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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11683 | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein with 2 RBDs Erect | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Benton DJ / Wrobel AG / Rosenthal PB / Gamblin SJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Receptor binding and priming of the spike protein of SARS-CoV-2 for membrane fusion. 著者: Donald J Benton / Antoni G Wrobel / Pengqi Xu / Chloë Roustan / Stephen R Martin / Peter B Rosenthal / John J Skehel / Steven J Gamblin / 要旨: Infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is initiated by virus binding to the ACE2 cell-surface receptors, followed by fusion of the virus and cell membranes to ...Infection with severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is initiated by virus binding to the ACE2 cell-surface receptors, followed by fusion of the virus and cell membranes to release the virus genome into the cell. Both receptor binding and membrane fusion activities are mediated by the virus spike glycoprotein. As with other class-I membrane-fusion proteins, the spike protein is post-translationally cleaved, in this case by furin, into the S1 and S2 components that remain associated after cleavage. Fusion activation after receptor binding is proposed to involve the exposure of a second proteolytic site (S2'), cleavage of which is required for the release of the fusion peptide. Here we analyse the binding of ACE2 to the furin-cleaved form of the SARS-CoV-2 spike protein using cryo-electron microscopy. We classify ten different molecular species, including the unbound, closed spike trimer, the fully open ACE2-bound trimer and dissociated monomeric S1 bound to ACE2. The ten structures describe ACE2-binding events that destabilize the spike trimer, progressively opening up, and out, the individual S1 components. The opening process reduces S1 contacts and unshields the trimeric S2 core, priming the protein for fusion activation and dissociation of ACE2-bound S1 monomers. The structures also reveal refolding of an S1 subdomain after ACE2 binding that disrupts interactions with S2, which involves Asp614 and leads to the destabilization of the structure of S2 proximal to the secondary (S2') cleavage site. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11683.map.gz | 7.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11683-v30.xml emd-11683.xml | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11683_fsc.xml | 18.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11683.png | 54.2 KB | ||
マスクデータ | emd_11683_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11683_half_map_1.map.gz emd_11683_half_map_2.map.gz | 474.9 MB 474.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11683 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11683 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11683_validation.pdf.gz | 481.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11683_full_validation.pdf.gz | 480.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11683_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11683 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11683 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11683.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.078 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11683_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11683_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11683_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Spike glycoprotein
分子 | 名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 142.410078 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVVI K VCEFQFCN ...文字列: MGILPSPGMP ALLSLVSLLS VLLMGCVAET GMFVFLVLLP LVSSQCVNLT TRTQLPPAYT NSFTRGVYYP DKVFRSSVLH STQDLFLPF FSNVTWFHAI HVSGTNGTKR FDNPVLPFND GVYFASTEKS NIIRGWIFGT TLDSKTQSLL IVNNATNVVI K VCEFQFCN DPFLGVYYHK NNKSWMESEF RVYSSANNCT FEYVSQPFLM DLEGKQGNFK NLREFVFKNI DGYFKIYSKH TP INLVRDL PQGFSALEPL VDLPIGINIT RFQTLLALHR SYLTPGDSSS GWTAGAAAYY VGYLQPRTFL LKYNENGTIT DAV DCALDP LSETKCTLKS FTVEKGIYQT SNFRVQPTES IVRFPNITNL CPFGEVFNAT RFASVYAWNR KRISNCVADY SVLY NSASF STFKCYGVSP TKLNDLCFTN VYADSFVIRG DEVRQIAPGQ TGKIADYNYK LPDDFTGCVI AWNSNNLDSK VGGNY NYLY RLFRKSNLKP FERDISTEIY QAGSTPCNGV EGFNCYFPLQ SYGFQPTNGV GYQPYRVVVL SFELLHAPAT VCGPKK STN LVKNKCVNFN FNGLTGTGVL TESNKKFLPF QQFGRDIADT TDAVRDPQTL EILDITPCSF GGVSVITPGT NTSNQVA VL YQDVNCTEVP VAIHADQLTP TWRVYSTGSN VFQTRAGCLI GAEHVNNSYE CDIPIGAGIC ASYQTQTNSP RRARSVAS Q SIIAYTMSLG AENSVAYSNN SIAIPTNFTI SVTTEILPVS MTKTSVDCTM YICGDSTECS NLLLQYGSFC TQLNRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPPIKDFGG FNFSQILPDP SKPSKRSFIE DLLFNKVTLA DAGFIKQYGD CLGDIAARDL ICAQKFNGL TVLPPLLTDE MIAQYTSALL AGTITSGWTF GAGAALQIPF AMQMAYRFNG IGVTQNVLYE NQKLIANQFN S AIGKIQDS LSSTASALGK LQDVVNQNAQ ALNTLVKQLS SNFGAISSVL NDILSRLDPP EAEVQIDRLI TGRLQSLQTY VT QQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQSA PHGVVFLHVT YVPAQEKNFT TAPAICHDGK AHF PREGVF VSNGTHWFVT QRNFYEPQII TTDNTFVSGN CDVVIGIVNN TVYDPLQPEL DSFKEELDKY FKNHTSPDVD LGDI SGINA SVVNIQKEID RLNEVAKNLN ESLIDLQELG KYEQSGRENL YFQGGGGSGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFL GHHH HHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 54.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7a93: |