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- EMDB-12450: RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12450
タイトルRNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure
マップデータMap D
試料
  • 複合体: Complex of RNA polymerase II-Spt4/5-FACT-nucleosome
    • 複合体: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
      • RNA: x 1種
    • 複合体: DNA (138-MER)
      • DNA: x 1種
    • 複合体: DNA (148-MER)
      • DNA: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Chromatin elongation factor SPT4
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Transcription elongation factor SPT5
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: FACT complex subunit POB3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: FACT complex subunit SPT16
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Histone H2B 1.1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードChromatin / nucleosome / elongation / histone chaperone / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of sister chromatid cohesion / FACT complex / regulation of chromatin organization / DSIF complex / nucleosome organization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RPB4-RPB7 complex / replication fork protection complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay ...Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / regulation of sister chromatid cohesion / FACT complex / regulation of chromatin organization / DSIF complex / nucleosome organization / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RPB4-RPB7 complex / replication fork protection complex / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / termination of RNA polymerase II transcription / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / : / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / : / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase II complex binding / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription by RNA polymerase I / Estrogen-dependent gene expression / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / transcription by RNA polymerase III / chromosome, centromeric region / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / positive regulation of translational initiation / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase III activity / RNA polymerase II, core complex / tRNA transcription by RNA polymerase III / translesion synthesis / RNA polymerase I activity / RNA polymerase II activity / nucleosome binding / translation initiation factor binding / regulation of DNA-templated transcription elongation / DNA-templated transcription initiation / transcription elongation by RNA polymerase II / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / P-body / DNA-templated DNA replication / ribonucleoside binding / mRNA processing / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cytoplasmic stress granule / structural constituent of chromatin / peroxisome / nucleosome / nucleosome assembly / ribosome biogenesis / chromatin organization / chromosome / single-stranded DNA binding / DNA replication / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / protein heterodimerization activity / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / FACT complex subunit Spt16 domain ...: / FACT complex subunit SPT16, C-terminal domain / FACT complex subunit Spt16, peptidase M24-like domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3 / SSRP1, dimerization domain / FACT complex subunit SSRP1/POB3, N-terminal PH domain / SSRP1 domain superfamily / Structure-specific recognition protein (SSRP1) / POB3-like N-terminal PH domain / FACT complex subunit Spt16 domain / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit (SPT16/CDC68) / FACT complex subunit Spt16, N-terminal lobe domain / FACT complex subunit Spt16 / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / FACT complex subunit SPT16 N-terminal lobe domain / Histone chaperone RTT106/FACT complex subunit SPT16-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like, middle domain / Histone chaperone Rttp106-like / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5 C-terminal domain / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / DNA-directed RNA polymerase II subunit Rpb4-like / RNA polymerase Rpb4/RPC9, core / DNA-directed RNA-polymerase II subunit / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / Rpb4/RPC9 superfamily / Pol II subunit B9, C-terminal zinc ribbon / RNA polymerase RBP11 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase subunit Rpb7-like / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
FACT complex subunit POB3 / Transcription elongation factor SPT4 / Transcription elongation factor SPT5 / Histone H2B 1.1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Histone H2A type 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 ...FACT complex subunit POB3 / Transcription elongation factor SPT4 / Transcription elongation factor SPT5 / Histone H2B 1.1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Histone H2A type 1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / FACT complex subunit SPT16 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / Histone H4 / Histone H3.2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / synthetic RNA (人工物) / synthetic construct (人工物) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Farnung L / Ochmann M
資金援助European Union, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)693023European Union
German Research Foundation (DFG)EXC 2067/1- 390729940 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SPP2191 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of nucleosome transcription mediated by Chd1 and FACT.
著者: Lucas Farnung / Moritz Ochmann / Maik Engeholm / Patrick Cramer /
要旨: Efficient transcription of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes requires the help of various factors. Here we show biochemically that Pol II transcription through a nucleosome is ...Efficient transcription of RNA polymerase II (Pol II) through nucleosomes requires the help of various factors. Here we show biochemically that Pol II transcription through a nucleosome is facilitated by the chromatin remodeler Chd1 and the histone chaperone FACT when the elongation factors Spt4/5 and TFIIS are present. We report cryo-EM structures of transcribing Saccharomyces cerevisiae Pol II-Spt4/5-nucleosome complexes with bound Chd1 or FACT. In the first structure, Pol II transcription exposes the proximal histone H2A-H2B dimer that is bound by Spt5. Pol II has also released the inhibitory DNA-binding region of Chd1 that is poised to pump DNA toward Pol II. In the second structure, Pol II has generated a partially unraveled nucleosome that binds FACT, which excludes Chd1 and Spt5. These results suggest that Pol II progression through a nucleosome activates Chd1, enables FACT binding and eventually triggers transfer of FACT together with histones to upstream DNA.
履歴
登録2021年2月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.003
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  • 原子モデル: PDB-7nky
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12450.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12450.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map D
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0023 / ムービー #1: 0.003
最小 - 最大-0.013783644 - 0.04139818
平均 (標準偏差)-0.00009490438 (±0.0008007424)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.000420.000420.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0140.041-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RNA polymerase II-Spt4/5-FACT-nucleosome

全体名称: Complex of RNA polymerase II-Spt4/5-FACT-nucleosome
要素
  • 複合体: Complex of RNA polymerase II-Spt4/5-FACT-nucleosome
    • 複合体: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
    • 複合体: DNA (138-MER)
      • DNA: DNA (138-MER)
    • 複合体: DNA (148-MER)
      • DNA: DNA (148-MER)
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
    • 複合体: Chromatin elongation factor SPT4
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin elongation factor SPT4
    • 複合体: Transcription elongation factor SPT5
      • タンパク質・ペプチド: Transcription elongation factor SPT5
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
    • 複合体: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
    • 複合体: FACT complex subunit POB3
      • タンパク質・ペプチド: FACT complex subunit POB3
    • 複合体: FACT complex subunit SPT16
      • タンパク質・ペプチド: FACT complex subunit SPT16
    • 複合体: Histone H3.2
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.2
    • 複合体: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • 複合体: Histone H2A type 1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1
    • 複合体: Histone H2B 1.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B 1.1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Complex of RNA polymerase II-Spt4/5-FACT-nucleosome

超分子名称: Complex of RNA polymerase II-Spt4/5-FACT-nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#23

+
超分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')

超分子名称: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

+
超分子 #3: DNA (138-MER)

超分子名称: DNA (138-MER) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

+
超分子 #4: DNA (148-MER)

超分子名称: DNA (148-MER) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3

+
超分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

超分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #7
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #9: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

超分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #8
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

超分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #11: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: complex / ID: 11 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

超分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: complex / ID: 12 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11

+
超分子 #13: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: complex / ID: 13 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #12
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #14: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

超分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: complex / ID: 14 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #15: Chromatin elongation factor SPT4

超分子名称: Chromatin elongation factor SPT4 / タイプ: complex / ID: 15 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #16: Transcription elongation factor SPT5

超分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: complex / ID: 16 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #17: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: complex / ID: 17 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #16
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #18: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

超分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: complex / ID: 18 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #17
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #19: FACT complex subunit POB3

超分子名称: FACT complex subunit POB3 / タイプ: complex / ID: 19 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #18
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #20: FACT complex subunit SPT16

超分子名称: FACT complex subunit SPT16 / タイプ: complex / ID: 20 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #19
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
超分子 #21: Histone H3.2

超分子名称: Histone H3.2 / タイプ: complex / ID: 21 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #20
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #22: Histone H4

超分子名称: Histone H4 / タイプ: complex / ID: 22 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #21
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #23: Histone H2A type 1

超分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: complex / ID: 23 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #22
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
超分子 #24: Histone H2B 1.1

超分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: complex / ID: 24 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #23
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

+
分子 #1: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*UP*UP*UP*AP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*CP*UP*G)-3')
タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic RNA (人工物)
分子量理論値: 4.913807 KDa
配列文字列:
UCUUUUAUUU UUUCUG

