[日本語] English
万見
- EMDB-11835: Structure of the Candida albicans gamma-Tubulin Small Complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11835
タイトルStructure of the Candida albicans gamma-Tubulin Small Complex
マップデータgamma-Tubulin Small Complex density map
試料
  • 複合体: gamma-Tubulin Small Complex
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component
キーワードgamma-Tubulin Small Complex / Cytoskeleton / Microtubule nucleation / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-tubulin small complex / mitotic spindle pole body / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / spindle pole body / gamma-tubulin binding / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / meiotic cell cycle ...gamma-tubulin small complex / mitotic spindle pole body / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / spindle pole body / gamma-tubulin binding / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / meiotic cell cycle / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain ...Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spindle pole body component / Tubulin gamma chain / Spindle pole body component
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Zupa E / Pfeffer S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Schi 295/4-4 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The cryo-EM structure of a γ-TuSC elucidates architecture and regulation of minimal microtubule nucleation systems.
著者: Erik Zupa / Anjun Zheng / Annett Neuner / Martin Würtz / Peng Liu / Anna Böhler / Elmar Schiebel / Stefan Pfeffer /
要旨: The nucleation of microtubules from αβ-tubulin subunits is mediated by γ-tubulin complexes, which vary in composition across organisms. Aiming to understand how de novo microtubule formation is ...The nucleation of microtubules from αβ-tubulin subunits is mediated by γ-tubulin complexes, which vary in composition across organisms. Aiming to understand how de novo microtubule formation is achieved and regulated by a minimal microtubule nucleation system, we here determined the cryo-electron microscopy structure of the heterotetrameric γ-tubulin small complex (γ-TuSC) from C. albicans at near-atomic resolution. Compared to the vertebrate γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), we observed a vastly remodeled interface between the SPC/GCP-γ-tubulin spokes, which stabilizes the complex and defines the γ-tubulin arrangement. The relative positioning of γ-tubulin subunits indicates that a conformational rearrangement of the complex is required for microtubule nucleation activity, which follows opposing directionality as predicted for the vertebrate γ-TuRC. Collectively, our data suggest that the assembly and regulation mechanisms of γ-tubulin complexes fundamentally differ between the microtubule nucleation systems in lower and higher eukaryotes.
履歴
登録2020年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月4日-
マップ公開2020年11月4日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7anz
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11835.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11835.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈gamma-Tubulin Small Complex density map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.18757834 - 0.6726366
平均 (標準偏差)0.00051714294 (±0.01081325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.920273.920273.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1880.6730.001

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : gamma-Tubulin Small Complex

全体名称: gamma-Tubulin Small Complex
要素
  • 複合体: gamma-Tubulin Small Complex
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin gamma chain
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component
    • タンパク質・ペプチド: Spindle pole body component

-
超分子 #1: gamma-Tubulin Small Complex

超分子名称: gamma-Tubulin Small Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Candida albicans gamma-Tubulin Small Complex expressed and purified from SF21 cells
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 306.7 KDa

-
分子 #1: Tubulin gamma chain

分子名称: Tubulin gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 56.532543 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MPGETITLQV GQCGNQVGLQ YWQQLATEHG IQSDGSSTPY PKDINDLQLQ ELNNSGSSPQ SYPQQTKPNG KYRNDHPELF FTLSDSNTY TPRSILIDME PSVIAKSTSA LPMFNPRNVH LSNQGNGAAN NWINGYKYGT EEEETLLNLI DREVDKCDNL S NFQLFHSV ...文字列:
MPGETITLQV GQCGNQVGLQ YWQQLATEHG IQSDGSSTPY PKDINDLQLQ ELNNSGSSPQ SYPQQTKPNG KYRNDHPELF FTLSDSNTY TPRSILIDME PSVIAKSTSA LPMFNPRNVH LSNQGNGAAN NWINGYKYGT EEEETLLNLI DREVDKCDNL S NFQLFHSV AGGTGSGVGS KMLEVISDRY GHKKLLNTFS IFPSNEDTSD VVVQPYNTIL TLKRLIDYSD ATFVFHNDSL NR IENILFN NNSNIQHDDN DLFLGANKLI ALVSASVSNP LRFPGYMYSS MESIVSNLIP TPDLKFLTSS IAPFSTQKHN YLN EYDMLL ELSNDRYKTN RVGGDTSYIS MLNYLIGYNL DQREIRKGIL KSQQRISFVP WVARSVLVVH GKKSPYLKNT NLEG IQVTN NTSMIDVFTK ILKQFDLLIK RKAYLNRYYS SVEEENEVME MFNESRESVK SIIDEYKACK EITYLDDDDE DDLED GDGG GGGNGNGYNN IDDADMGI

UniProtKB: Tubulin gamma chain

-
分子 #2: Spindle pole body component

分子名称: Spindle pole body component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 101.660453 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MNTFSSPPNV IREYNDSTYQ SPLNSQFHQS PFLQTQSPDY VSLREEEDDN NDKNLDIMSS CIVDSVIYKS QKIAGPLLSQ ISNLNIQQA LIIRELLFTL LGHEGHYIQY SKRYDPTSQI SRIEGPDYKI AKNLDISLKV ITKKLVKFGK FYSGLKSFIQ V FDNNKFGK ...文字列:
MNTFSSPPNV IREYNDSTYQ SPLNSQFHQS PFLQTQSPDY VSLREEEDDN NDKNLDIMSS CIVDSVIYKS QKIAGPLLSQ ISNLNIQQA LIIRELLFTL LGHEGHYIQY SKRYDPTSQI SRIEGPDYKI AKNLDISLKV ITKKLVKFGK FYSGLKSFIQ V FDNNKFGK IVQKFCSEVR KFLSSYQQVL INVEHEFKFN KNFNLNMLDS LLHQEISNEM THLYQIGIEI SRITEERQKM SQ AEIMGNF EPTTLANTSM NGINSEPNLY YGKFDCCKGG LLLQVIQERM VYYKGDPTSL DFLTQLFDIV SSDYIGMLNQ WLL EGVIND PFDEFMIREK RVPDSFMEIF QSKSEYYWNE LFLIKIDGLL NQFQNSTIQS KILNTGKYLN IFKRCTGLHN FESL KEKLT TITSLAAPDL ELKIDEFYHR ANKMLMKLLF DGYNFPSVVN IFQRLFLFAD SFQIDNFIDS TFSELKRGKL KISVS RLQK QYDDIFKEKI ENKVGVRPSV YDVLKKNQKL SVTSESLYKV VEELMEKNSD YLISDNNLRG IFHRVASLRD DSRLTI SST ADSATENVKD EPTITSVDLT IPLPFPLNLV LNQQLSYQYE IMFKLLINIK FISKYNSSNW QEMNYSKIWT NSHFNSS VK KWILRCRVLH SRICSFIHEL ENYIVHDVIE HNFEEIKNLI HTTATNLATS ELGSDINDEG DNIFNGSLIR GTFNNNSI F DSKVHKHRTT TYVEGISTVE QLIQKFLDYS STLLNDSLLT REESLRQLRK MLDFIFHFNN YIVQVKKVLV LLNHELFNE YSKEFPTKFE KPMDQESIDK RFANLSDTFL MQYEKFGENL VTFLATIKQV GERENQGLLE LSNRLELCFP E

UniProtKB: Spindle pole body component

-
分子 #3: Spindle pole body component

分子名称: Spindle pole body component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Candida albicans (酵母)
分子量理論値: 92.29618 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MALNKVQLIK LYSNRLVKSL VPVEFGEAFI QSIINDLQTT LLNTSSEEQN LSIIINKLKM QFLSNNLKNE WVEFQNIVNS LSKFKSLDQ ICNYLAFLDA LRDEKPEDIL STSTASLSPG KQNLMINTVN TALTLSQLIE PYYDTLSEQT ILTYLPYTML G SDSKIFTF ...文字列:
MALNKVQLIK LYSNRLVKSL VPVEFGEAFI QSIINDLQTT LLNTSSEEQN LSIIINKLKM QFLSNNLKNE WVEFQNIVNS LSKFKSLDQ ICNYLAFLDA LRDEKPEDIL STSTASLSPG KQNLMINTVN TALTLSQLIE PYYDTLSEQT ILTYLPYTML G SDSKIFTF SNNYTRLEIP KDINNSFSSL LREVFEFAIL YKQLAIVVDR YKGTLVSAIK TAYIAILEAQ LNKYVNDINN IF NNKPNSI LVVYNSIFPW ISILRFLYRV SNRLNRLDGY EFLTFIYSFT NHGDPKIRGI AVTAFTEVVK PYYNIVEHWI VKG ELIDNN NEFFIIFDQE QNEFNSIIKL LPKKIPAFIK SSDKIFQIGK TLIFLNKYCR ELKWVNQYNV KYSAILFNNH QGLA SMTTN EMIKLIDSQY NEILTFLTQI IQGNNKLFTH VYNFKRFYFM ETNDFIDAIM VKGKDVFNES SVNISSTYLR KVLQD AIQI SSVKNFEYVD RLDSRVLNPQ HGNLGWESFT IEYKIDDLPM SYLFEGHQHL QYLKMFHFLW KLRQLNNLLN WHFEMF NEL NHNVVTKLSS RNRRPLAKSL SIITSIRFHF TQFLNELIAY LSYDVIEENF QQHIVRKLFY NKNDQDLLLN KSFMNLS EI DPNNDLPKFN VNLLTIDELV ELHGTYIDSI INSSLLNEKL KGNETNISYI DQIFNILQTI FNFINTSQEF YSLVVTFG L LVRSDSNANK IELEQDQEDL EFQLHKIKRK IYKDIYQHDY KRQLNDLKND LNRDYNLKDL SKLL

UniProtKB: Spindle pole body component

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris
NaClSodium Chloride
0.5 mMC14H24N2O10EGTA
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus 950 plasma cleaner
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1399 / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1860000
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2799


詳細: two spokes segmented from the EMD-2799
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta version / 使用した粒子像数: 274326
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta version
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta version
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: Beta version

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3rip

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1z5w

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
得られたモデル

PDB-7anz:
Structure of the Candida albicans gamma-Tubulin Small Complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る