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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12448 | |||||||||
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タイトル | diazaborine bound Drg1(AFG2) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein hexamerization / non-chaperonin molecular chaperone ATPase / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit biogenesis / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Prattes M / Hodirnau VV / Grishkovskaya I / Bergler H / Haselbach D | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis for inhibition of the AAA-ATPase Drg1 by diazaborine. 著者: Michael Prattes / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Ingrid Rössler / Isabella Klein / Christina Hetzmannseder / Gertrude Zisser / Christian C Gruber / Karl Gruber / David ...著者: Michael Prattes / Irina Grishkovskaya / Victor-Valentin Hodirnau / Ingrid Rössler / Isabella Klein / Christina Hetzmannseder / Gertrude Zisser / Christian C Gruber / Karl Gruber / David Haselbach / Helmut Bergler / 要旨: The hexameric AAA-ATPase Drg1 is a key factor in eukaryotic ribosome biogenesis and initiates cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit by releasing the shuttling maturation factor Rlp24. ...The hexameric AAA-ATPase Drg1 is a key factor in eukaryotic ribosome biogenesis and initiates cytoplasmic maturation of the large ribosomal subunit by releasing the shuttling maturation factor Rlp24. Drg1 monomers contain two AAA-domains (D1 and D2) that act in a concerted manner. Rlp24 release is inhibited by the drug diazaborine which blocks ATP hydrolysis in D2. The mode of inhibition was unknown. Here we show the first cryo-EM structure of Drg1 revealing the inhibitory mechanism. Diazaborine forms a covalent bond to the 2'-OH of the nucleotide in D2, explaining its specificity for this site. As a consequence, the D2 domain is locked in a rigid, inactive state, stalling the whole Drg1 hexamer. Resistance mechanisms identified include abolished drug binding and altered positioning of the nucleotide. Our results suggest nucleotide-modifying compounds as potential novel inhibitors for AAA-ATPases. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12448.map.gz | 48.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12448-v30.xml emd-12448.xml | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12448.png | 211.7 KB | ||
その他 | emd_12448_additional_1.map.gz emd_12448_additional_2.map.gz | 57.2 MB 57.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12448 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12448_validation.pdf.gz | 215 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12448_full_validation.pdf.gz | 214.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12448_validation.xml.gz | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12448_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12448 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12448 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7nkuMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10717 (タイトル: Single particle Data of diazaborine bound Drg1 Data size: 1.6 TB Data #1: Unaligned Multiframe micrographs of DRG1 bound to diazaborine. [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #2
ファイル | emd_12448_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_12448_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Drg1 (AFG2) bound to diazaborine
全体 | 名称: Drg1 (AFG2) bound to diazaborine |
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要素 |
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-超分子 #1: Drg1 (AFG2) bound to diazaborine
超分子 | 名称: Drg1 (AFG2) bound to diazaborine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: ATPase family gene 2 protein
分子 | 名称: ATPase family gene 2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-chaperonin molecular chaperone ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 84.850719 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAPKSSSSGS KKKSSASSNS ADAKASKFKL PAEFITRPHP SKDHGKETCT AYIHPNVLSS LEINPGSFCT VGKIGENGIL VIARAGDEE VHPVNVITLS TTIRSVGNLI LGDRLELKKA QVQPPYATKV TVGSLQGYNI LECMEEKVIQ KLLDDSGVIM P GMIFQNLK ...文字列: MAPKSSSSGS KKKSSASSNS ADAKASKFKL PAEFITRPHP SKDHGKETCT AYIHPNVLSS LEINPGSFCT VGKIGENGIL VIARAGDEE VHPVNVITLS TTIRSVGNLI LGDRLELKKA QVQPPYATKV TVGSLQGYNI LECMEEKVIQ KLLDDSGVIM P GMIFQNLK TKAGDESIDV VITDASDDSL PDVSQLDLNM DDMYGGLDNL FYLSPPFIFR KGSTHITFSK ETQANRKYNL PE PLSYAAV GGLDKEIESL KSAIEIPLHQ PTLFSSFGVS PPRGILLHGP PGTGKTMLLR VVANTSNAHV LTINGPSIVS KYL GETEAA LRDIFNEARK YQPSIIFIDE IDSIAPNRAN DDSGEVESRV VATLLTLMDG MGAAGKVVVI AATNRPNSVD PALR RPGRF DQEVEIGIPD VDARFDILTK QFSRMSSDRH VLDSEAIKYI ASKTHGYVGA DLTALCRESV MKTIQRGLGT DANID KFSL KVTLKDVESA MVDIRPSAMR EIFLEMPKVY WSDIGGQEEL KTKMKEMIQL PLEASETFAR LGISAPKGVL LYGPPG CSK TLTAKALATE SGINFLAVKG PEIFNKYVGE SERAIREIFR KARSAAPSII FFDEIDALSP DRDGSSTSAA NHVLTSL LN EIDGVEELKG VVIVAATNRP DEIDAALLRP GRLDRHIYVG PPDVNARLEI LKKCTKKFNT EESGVDLHEL ADRTEGYS G AEVVLLCQEA GLAAIMEDLD VAKVELRHFE KAFKGIARGI TPEMLSYYEE FALRSGSSS |
-分子 #2: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-分子 #3: 6-METHYL-2(PROPANE-1-SULFONYL)-2H-THIENO[3,2-D][1,2,3]DIAZABORINI...
分子 | 名称: 6-METHYL-2(PROPANE-1-SULFONYL)-2H-THIENO[3,2-D][1,2,3]DIAZABORININ-1-OL タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: TDB |
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分子量 | 理論値: 272.152 Da |
Chemical component information | ChemComp-TDB: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-7nku: |