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- EMDB-11879: Cryo-EM structure of Polytomella Complex-I (peripheral arm) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11879
タイトルCryo-EM structure of Polytomella Complex-I (peripheral arm)
マップデータ
試料
  • 複合体: Polytomella complex I - Peripheral arm
    • タンパク質・ペプチド: x 16種
  • リガンド: x 7種
キーワードComplex-I / ELECTRON TRANSPORT
生物種Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Klusch N / Kuehlbrandt W
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2021
タイトル: A ferredoxin bridge connects the two arms of plant mitochondrial complex I.
著者: Niklas Klusch / Jennifer Senkler / Özkan Yildiz / Werner Kühlbrandt / Hans-Peter Braun /
要旨: Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two ...Mitochondrial complex I is the main site for electron transfer to the respiratory chain and generates much of the proton gradient across the inner mitochondrial membrane. Complex I is composed of two arms, which form a conserved L-shape. We report the structures of the intact, 47-subunit mitochondrial complex I from Arabidopsis thaliana and the 51-subunit complex I from the green alga Polytomella sp., both at around 2.9 Å resolution. In both complexes, a heterotrimeric γ-carbonic anhydrase domain is attached to the membrane arm on the matrix side. Two states are resolved in A. thaliana complex I, with different angles between the two arms and different conformations of the ND1 (NADH dehydrogenase subunit 1) loop near the quinol binding site. The angle appears to depend on a bridge domain, which links the peripheral arm to the membrane arm and includes an unusual ferredoxin. We propose that the bridge domain participates in regulating the activity of plant complex I.
履歴
登録2020年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7arc
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11879.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.837 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.060136966 - 0.118719615
平均 (標準偏差)0.000032826472 (±0.0011616133)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 502.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8370.8370.837
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z502.200502.200502.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.0600.1190.000

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11879_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_11879_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Polytomella complex I - Peripheral arm

全体名称: Polytomella complex I - Peripheral arm
要素
  • 複合体: Polytomella complex I - Peripheral arm
    • タンパク質・ペプチド: PSST
    • タンパク質・ペプチド: ND9
    • タンパク質・ペプチド: ND7
    • タンパク質・ペプチド: 24 kDa
    • タンパク質・ペプチド: 51 kDa
    • タンパク質・ペプチド: 75 kDa
    • タンパク質・ペプチド: TYKY
    • タンパク質・ペプチド: 39 kDa
    • タンパク質・ペプチド: 18 kDa
    • タンパク質・ペプチド: 13 kDa
    • タンパク質・ペプチド: B8
    • タンパク質・ペプチド: SDAP2
    • タンパク質・ペプチド: B13
    • タンパク質・ペプチド: B14
    • タンパク質・ペプチド: B17.2
    • タンパク質・ペプチド: B14.5a
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
  • リガンド: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
  • リガンド: water

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超分子 #1: Polytomella complex I - Peripheral arm

超分子名称: Polytomella complex I - Peripheral arm / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)

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分子 #1: PSST

分子名称: PSST / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 18.158168 KDa
配列文字列:
MSKAVAAAKG ADFIVSKVDT VVNWARAGSM WPMTFGLACC AVEMMHAGAS RYDLDRFGII FRPSPRQSDV MIVAGTLTNK MAPALRKVY DQMPEPKWVV SMGSCANGGG YYHYSYSVVR GCDRVVPVDV YVPGCPPTAE GLLYGLLQLQ KKIYRSKNTQ L WWNK

+
分子 #2: ND9

分子名称: ND9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 25.689066 KDa
配列文字列: MSYCYARKMT DKDYIAYDNI KNFGDNYLTD YIIKTVPKYV TMAVNGPAQS SVLYQEPTIY TTPEHIYALC AFLRDHVNLQ YKTLIDITA VDYPERSARF EVVYHLLSPR LNNRIRIKVV VDEVTSVPSV SRIWNAANWF ERETWDMFGV FFSNHPDLRR V LTDYGFTG ...文字列:
MSYCYARKMT DKDYIAYDNI KNFGDNYLTD YIIKTVPKYV TMAVNGPAQS SVLYQEPTIY TTPEHIYALC AFLRDHVNLQ YKTLIDITA VDYPERSARF EVVYHLLSPR LNNRIRIKVV VDEVTSVPSV SRIWNAANWF ERETWDMFGV FFSNHPDLRR V LTDYGFTG HPLRKDFPLT GYTEVRYDYG KKRVISEPLE LTQEFRYFDF SSPWDTLSR

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分子 #3: ND7

分子名称: ND7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 45.263047 KDa
配列文字列: MKPLTPSKVS NFTINFGPQH PAAHGVLRLV LEMDGEIIKR ADPHIGLLHR GTEKLLEYKT YNQGIPYFDR LDYVSMMCME HSYVLAIEQ LLNVAVPLRG QYIRVLFSEI TRIMNHILAI TCHSMDVGAL TPFLWAFEER EKLFEFYERV SGARMHAAYF R VGGVAQDL ...文字列:
MKPLTPSKVS NFTINFGPQH PAAHGVLRLV LEMDGEIIKR ADPHIGLLHR GTEKLLEYKT YNQGIPYFDR LDYVSMMCME HSYVLAIEQ LLNVAVPLRG QYIRVLFSEI TRIMNHILAI TCHSMDVGAL TPFLWAFEER EKLFEFYERV SGARMHAAYF R VGGVAQDL PIGLLRDIYD WSRQFASRVD EMEELLTGNR IWKERTIDVG LVTAQQAWDW GCSGPILRGS GIDWDLRKNQ PY DVYGRMD FNVPIAGHGD CYDRYLVRVQ EMRESLRIIY QCLNEMPDGL YKTPDQKVSP PSRGQMKQSM ESLIHHFKLF SEG YHVPAG ETYRAVEAPK GEFGVYLVSR GGNRPYRCKI RSPGYAHLQM LDMVAKGAML ADVVTIIGTL DVVFGEIDR

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分子 #4: 24 kDa

分子名称: 24 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 30.186473 KDa
配列文字列: MFSRFTSLVV RAAVVASSHN KAATPIISVT LPSLRSFATN STDVFNVHHD TPENNKDTKF DFTEANYKLV NKIMSNYPSN YKASAMIPL LDLAQQQNGG VVSLAVMNRV AQILEVPPIK VYEVATFFTM FNRSKMGKYH VCICGTTPCR LQGAQKIEEA I TKHLGVGI ...文字列:
MFSRFTSLVV RAAVVASSHN KAATPIISVT LPSLRSFATN STDVFNVHHD TPENNKDTKF DFTEANYKLV NKIMSNYPSN YKASAMIPL LDLAQQQNGG VVSLAVMNRV AQILEVPPIK VYEVATFFTM FNRSKMGKYH VCICGTTPCR LQGAQKIEEA I TKHLGVGI GQTTADGTFT LGEMECMGAC VNAPMIAVAD YRNGVEGFSY NYYEDLTPQD AVNILEKLKK GEKPKLGSQH RQ TAEPAGA VVGDKWIPSS GEQTLMGELP GPYCRDLSK

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分子 #5: 51 kDa

分子名称: 51 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 51.593879 KDa
配列文字列: MQRSTGAALR FAGFRSRCLS LLRTFSTQAP PAAAPEKTTF GGLRDQDRIF TNIYGRHDPY IKGAEARGDW YMTKDLVGKG RDWIIDQIK KSGLRGRGGA GFASGLKWSF MPKVSDGRPS YLVVNGDESE PGTCKDREIM RHEPHKLVEG CLVAGTAMGA R AGYIYIRG ...文字列:
MQRSTGAALR FAGFRSRCLS LLRTFSTQAP PAAAPEKTTF GGLRDQDRIF TNIYGRHDPY IKGAEARGDW YMTKDLVGKG RDWIIDQIK KSGLRGRGGA GFASGLKWSF MPKVSDGRPS YLVVNGDESE PGTCKDREIM RHEPHKLVEG CLVAGTAMGA R AGYIYIRG EFVNERKAVE RAVAEAYAKG YLGKNACGSG VDFDLFVHYG AGAYICGEET ALIESLEGKQ GKPRLKPPFP AG MGLYGCP TTVTNVETVA VSPTILRRGP EWFSSFGRKN NAGTKLFAIS GHVNRPVTVE EEMSIPLREL IERHAGGVRG GWD NLLAII PGGSSVPLLP KKMCDDVIMD FDALRTAQSG LGTAAVIVMN KDTDVIDAIA RLSYFYKHES CGQCTPCREG TGWL YDIMS RMRKGDARLE EIDMLWEITK QIEGHTICAL GDAAAWPVQG LIRHFRSEME DRIKNADQQR ISAH

+
分子 #6: 75 kDa

分子名称: 75 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 77.364305 KDa
配列文字列: MISKKAIQAI SQLGAKQPAV RAISSSVSAL NQAAAAPALP ADKMEVFVNG EAVVVPKNFT VLQACDAAGV DVPRFCYHQR LSIAGNCRM CLVEIEKAPK PVASCAFPAG PGMKIKTDTP VIKKAREGVM EFLLINHPLD CPICDQGGEC DLQDQAMIFG S DRSRFIEY ...文字列:
MISKKAIQAI SQLGAKQPAV RAISSSVSAL NQAAAAPALP ADKMEVFVNG EAVVVPKNFT VLQACDAAGV DVPRFCYHQR LSIAGNCRM CLVEIEKAPK PVASCAFPAG PGMKIKTDTP VIKKAREGVM EFLLINHPLD CPICDQGGEC DLQDQAMIFG S DRSRFIEY KRAVADKNLG PLIKTSMNRC IHCTRCVRFT HEVAGTSELG ITGRGRDSEV GTYIEKLHSS ELSGNVIDLC PV GALLSKP YAFTARSWEL KGTETIDVSD ALGSNIKVDC RGTEVMRITP RLNDAINEEW LSDKGRFQYD GLKRQRLNTP LVK GAKGLE NATWSAAFDA IRTAIAGAKG NELKAIAGKL ADAESMIALK DLFNKLGSGN LIHEDGSATL SADVRSSYIA NTTI ASIEK ADVILLVGTN PRFESPVFNA RLRKVFLDGA KVGLVGEKVD LTYAYQHLGA DVAALESLAS GKGAFFEALK GAKNP VVIV GSSVLRRDDR EAVLKTVNDL VDAAGVVKEG WNGFNVLHDN ASRVAALDIG FVPSASARTN PVPAKVVYLL GSDDFK DEE IPADAFVIYQ GHHGDKGAAR ANVVLPGAAY TEKASLFANT EGRVQTTRTA VPVLGDARED WKIIRALSEV VGQQLPY DS QPQVRARLAE VAPHFAEIGK AESALWLNGQ YFKGVKDLVA KAARSTASLA TNISNYYMTD AISRASRTMA KCTAVRQQ

+
分子 #7: TYKY

分子名称: TYKY / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 26.140525 KDa
配列文字列: MSLINRAAQR LLSMPSVSSM GGLTQFTRSM GTERRPGQSG AWKQVDKQRY SSEWEQDPTF KQVPKNVSEV LDDSVSVLFL TDIVRGMMY SASGFFDDKV TILYPFEKGA VSPRFRGEHA LRRYPTGEER CISCKLCEAI CPAQAITIEA EEREDGSRKT T RYDIDMTK ...文字列:
MSLINRAAQR LLSMPSVSSM GGLTQFTRSM GTERRPGQSG AWKQVDKQRY SSEWEQDPTF KQVPKNVSEV LDDSVSVLFL TDIVRGMMY SASGFFDDKV TILYPFEKGA VSPRFRGEHA LRRYPTGEER CISCKLCEAI CPAQAITIEA EEREDGSRKT T RYDIDMTK CIYCGFCQEA CPVDAIVEGP NFEFSTETRE ELLYDKQKLL ENGDKWEQEI AANLRTESLY R

+
分子 #8: 39 kDa

分子名称: 39 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 41.233008 KDa
配列文字列: MSTLKPFDLN ANNAVRNGPG GRSSIGGVVA TVFGANGFIG SYVVNEISKR GNQVVCPYRC NENKVQPLKQ MGDLGQVVLL PEFDIHDDE YIRRAISRSN VVINCVGIRQ ETKNYSYKDV HVDFPTRLAK IVAESGKVER FIQVSEMGAD VSHASRRLQT K AVGDEAIM ...文字列:
MSTLKPFDLN ANNAVRNGPG GRSSIGGVVA TVFGANGFIG SYVVNEISKR GNQVVCPYRC NENKVQPLKQ MGDLGQVVLL PEFDIHDDE YIRRAISRSN VVINCVGIRQ ETKNYSYKDV HVDFPTRLAK IVAESGKVER FIQVSEMGAD VSHASRRLQT K AVGDEAIM KYIPDATIIR PGNVVGIEDY FYNNLIFQLS YTIVAPVINN GANKVQPTYI LDVADAVVKI LKDKKTSGKT YY LGGPETL TMRQIYDHLI DTLRLSNDDT VNLRYELAKM LYKPLDTLRT KLPEFPFLGF MMSSDYAEEQ VADSVAPAGS LGY KDLSIS PAKVTEGLAI EGVRFIRVGG YDWGDMNKVS SNIPEHIRKY YNLK

+
分子 #9: 18 kDa

分子名称: 18 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 20.800783 KDa
配列文字列:
MLRKAVSTLF NLEKRVLYQQ AGFATAPQDF SLAMKKADEI YSGKTVKAGD IGFSAGVPLE TYNRKVRIFC PAKAASQSGL GRTLHPSSK APQWKIVFEN LSKWENPLMG WTSTADPLEN VGRSTLLFYT KEEAAAFCAK HGWEYVVDEP NPRKHIRQKR Y LGYGDNYS IKRKGVPDLA HLPSNRS

+
分子 #10: 13 kDa

分子名称: 13 kDa / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 14.346163 KDa
配列文字列:
MSFVRSSFSL VRRFASEAVI AEKNKIPETV GGAAFKGDLR GTSAVGLGDG LYSHTSKWMQ GNGKSPMDYI NEVEPIKVKG LVVASHGSD DPALGCPVEY ISLKGTSYEN PAVCKYTGNR YYSDCWKHGA HHH

+
分子 #11: B8

分子名称: B8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 10.509916 KDa
配列文字列:
MAWKTALTTT FQELRITLSQ SSSSSAGARE FVLGQYAELK AANPLLPILV RESNAAQASL TARYDFGVEK KVSIENDSAS GILSKLEGL VKHGQSLAK

+
分子 #12: SDAP2

分子名称: SDAP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 13.393094 KDa
配列文字列:
MAFLTSALRS AVLSNLRVAA STVEFKSISV VSAFTRNFSS FLPKEEVESR IIAQVKEQNL AAGIKVELSS RFDKDLGLDS LDKVELLIS LEEDFGVEVP DAEIDKIHTV EDAVNFFISN PSS

+
分子 #13: B13

分子名称: B13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 17.745182 KDa
配列文字列:
MIRNISSRFS TCLRQALPSA SSNRTFKAVA DVEIDFSNRA VLKKYVGVDH LSKEQGTKAK FIVSLNSLLE AVKSVPETAE YRKAIEATC QYRLKVCGEN NSDAAIEEVL DAHLEELIAE SKEELRILPV LLESKPWDVP ADYSAPVFDY VDASTILDKK

+
分子 #14: B14

分子名称: B14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 16.134878 KDa
配列文字列:
MTSRFAYVAK AAAPAAPVTC QKARNLYLEA CRCLPFIHRL HKLEEITSLK EMRLIIKDKF RVNSPVTDSR VTDLLIFKGR EELETYLFM YKQRHHAITE YIEPYQIKKL LIERKSSNSA FLDSFYEKAY PLVHSKYA

+
分子 #15: B17.2

分子名称: B17.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 18.178396 KDa
配列文字列:
MSLTKYLNNL VSTSGKKSLA GFFVSWEFAK MIVDGNLHNN VVRPQSGAQV GIDKFGNKYF EDNEESYGRR RWIVFADKFD YKISSIPPE WHGWLNYIND YKPSDYETID NKKPMYHAEW TISATGTQEC YNPKGSWFNP AKRNWKKVEI WQPPQV

+
分子 #16: B14.5a

分子名称: B14.5a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Polytomella sp. Pringsheim 198.80 (植物)
分子量理論値: 13.827012 KDa
配列文字列:
MSGILKTVQS IFYSVGLKEP WKMTGIRSLP DFEYYLPFGL TYRGISPGNQ PIKAVVPHDV PKLVYDIKYF ARDYRRNNSY TVRSVDSKT PFDYSKVFGS APLKPADVKT VRIPEVMPHR GC

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 6 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #18: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #19: FLAVIN MONONUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN MONONUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: FMN
分子量理論値: 456.344 Da
Chemical component information

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

+
分子 #20: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE

分子名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 1 / 式: NDP
分子量理論値: 745.421 Da
Chemical component information

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

+
分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #22: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...

分子名称: S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 1 / 式: 8Q1
分子量理論値: 540.651 Da
Chemical component information

ChemComp-8Q1:
S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate

+
分子 #23: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 418 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 64.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 42350
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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