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- EMDB-10930: Cohesin complex with loader gripping DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10930
タイトルCohesin complex with loader gripping DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Cohesin complex with loader gripping DNA
    • 複合体: Cohesin subunit rad21, Structural maintenance of chromosomes protein 1 and 3
      • タンパク質・ペプチド: Cohesin subunit rad21
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 3
    • 複合体: DNA (32-MER)
      • DNA: DNA (32-MER)
      • DNA: DNA (32-MER)
    • 複合体: Sister chromatid cohesion protein mis4
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein mis4
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードChromosome segregation Sister chromatid cohesion SMC complexes Cohesin ABC-ATPase Mis4-Scc2-NIPBL / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / cohesin loader activity / SMC loading complex / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / : / heterochromatin island / meiotic cohesin complex ...Cohesin Loading onto Chromatin / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / cohesin loader activity / SMC loading complex / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Scc2-Scc4 cohesin loading complex / : / heterochromatin island / meiotic cohesin complex / cohesin complex / mitotic cohesin complex / chromosome, subtelomeric region / establishment of protein localization to chromatin / rDNA heterochromatin / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / condensed chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / chromatin looping / sister chromatid cohesion / mitotic sister chromatid cohesion / nuclear chromosome / mitotic sister chromatid segregation / ATPase activator activity / pericentric heterochromatin / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / chromosome / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / cell division / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein ...HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion protein / Sister chromatid cohesion C-terminal domain / Scc2/Nipped-B family / Sister chromatid cohesion C-terminus / HEAT repeat associated with sister chromatid cohesion / Structural maintenance of chromosomes 3, ABC domain, eukaryotic / Smc1, ATP-binding cassette domain / Rad21/Rec8-like protein, C-terminal, eukaryotic / Rad21/Rec8-like protein, N-terminal / Rad21/Rec8-like protein / Conserved region of Rad21 / Rec8 like protein / N terminus of Rad21 / Rec8 like protein / ScpA-like, C-terminal / Structural maintenance of chromosomes protein / SMCs flexible hinge / SMCs flexible hinge superfamily / SMC proteins Flexible Hinge Domain / SMC proteins Flexible Hinge Domain / RecF/RecN/SMC, N-terminal / RecF/RecN/SMC N terminal domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural maintenance of chromosomes protein 3 / Structural maintenance of chromosomes protein 1 / Cohesin subunit rad21 / Sister chromatid cohesion protein mis4
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母) / Synthetic construct (人工物) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.94 Å
データ登録者Higashi TL / Eickhoff P
資金援助2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)
The Francis Crick Institute
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: A Structure-Based Mechanism for DNA Entry into the Cohesin Ring.
著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J ...著者: Torahiko L Higashi / Patrik Eickhoff / Joana S Sousa / Julia Locke / Andrea Nans / Helen R Flynn / Ambrosius P Snijders / George Papageorgiou / Nicola O'Reilly / Zhuo A Chen / Francis J O'Reilly / Juri Rappsilber / Alessandro Costa / Frank Uhlmann /
要旨: Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and ...Despite key roles in sister chromatid cohesion and chromosome organization, the mechanism by which cohesin rings are loaded onto DNA is still unknown. Here we combine biochemical approaches and cryoelectron microscopy (cryo-EM) to visualize a cohesin loading intermediate in which DNA is locked between two gates that lead into the cohesin ring. Building on this structural framework, we design experiments to establish the order of events during cohesin loading. In an initial step, DNA traverses an N-terminal kleisin gate that is first opened upon ATP binding and then closed as the cohesin loader locks the DNA against the ATPase gate. ATP hydrolysis will lead to ATPase gate opening to complete DNA entry. Whether DNA loading is successful or results in loop extrusion might be dictated by a conserved kleisin N-terminal tail that guides the DNA through the kleisin gate. Our results establish the molecular basis for cohesin loading onto DNA.
履歴
登録2020年4月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月19日-
マップ公開2020年8月19日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6yuf
  • 表面レベル: 0.5
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10930.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å		1.09 Å/pix.
x 360 pix.
= 392.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.5
最小 - 最大-1.6519822 - 4.0692687
平均 (標準偏差)0.0034919416 (±0.06525339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 392.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.091.091.09
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z392.400392.400392.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ280280280
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-1.6524.0690.003

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添付データ

-
追加マップ: density modified map produced with Phenix resolve cryo-EM tool

ファイルemd_10930_additional.map
注釈density modified map produced with Phenix resolve cryo-EM tool
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10930_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10930_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cohesin complex with loader gripping DNA

全体名称: Cohesin complex with loader gripping DNA
要素
  • 複合体: Cohesin complex with loader gripping DNA
    • 複合体: Cohesin subunit rad21, Structural maintenance of chromosomes protein 1 and 3
      • タンパク質・ペプチド: Cohesin subunit rad21
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Structural maintenance of chromosomes protein 3
    • 複合体: DNA (32-MER)
      • DNA: DNA (32-MER)
      • DNA: DNA (32-MER)
    • 複合体: Sister chromatid cohesion protein mis4
      • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein mis4
  • リガンド: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: Cohesin complex with loader gripping DNA

超分子名称: Cohesin complex with loader gripping DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6

+
超分子 #2: Cohesin subunit rad21, Structural maintenance of chromosomes prot...