+
分子 #2: DNA (138-MER)

分子名称: DNA (138-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 42.792227 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG) ...文字列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC) (DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC) (DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC) (DT)(DG)(DT)(DC) (DT)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DC)(DT) (DC)(DG)(DG)(DC) (DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DG)(DA)(DT)

+
分子 #3: DNA (148-MER)

分子名称: DNA (148-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.537082 KDa
配列文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT) ...文字列:
(DA)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DG)(DA)(DT)(DA)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC) (DT)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA)(DG)

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 191.821578 KDa
配列文字列: MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG ...文字列:
MVGQQYSSAP LRTVKEVQFG LFSPEEVRAI SVAKIRFPET MDETQTRAKI GGLNDPRLGS IDRNLKCQTC QEGMNECPGH FGHIDLAKP VFHVGFIAKI KKVCECVCMH CGKLLLDEHN ELMRQALAIK DSKKRFAAIW TLCKTKMVCE TDVPSEDDPT Q LVSRGGCG NTQPTIRKDG LKLVGSWKKD RATGDADEPE LRVLSTEEIL NIFKHISVKD FTSLGFNEVF SRPEWMILTC LP VPPPPVR PSISFNESQR GEDDLTFKLA DILKANISLE TLEHNGAPHH AIEEAESLLQ FHVATYMDND IAGQPQALQK SGR PVKSIR ARLKGKEGRI RGNLMGKRVD FSARTVISGD PNLELDQVGV PKSIAKTLTY PEVVTPYNID RLTQLVRNGP NEHP GAKYV IRDSGDRIDL RYSKRAGDIQ LQYGWKVERH IMDNDPVLFN RQPSLHKMSM MAHRVKVIPY STFRLNLSVT SPYNA DFDG DEMNLHVPQS EETRAELSQL CAVPLQIVSP QSNKPCMGIV QDTLCGIRKL TLRDTFIELD QVLNMLYWVP DWDGVI PTP AIIKPKPLWS GKQILSVAIP NGIHLQRFDE GTTLLSPKDN GMLIIDGQII FGVVEKKTVG SSNGGLIHVV TREKGPQ VC AKLFGNIQKV VNFWLLHNGF STGIGDTIAD GPTMREITET IAEAKKKVLD VTKEAQANLL TAKHGMTLRE SFEDNVVR F LNEARDKAGR LAEVNLKDLN NVKQMVMAGS KGSFINIAQM SACVGQQSVE GKRIAFGFVD RTLPHFSKDD YSPESKGFV ENSYLRGLTP QEFFFHAMGG REGLIDTAVK TAETGYIQRR LVKALEDIMV HYDNTTRNSL GNVIQFIYGE DGMDAAHIEK QSLDTIGGS DAAFEKRYRV DLLNTDHTLD PSLLESGSEI LGDLKLQVLL DEEYKQLVKD RKFLREVFVD GEANWPLPVN I RRIIQNAQ QTFHIDHTKP SDLTIKDIVL GVKDLQENLL VLRGKNEIIQ NAQRDAVTLF CCLLRSRLAT RRVLQEYRLT KQ AFDWVLS NIEAQFLRSV VHPGEMVGVL AAQSIGEPAT QMTLNTFHFA GVASKKVTSG VPRLKEILNV AKNMKTPSLT VYL EPGHAA DQEQAKLIRS AIEHTTLKSV TIASEIYYDP DPRSTVIPED EEIIQLHFSL LDEEAEQSFD QQSPWLLRLE LDRA AMNDK DLTMGQVGER IKQTFKNDLF VIWSEDNDEK LIIRCRVVRP KSLDAETEAE EDHMLKKIEN TMLENITLRG VENIE RVVM MKYDRKVPSP TGEYVKEPEW VLETDGVNLS EVMTVPGIDP TRIYTNSFID IMEVLGIEAG RAALYKEVYN VIASDG SYV NYRHMALLVD VMTTQGGLTS VTRHGFNRSN TGALMRCSFE ETVEILFEAG ASAELDDCRG VSENVILGQM APIGTGA FD VMIDEESLVK YMPEQKITEI EDGQDGGVTP YSNESGLVNA DLDVKDELMF SPLVDSGSND AMAGGFTAYG GADYGEAT S PFGAYGEAPT SPGFGVSSPG FSPTSPTYSP TSPAYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSYS PTSPSYSPTS PSYSPTSPSY SPTSPSYSPT SPSYSPTSPA YSPTSPSYSP TSPSYSPTSP SYSPTSPSY SPTSPNYSPT SPSYSPTSPG YSPGSPAYSP KQDEQKHNEN ENSR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 138.937297 KDa
配列文字列: MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG ...文字列:
MSDLANSEKY YDEDPYGFED ESAPITAEDS WAVISAFFRE KGLVSQQLDS FNQFVDYTLQ DIICEDSTLI LEQLAQHTTE SDNISRKYE ISFGKIYVTK PMVNESDGVT HALYPQEARL RNLTYSSGLF VDVKKRTYEA IDVPGRELKY ELIAEESEDD S ESGKVFIG RLPIMLRSKN CYLSEATESD LYKLKECPFD MGGYFIINGS EKVLIAQERS AGNIVQVFKK AAPSPISHVA EI RSALEKG SRFISTLQVK LYGREGSSAR TIKATLPYIK QDIPIVIIFR ALGIIPDGEI LEHICYDVND WQMLEMLKPC VED GFVIQD RETALDFIGR RGTALGIKKE KRIQYAKDIL QKEFLPHITQ LEGFESRKAF FLGYMINRLL LCALDRKDQD DRDH FGKKR LDLAGPLLAQ LFKTLFKKLT KDIFRYMQRT VEEAHDFNMK LAINAKTITS GLKYALATGN WGEQKKAMSS RAGVS QVLN RYTYSSTLSH LRRTNTPIGR DGKLAKPRQL HNTHWGLVCP AETPEGQACG LVKNLSLMSC ISVGTDPMPI ITFLSE WGM EPLEDYVPHQ SPDATRVFVN GVWHGVHRNP ARLMETLRTL RRKGDINPEV SMIRDIREKE LKIFTDAGRV YRPLFIV ED DESLGHKELK VRKGHIAKLM ATEYQDIEGG FEDVEEYTWS SLLNEGLVEY IDAEEEESIL IAMQPEDLEP AEANEEND L DVDPAKRIRV SHHATTFTHC EIHPSMILGV AASIIPFPDH NQSPRNTYQS AMGKQAMGVF LTNYNVRMDT MANILYYPQ KPLGTTRAME YLKFRELPAG QNAIVAIACY SGYNQEDSMI MNQSSIDRGL FRSLFFRSYM DQEKKYGMSI TETFEKPQRT NTLRMKHGT YDKLDDDGLI APGVRVSGED VIIGKTTPIS PDEEELGQRT AYHSKRDAST PLRSTENGIV DQVLVTTNQD G LKFVKVRV RTTKIPQIGD KFASRHGQKG TIGITYRRED MPFTAEGIVP DLIINPHAIP SRMTVAHLIE CLLSKVAALS GN EGDASPF TDITVEGISK LLREHGYQSR GFEVMYNGHT GKKLMAQIFF GPTYYQRLRH MVDDKIHARA RGPMQVLTRQ PVE GRSRDG GLRFGEMERD CMIAHGAASF LKERLMEASD AFRVHICGIC GLMTVIAKLN HNQFECKGCD NKIDIYQIHI PYAA KLLFQ ELMAMNITPR LYTDRSRDF

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB2

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 35.330457 KDa
配列文字列: MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCE DHCDKCSVVL TLQAFGESES TTNVYSKDLV IVSNLMGRNI GHPIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA K KGIAKEHA ...文字列:
MSEEGPQVKI REASKDNVDF ILSNVDLAMA NSLRRVMIAE IPTLAIDSVE VETNTTVLAD EFIAHRLGLI PLQSMDIEQL EYSRDCFCE DHCDKCSVVL TLQAFGESES TTNVYSKDLV IVSNLMGRNI GHPIIQDKEG NGVLICKLRK GQELKLTCVA K KGIAKEHA KWGPAAAIEF EYDPWNKLKH TDYWYEQDSA KEWPQSKNCE YEDPPNEGDP FDYKAQADTF YMNVESVGSI PV DQVVVRG IDTLQKKVAS ILLALTQMDQ DKVNFASGDN NTASNMLGSN EDVMMTGAEQ DPYSNASQMG NTGSGGYDNA W

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 25.117094 KDa
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY ...文字列:
MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY RLKESQLPRI QRADPVALYL GLKRGEVVKI IRKSETSGRY ASYRICM

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 17.931834 KDa
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 16.525363 KDa
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG GLLMRLEGNY RNLNNLKQEN AYLLIRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 14.308161 KDa
配列文字列:
MTTFRFCRDC NNMLYPREDK ENNRLLFECR TCSYVEEAGS PLVYRHELIT NIGETAGVVQ DIGSDPTLPR SDRECPKCHS RENVFFQSQ QRRKDTSMVL FFVCLSCSHI FTSDQKNKRT QFS

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 8.290732 KDa
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 13.633493 KDa
配列文字列:
MNAPDRFELF LLGEGESKLK IDPDTKAPNA VVITFEKEDH TLGNLIRAEL LNDRKVLFAA YKVEHPFFAR FKLRIQTTEG YDPKDALKN ACNSIINKLG ALKTNFETEW NLQTLAADDA F

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 7.729969 KDa
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #14: Chromatin elongation factor SPT4

分子名称: Chromatin elongation factor SPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 11.168772 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSSERACMLC GIVQTTNEFN RDGCPNCQGI FEEAGVSTME CTSPSFEGLV GMCKPTKSWV AKWLSVDHSI AGMYAIKVDG RLPAEVVEL LPHYKPRDGS QVE

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT4

+
分子 #15: Transcription elongation factor SPT5

分子名称: Transcription elongation factor SPT5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 115.929109 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSDNSDTNVS MQDHDQQFAD PVVVPQSTDT KDENTSDKDT VDSGNVTTTE STERAESTSN IPPLDGEEKE AKSEPQQPED NAETAATEQ VSSSNGPATD DAQATLNTDS SEANEIVKKE EGSDERKRPR EEDTKNSDGD TKDEGDNKDE DDDEDDDDDD D DEDDDDEA ...文字列:
MSDNSDTNVS MQDHDQQFAD PVVVPQSTDT KDENTSDKDT VDSGNVTTTE STERAESTSN IPPLDGEEKE AKSEPQQPED NAETAATEQ VSSSNGPATD DAQATLNTDS SEANEIVKKE EGSDERKRPR EEDTKNSDGD TKDEGDNKDE DDDEDDDDDD D DEDDDDEA PTKRRRQERN RFLDIEAEVS DDEDEDEDEE DSELVREGFI THGDDEDDEA SAPGARRDDR LHRQLDQDLN KT SEEDAQR LAKELRERYG RSSSKQYRAA AQDGYVPQRF LLPSVDTATI WGVRCRPGKE KELIRKLLKK KFNLDRAMGK KKL KILSIF QRDNYTGRIY IEAPKQSVIE KFCNGVPDIY ISQKLLIPVQ ELPLLLKPNL SDDVALEEGS YVRIKRGIYK GDLA MVDQI SENNLEVMLK IVPRLDYGKF DEIDPTTQQR KSRRPTFAHR APPQLFNPTM ALRLDQANLY KRDDRHFTYK NEDYI DGYL YKSFRIQHVE TKNIQPTVEE LARFGSKEGA VDLTSVSQSI KKAQAAKVTF QPGDRIEVLN GEQRGSKGIV TRTTKD IAT IKLNGFTTPL EFPISTLRKI FEPGDHVTVI NGEHQGDAGL VLMVEQGQVT FMSTQTSREV TITANNLSKS IDTTATS SE YALHDIVELS AKNVACIIQA GHDIFKVIDE TGKVSTITKG SILSKINTAR ARVSSVDANG NEIKIGDTIV EKVGSRRE G QVLYIQTQQI FVVSKKIVEN AGVFVVNPSN VEAVASKDNM LSNKMDLSKM NPEIISKMGP PSSKTFQQPI QSRGGREVA LGKTVRIRSA GYKGQLGIVK DVNGDKATVE LHSKNKHITI DKHKLTYYNR EGGEGITYDE LVNRRGRVPQ ARMGPSYVSA PRNMATGGI AAGAAATSSG LSGGMTPGWS SFDGGKTPAV NAHGGSGGGG VSSWGGASTW GGQGNGGASA WGGAGGGASA W GGQGTGAT STWGGASAWG NKSSWGGAST WASGGESNGA MSTWGGTGDR SAYGGASTWG GNNNNKSTRD GGASAWGNQD DG NRSAWNN QGNKSNYGGN STWGGHF

UniProtKB: Transcription elongation factor SPT5

+
分子 #16: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 25.451191 KDa
配列文字列: MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK ...文字列:
MNVSTSTFQT RRRRLKKVEE EENAATLQLG QEFQLKQINH QGEEEELIAL NLSEARLVIK EALVERRRAF KRSQKKHKKK HLKHENAND ETTAVEDEDD DLDEDDVNAD DDDFMHSETR EKELESIDVL LEQTTGGNNK DLKNTMQYLT NFSRFRDQET V GAVIQLLK STGLHPFEVA QLGSLACDTA DEAKTLIPSL NNKISDDELE RILKELSNLE TLY

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4

+
分子 #17: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

分子名称: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 19.081053 KDa
配列文字列:
MFFIKDLSLN ITLHPSFFGP RMKQYLKTKL LEEVEGSCTG KFGYILCVLD YDNIDIQRGR ILPTDGSAEF NVKYRAVVFK PFKGEVVDG TVVSCSQHGF EVQVGPMKVF VTKHLMPQDL TFNAGSNPPS YQSSEDVITI KSRIRVKIEG CISQVSSIHA I GSIKEDYL GAI

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

+
分子 #18: FACT complex subunit POB3

分子名称: FACT complex subunit POB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ5464
分子量理論値: 63.068594 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSTDFDRIYL NQSKFSGRFR IADSGLGWKI STSGGSAANQ ARKPFLLPAT ELSTVQWSRG CRGYDLKINT KNQGVIQLDG FSQDDYNLI KNDFHRRFNI QVEQREHSLR GWNWGKTDLA RNEMVFALNG KPTFEIPYAR INNTNLTSKN EVGIEFNIQD E EYQPAGDE ...文字列:
MSTDFDRIYL NQSKFSGRFR IADSGLGWKI STSGGSAANQ ARKPFLLPAT ELSTVQWSRG CRGYDLKINT KNQGVIQLDG FSQDDYNLI KNDFHRRFNI QVEQREHSLR GWNWGKTDLA RNEMVFALNG KPTFEIPYAR INNTNLTSKN EVGIEFNIQD E EYQPAGDE LVEMRFYIPG VIQTNVDENM TKKEESSNEV VPKKEDGAEG EDVQMAVEEK SMAEAFYEEL KEKADIGEVA GD AIVSFQD VFFTTPRGRY DIDIYKNSIR LRGKTYEYKL QHRQIQRIVS LPKADDIHHL LVLAIEPPLR QGQTTYPFLV LQF QKDEET EVQLNLEDED YEENYKDKLK KQYDAKTHIV LSHVLKGLTD RRVIVPGEYK SKYDQCAVSC SFKANEGYLY PLDN AFFFL TKPTLYIPFS DVSMVNISRA GQTSTSSRTF DLEVVLRSNR GSTTFANISK EEQQLLEQFL KSKNLRVKNE DREVQ ERLQ TALGSDSDEE DINMGSAGED DESVDEDFQV SSDNDADEVA EEFDSDAALS DAEGGSDEER PSKKPKVE

UniProtKB: FACT complex subunit POB3

+
分子 #19: FACT complex subunit SPT16

分子名称: FACT complex subunit SPT16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: BJ5464
分子量理論値: 118.776984 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEELNIDFDV FKKRIELLYS KYNEFEGSPN SLLFVLGSSN AENPYQKTTI LHNWLLSYEF PATLIALVPG KVIIITSSAK AKHLQKAID LFKDPESKIT LELWQRNNKE PELNKKLFDD VIALINSAGK TVGIPEKDSY QGKFMTEWNP VWEAAVKENE F NVIDISLG ...文字列:
MEELNIDFDV FKKRIELLYS KYNEFEGSPN SLLFVLGSSN AENPYQKTTI LHNWLLSYEF PATLIALVPG KVIIITSSAK AKHLQKAID LFKDPESKIT LELWQRNNKE PELNKKLFDD VIALINSAGK TVGIPEKDSY QGKFMTEWNP VWEAAVKENE F NVIDISLG LSKVWEVKDV NEQAFLSVSS KGSDKFMDLL SNEMVRAVDE ELKITNAKLS DKIENKIDDV KFLKQLSPDL SA LCPPNYK FNFDLLDWTY SPIIQSGKKF DLRVSARSTN DQLYGNGCIL ASCGIRYNNY CSNITRTFLI DPSEEMANNY DFL LTLQKE IVTNILKPGR TPKEVYESVI EYIEKTKPEL VPNFTKNIGS LIGLEFRDSN FILNVKNDYR KIQRGDCFNI SFGF NNLKD SQSANNYALQ LADTVQIPLD ETEPPRFLTN YTKAKSQISF YFNNEEEDNN KKKSSPATKV PSKPDRNSKI LRTKL RGEA RGGAEDAQKE QIRKENQKKL HEKLEKNGLL RFSAADANGP DSEPRQYFKK YESYVRDSQL PTNIRDLRIH VDWKSQ TII LPIYGRPVPF HINSYKNGSK NEEGEYTYLR LNFNSPGSSG GISKKVEELP YEESADNQFV RSITLRSKDG DRMSETF KQ IADLKKEATK REQERKALAD VVQQDKLIEN KTGRTKRLDQ IFVRPNPDTK RVPSTVFIHE NGIRFQSPLR TDSRIDIL F SNIKNLIFQS CKGELIVVIH IHLKNPILMG KKKIQDVQFY REASDMSVDE TGGGRRGQSR FRRYGDEDEL EQEQEERRK RAALDKEFKY FADAIAEASN GLLTVENTFR DLGFQGVPNR SAVFCMPTTD CLVQLIEPPF LVINLEEVEI CILERVQFGL KNFDMVFVY KDFNKPVTHI NTVPIESLDF LKQWLTDMDI PYTVSTINLN WATIMKSLQD DPYQFFLDGG WNFLATGSDD E ASDESEEE VSEYEASEDD VSDESAFSED EEGSEVDDDI SGDESEDYTG DESEEGEDWD ELEKKAARAD RGANFRD

UniProtKB: FACT complex subunit SPT16

+
分子 #20: Histone H3.2

分子名称: Histone H3.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 15.435126 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEASEA YLVALFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.2

+
分子 #21: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

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分子 #22: Histone H2A type 1

分子名称: Histone H2A type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 14.109436 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK TRAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAVR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQSVLLPK KTESSKSAKS K

UniProtKB: Histone H2A type 1

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分子 #23: Histone H2B 1.1

分子名称: Histone H2B 1.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 13.655948 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAKSAPAPKK GSKKAVTKTQ KKDGKKRRKT RKESYAIYVY KVLKQVHPDT GISSKAMSIM NSFVNDVFER IAGEASRLAH YNKRSTITS REIQTAVRLL LPGELAKHAV SEGTKAVTKY TSAK

UniProtKB: Histone H2B 1.1

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分子 #24: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 9 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #25: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 47138
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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