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- EMDB-12318: Nematocida Huwe1 in closed conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12318
タイトルNematocida Huwe1 in closed conformation
マップデータ
試料
  • 複合体: Huwe1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1
キーワードHuwe1 / Nematocida / E3 Ligase / HECT / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


HECT-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF908 / E3 ubiquitin ligase, domain of unknown function DUF913 / Domain of Unknown Function (DUF908) / Domain of Unknown Function (DUF913) / : / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
HECT-type E3 ubiquitin transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Nematocida sp. ERTm5 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.29 Å
データ登録者Petrova O / Grishkovskaya I
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HUWE1: One ring to ubiquitinate them all
著者: Grabarrczyk DB / Petrova OA / Haselbach D / Kessler D / Clausen T
履歴
登録2021年2月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_12318.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00778
最小 - 最大-0.014308898 - 0.037869748
平均 (標準偏差)0.000018211138 (±0.0011707933)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12318_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_12318_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_12318_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Huwe1

全体名称: Huwe1
要素
  • 複合体: Huwe1
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

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超分子 #1: Huwe1

超分子名称: Huwe1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Nematocida sp. ERTm5 (菌類)
分子量理論値: 287 KDa

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase HUWE1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nematocida sp. ERTm5 (菌類)
分子量理論値: 287.751281 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKIERPMERR FSQPGKQISN TIKQLSNLPE EELPTYLNNI YEWRCAKTDL LYWVDVLDRF DEILKAVVTE YGLGQFQNKP MKESDKEMV YAILKFQKLL VENSSNKSMF SSFDVVEPFI YSFELDLAIE ALYLVSFFAS KIHIQRSIKT SMALMKMETL K TLIERVKE ...文字列:
MKIERPMERR FSQPGKQISN TIKQLSNLPE EELPTYLNNI YEWRCAKTDL LYWVDVLDRF DEILKAVVTE YGLGQFQNKP MKESDKEMV YAILKFQKLL VENSSNKSMF SSFDVVEPFI YSFELDLAIE ALYLVSFFAS KIHIQRSIKT SMALMKMETL K TLIERVKE KPQSMYTYYD ETTNNCKRVS IKKAVKKGIY SISDKMLPSQ EIRRFIHAIR LHEMAEQHEK LKIIRMLAFS AL VYYNYTD LPIDSEFISR DLPETLAIIN TESYQMREAA VTMIDAIFRM RIRHSAVIAA MNAQSHEGMI MNLLKKVVNE DVP EHFAIV FFNFLSSCFA SGPCVSALFS AGIVQYVCNT LRDQPDISYR KRMRLVMGAN TFLFTLPAPF TWFISENGIR ILSK ELLLA VDVALGNIKD HDLLMYINSI MKIISQLFKN AGTAEAMRGF LEGEFPRAIS LILFHSEEFT PSILAYLFSA VGDYI HNEP