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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11589 | |||||||||
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タイトル | Structure of high-light grown Chlorella ohadii photosystem I | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 malate transport / photosynthesis, light harvesting / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem II ...malate transport / photosynthesis, light harvesting / glutathione-disulfide reductase (NADPH) activity / chloroplast thylakoid lumen / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / chlorophyll binding / response to light stimulus / photosynthesis / glutathione metabolic process / cell redox homeostasis / monooxygenase activity / chloroplast / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / electron transfer activity / cytoskeleton / oxidoreductase activity / protein kinase activity / iron ion binding / heme binding / magnesium ion binding / mitochondrion / ATP binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Chlorella ohadii (植物) / Freshwater green alga (植物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.16 Å | |||||||||
データ登録者 | Caspy I / Nelson N / Nechushtai R / Shkolnisky Y / Neumann E | |||||||||
資金援助 | イスラエル, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2021 タイトル: Cryo-EM photosystem I structure reveals adaptation mechanisms to extreme high light in Chlorella ohadii. 著者: Ido Caspy / Ehud Neumann / Maria Fadeeva / Varda Liveanu / Anton Savitsky / Anna Frank / Yael Levi Kalisman / Yoel Shkolnisky / Omer Murik / Haim Treves / Volker Hartmann / Marc M Nowaczyk / ...著者: Ido Caspy / Ehud Neumann / Maria Fadeeva / Varda Liveanu / Anton Savitsky / Anna Frank / Yael Levi Kalisman / Yoel Shkolnisky / Omer Murik / Haim Treves / Volker Hartmann / Marc M Nowaczyk / Wolfgang Schuhmann / Matthias Rögner / Itamar Willner / Aaron Kaplan / Gadi Schuster / Nathan Nelson / Wolfgang Lubitz / Rachel Nechushtai / 要旨: Photosynthesis in deserts is challenging since it requires fast adaptation to rapid night-to-day changes, that is, from dawn's low light (LL) to extreme high light (HL) intensities during the daytime. ...Photosynthesis in deserts is challenging since it requires fast adaptation to rapid night-to-day changes, that is, from dawn's low light (LL) to extreme high light (HL) intensities during the daytime. To understand these adaptation mechanisms, we purified photosystem I (PSI) from Chlorella ohadii, a green alga that was isolated from a desert soil crust, and identified the essential functional and structural changes that enable the photosystem to perform photosynthesis under extreme high light conditions. The cryo-electron microscopy structures of PSI from cells grown under low light (PSI) and high light (PSI), obtained at 2.70 and 2.71 Å, respectively, show that part of light-harvesting antenna complex I (LHCI) and the core complex subunit (PsaO) are eliminated from PSI to minimize the photodamage. An additional change is in the pigment composition and their number in LHCI; about 50% of chlorophyll b is replaced by chlorophyll a. This leads to higher electron transfer rates in PSI and might enable C. ohadii PSI to act as a natural photosynthesiser in photobiocatalytic systems. PSI or PSI were attached to an electrode and their induced photocurrent was determined. To obtain photocurrents comparable with PSI, 25 times the amount of PSI was required, demonstrating the high efficiency of PSI. Hence, we suggest that C. ohadii PSI is an ideal candidate for the design of desert artificial photobiocatalytic systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11589.map.gz | 479.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11589-v30.xml emd-11589.xml | 44 KB 44 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11589_fsc.xml | 18.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11589.png | 59.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11589 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11589_validation.pdf.gz | 349.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11589_full_validation.pdf.gz | 348.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11589_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_11589_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11589 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11589 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11589.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : High light grown Chlorella ohadii photosystem I
+超分子 #1: High light grown Chlorella ohadii photosystem I
+分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #4: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
+分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV
+分子 #6: PSI-F
+分子 #7: Photosystem I reaction center subunit chloroplastic
+分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #9: PSI-K
+分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XII
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit VIII
+分子 #12: Photosystem I reaction center subunit VI-chloroplastic-like
+分子 #13: PSI subunit V
+分子 #14: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #15: Glutathione reductase
+分子 #16: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #17: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #18: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #19: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #20: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #21: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #22: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #23: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #24: CHLOROPHYLL A
+分子 #25: PHYLLOQUINONE
+分子 #26: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #27: BETA-CAROTENE
+分子 #28: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #29: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
+分子 #30: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #31: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #32: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #33: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #34: [2-((1-OXODODECANOXY-(2-HYDROXY-3-PROPANYL))-PHOSPHONATE-OXY)-ETH...
+分子 #35: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
+分子 #36: ERGOSTEROL
+分子 #37: (3R)-beta,beta-caroten-3-ol
+分子 #38: (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-hydroxypro...
+分子 #39: beta,beta-caroten-4-one
+分子 #40: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #41: CHLOROPHYLL B
+分子 #42: OLEIC ACID
+分子 #43: (3~{E},5~{E},7~{E})-6-methyl-8-[(6~{R})-2,2,6-trimethylcyclohexyl...
+分子 #44: 2-(2-azanylethanoylamino)ethanoic acid
+分子 #45: PALMITIC ACID
+分子 #46: DIACYL GLYCEROL
+分子 #47: SPHINGOSINE
+分子 #48: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #49: (1~{S})-3,5,5-trimethyl-4-[(1~{E},3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},...
+分子 #50: Tripalmitoylglycerol
+分子 #51: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
+分子 #52: (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 10280 / 平均電子線量: 46.04 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 165000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |