*CP*TP*GP...
+分子 #3: DNA (5'-D(P*GP*TP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*G)-3')
+分子 #4: DNA (5'-D(P*GP*G)-3')
+分子 #5: RNA (43-MER)
+分子 #6: NICKEL (II) ION
+分子 #7: ZINC ION
+分子 #8: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.05 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |