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- EMDB-11847: Organisation of a helical Bunyamwera virus ribonucleoprotein -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11847
タイトルOrganisation of a helical Bunyamwera virus ribonucleoprotein
マップデータ
試料
  • 複合体: Native ribonucleoprotein extracted from Bunyamwera virus
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
キーワードhelix / ribonucleoprotein / nucleocapsid / virus / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus nucleocapsid (N) protein / Bunyavirus nucleocapsid (N) , C-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) , N-terminal domain / Bunyavirus nucleocapsid (N) protein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bunyamwera virus (ブニヤンベラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Hopkins FR / Fontana J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: mBio / 年: 2022
タイトル: The Native Orthobunyavirus Ribonucleoprotein Possesses a Helical Architecture.
著者: Francis R Hopkins / Beatriz Álvarez-Rodríguez / George R Heath / Kyriakoulla Panayi / Samantha Hover / Thomas A Edwards / John N Barr / Juan Fontana /
要旨: The order is the largest group of negative-sense RNA viruses, containing many lethal human pathogens for which approved anti-infective measures are not available. The bunyavirus genome consists of ...The order is the largest group of negative-sense RNA viruses, containing many lethal human pathogens for which approved anti-infective measures are not available. The bunyavirus genome consists of multiple negative-sense RNA segments enwrapped by the virus-encoded nucleocapsid protein (NP), which together with the viral polymerase form ribonucleoproteins (RNPs). RNPs represent substrates for RNA synthesis and virion assembly, which require inherent flexibility, consistent with the appearance of RNPs spilled from virions. These observations have resulted in conflicting models describing the overall RNP architecture. Here, we purified RNPs from Bunyamwera virus (BUNV), the prototypical orthobunyavirus. The lengths of purified RNPs imaged by negative staining resulted in 3 populations of RNPs, suggesting that RNPs possess a consistent method of condensation. Employing microscopy approaches, we conclusively show that the NP portion of BUNV RNPs is helical. Furthermore, we present a pseudo-atomic model for this portion based on a cryo-electron microscopy average at 13 Å resolution, which allowed us to fit the BUNV NP crystal structure by molecular dynamics. This model was confirmed by NP mutagenesis using a mini-genome system. The model shows that adjacent NP monomers in the RNP chain interact laterally through flexible N- and C-terminal arms only, with no longitudinal helix-stabilizing interactions, thus providing a potential model for the molecular basis for RNP flexibility. Excessive RNase treatment disrupts native RNPs, suggesting that RNA was key in maintaining the RNP structure. Overall, this work will inform studies on bunyaviral RNP assembly, packaging, and RNA replication, and aid in future antiviral strategies. Bunyaviruses are emerging RNA viruses that cause significant disease and economic burden and for which vaccines or therapies approved for humans are not available. The bunyavirus genome is wrapped up by the nucleoprotein (NP) and interacts with the viral polymerase, forming a ribonucleoprotein (RNP). This is the only form of the genome active for viral replication and assembly. However, until now how NPs are organized within an RNP was not known for any orthobunyavirus. Here, we purified RNPs from the prototypical orthobunyavirus, Bunyamwera virus, and employed microscopy approaches to show that the NP portion of the RNP was helical. We then combined our helical average with the known structure of an NP monomer, generating a pseudo-atomic model of this region. This arrangement allowed the RNPs to be highly flexible, which was critical for several stages of the viral replication cycle, such as segment circularization.
履歴
登録2020年10月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月4日-
マップ公開2022年5月4日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_11847.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11847.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.28 Å/pix.
x 64 pix.
= 273.92 Å		4.28 Å/pix.
x 64 pix.
= 273.92 Å		4.28 Å/pix.
x 64 pix.
= 273.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.28 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.056
最小 - 最大-0.05011415 - 0.14635378
平均 (標準偏差)0.0025318959 (±0.017285418)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-63
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Native ribonucleoprotein extracted from Bunyamwera virus

全体名称: Native ribonucleoprotein extracted from Bunyamwera virus
要素
  • 複合体: Native ribonucleoprotein extracted from Bunyamwera virus
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein

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超分子 #1: Native ribonucleoprotein extracted from Bunyamwera virus

超分子名称: Native ribonucleoprotein extracted from Bunyamwera virus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bunyamwera virus (ブニヤンベラウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bunyamwera virus (ブニヤンベラウイルス)
分子量理論値: 26.69876 KDa
配列文字列: MIELEFHDVA ANTSSTFDPE VAYANFKRVH TTGLSYDHIR IFYIKGREIK TSLAKRSEWE VTLNLGGWKI TVYNTNFPGN RNNPVPDDG LTLHRLSGFL ARYLLEKMLK VSEPEKLIIK SKIINPLAEK NGITWNDGEE VYLSFFPGSE MFLGTFRFYP L AIGIYKVQ ...文字列:
MIELEFHDVA ANTSSTFDPE VAYANFKRVH TTGLSYDHIR IFYIKGREIK TSLAKRSEWE VTLNLGGWKI TVYNTNFPGN RNNPVPDDG LTLHRLSGFL ARYLLEKMLK VSEPEKLIIK SKIINPLAEK NGITWNDGEE VYLSFFPGSE MFLGTFRFYP L AIGIYKVQ RKEMEPKYLE KTMRQRYMGL EAATWTVSKL TEVQSALTVV SSLGWKKTNV SAAARDFLAK FGINM

UniProtKB: Nucleoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 51.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Previously generated sub-tomogram average of the same sample
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5077
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3zla


Chain - Chain ID: B / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7aoy:
Helical arrangement of Bunyamwera virus nucleocapsid protein within a native ribonucleoprotein

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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