SNLPFIIEAG IFDGFVMCMK KELPESPDFL LELPNLIEAF FLNSELIKKI DEENILDRIF ESFEIVNLSN IILMYD IGR AYGIFLENLV RHYPIISLTV KEKIYNTMKN LESMIPNTDP ELMRLLLGNL FRMMHRAVYR KTTNNQLITD KGLLNNR II SMLMLIEIPT ETELYTDVMN ILMEVFDEDQ TYVISYIAKV IDRVMKNKVT LENIEKIKRI LLIVNYLIFK NEETCEEF I KHCTSKGFLQ IVKRISQYFD NLKKDTALVS VAKNESLTNL YYSFTMGILK TVYRYSKTNA KEYLKIFGLL VEDLLSKTE QIDHLYYTQR MHGLKNYIMV DKSPQQYPQK NEFVVTQEYL MGINLSETLM EHAKNSVSML KDEKITMDAH KKVVSSILEV LSIYVRGIK NLFVPVKEPK KKVCEIEEHV LIIVELLMDY IDKSSIEHLL NIVKTAFFVT LRKQITKEMD RENEGSAEYK R RNILGSFF ISVFLNLPKE ETEAVLKSDI FTILVKNKKT FKQVYNKNCF GLLQYAAIKE SRVFSHLVSF IPKMTKQVGA ST DPAFLKL YAVGLVFVAM RDTLKKTTVL SRFIGNIVFA ESTCPAVVEA QGIVILAIVK LKIEYNLAIT IEDPIIHLNR IYA IVETAE QKEGLVILAN LLIRRVIESK EAAKEAVDTI IKNKHLGKSR MYTVHTVCSN LRNALFYSIS SFLEYLSSNF ECIS AGWEE IRHKLPDESA NPTESGQISE AVLETLSDGL FTKQIKIYSG LNAELFRTLF VHRATGKMEQ IVRIHSLCLL VVSFP QLIS TLVPEDYSFF MYFLENHAAY SKSLKPSAFQ QEDKTLAYWS GHFIMLIFNH TTYVEVKKYI LEKVLELLPT SINATV IFS ELIQEILTMR FSKNTFDENT ALVKEMNCLE VMIRSTMQID NRRKDYGSIM EILTKPMEYI TRILAVDEKE AFYEEVT QS EEEVYFEDID EGYMEDFDTD ETMDSDQVVY DDTEENSQEV GELCSEDSLT VYTAESNNYG EYLMSDEESS SEEEGMDE E QSSSEQSEKN EFLKSLCILP ISKLIGKEME IFNADERMPF VQKILEGSII SNLQEKEPSS TDEETFDSEE GSYRRHQYL MRREEENDDE ELNDYAIDPT DPDAHLDDEG PEEIDEGVDE YDDESQYDYD GNGSDDEEYD DEESFATGEE IAIGDENGEI PELDVEVLN NLPSSILEDT VENFYQDRIS SSTEYRAISL HFLNRLREEV RSVFEEHEAR YMETFAGEIV PRREEKKKKP Q EMPFIAER EAAASVPIDI VFGLIHMVLQ CGNRRNLYRI IHNISANKEV RIFSVETLVN SIYQAVVEGA SSSAGAGSST VN ASAGSSG NNEVIAPEVI TKRGFEALTY LCTKSSDFTT VFSYNTELIN KILQATNKRT ISESVKLLST VGDCFNNDKV AEP ENIEVR KYIGFLEYDM TDDTFKHFCE FIKKTDRFYR PMYLLYLMGG SKKSLEECLD KKAEFNSHTH HKGIIKLVRM LSLV NIMGI TETYLDSLME LREMPFWEYY FNIILPKEKE SLYASSILPL FKAFVIVHTI QMYIGRNENI NEFSEIPNSD SSIYY SVVE KEKDLINTFI QADPDLLFHA FAGLQKKILD FDNKRIYFYK KIREDVQLRP TISLMVQRGA VFEDTFHQLM RLNGEQ VRN AKFNIKFAGE EGVDAGGLTR EWYSELSKEM FNANYALFTP IGSSYQPNHI SHINPEHLVY FKFIGRIIGK AVYDEMT VD CHFTRAFYKR VLSIPVDLTD VEALDPEFHR SLVWILENDI ENVLDMTFSI EQDRFGITEI IDLKENGRNI AVTNENKR E YVELVCRFKL VRVIERQLSA FAEGFFEILD VDMLKMFNEK ELELLISGLP EIDVDDWRNN TIYFGYTSDS QVIRWYWRA VRNFSMEERA KLLQFATGTS KLPLEGFAGL RCQNGNQKFQ IHKASGGSSR LPTAHTCFNQ LDLPEYDSYE QLVKALLFSL EECTSGFGF A

UniProtKB: HECT-type E3 ubiquitin transferase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
150.0 mMsodium chlorideNaCl
5.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
0.05 mMTECEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.29 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 56284
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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