超分子名称: Cohesin subunit rad21, Structural maintenance of chromosomes protein 1 and 3
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #3-#4
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)

+
超分子 #3: DNA (32-MER)

超分子名称: DNA (32-MER) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6
由来(天然)生物種: Synthetic construct (人工物)

+
超分子 #4: Sister chromatid cohesion protein mis4

超分子名称: Sister chromatid cohesion protein mis4 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)

+
分子 #1: Cohesin subunit rad21

分子名称: Cohesin subunit rad21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 67.913711 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFYSEAILSK KGPLAKVWLA AHWEKKLSKV QTLHTSIEQS VHAIVTEETA PMALRLSGQL MLGVVRIYSR KARYLLEDCT EALMRLKMS FQPGQVDMIE PATALQSLKG KDAVTQSANL TLPETITEFD LLVPDSTFDF QWSQLLRTPS RSSNTLELHS L PISSSPSF ...文字列:
MFYSEAILSK KGPLAKVWLA AHWEKKLSKV QTLHTSIEQS VHAIVTEETA PMALRLSGQL MLGVVRIYSR KARYLLEDCT EALMRLKMS FQPGQVDMIE PATALQSLKG KDAVTQSANL TLPETITEFD LLVPDSTFDF QWSQLLRTPS RSSNTLELHS L PISSSPSF PSSQLSIEAG RNAQVESGFS LGESFAHVGN DMQFHLPISN SGAATPRSVH SDNQSQISIE VGRDAPAAAA TD LSGIIGP QMTKSPASSV THFSTPSMLP IGGTSLDDEL LAPVDDLNLD LGLDDLLGDE QGANAPAIEA DEQAETSSIH LPS DIMEDD SSRPAAAGVE EGQVVESATA PQQEKINPQK TVRRQRAIID PVTELSSKQM KKQLADTSSI TSPLCLNTSS IVFN ATVNF TRNGKFNTSI FSSNLNPKVN ELLQADFKQA ILRKRKNESP EEVEPAKHQR TDTSTENQET AEVLDPEEIA AAELA NITE AAIATLPQET VVQPEGEAPE LGSPMGFPVT ALESADDSLF DAPPVMLDEA DLLGSERLDS SVSEALPSSQ TAKDSL RNK WDPYTEGEKV SFQTLSAGCN REEAVQLFFD VLVLATKDVI SVKQDVAIQN EITLTAKRGM LLSSL

UniProtKB: Cohesin subunit rad21

+
分子 #2: Sister chromatid cohesion protein mis4

分子名称: Sister chromatid cohesion protein mis4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 180.92475 KDa
組換発現生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
配列文字列: MLFEMTPETF KKVNSSNRII KGLQYTPLAS SIPLENGLQN VLYPSSKFQN EPLQLNSEES SIMQRYVDML NPGATFVNDS ETFNFYKNA LSAMITEPAM PAMRVNASPV LDQKVCNSDS LSELNDFTKS LIQPSMLMCE PKEKPDASSI NTNRSSSDNG F LTPSSSPR ...文字列:
MLFEMTPETF KKVNSSNRII KGLQYTPLAS SIPLENGLQN VLYPSSKFQN EPLQLNSEES SIMQRYVDML NPGATFVNDS ETFNFYKNA LSAMITEPAM PAMRVNASPV LDQKVCNSDS LSELNDFTKS LIQPSMLMCE PKEKPDASSI NTNRSSSDNG F LTPSSSPR SPSCSRVFNA VQLCSPKKSK DDITTPKKRL MEDTYSPRES PSKIQRLQDV LLKQLQDTRL LISQVIEAEN SE DFSSNSL FIKREDDDGK HISSHAIEKL YMALTKLSRL GACDKLLEEG SIILVKQILE KELKELPVAC YSIINLHDSL TQF PNLDFI LKTTALVLFI IFLVPSFKKL QNEESILHLL NILHSIFEYT VPEAIDNIVQ SKTSDARTSE IQHLSVLLQK VANV LNILS KVAHEIPLSE AVVIRIVYLF PKVSTLDNSF KTKLPNCNSS SFDFLKAPLF QTLQYLFRLY PYQRDFIIEE SLTNF SHLP TARSVSRTYR LSNGKSIQYY STLFVRLIQS CSIQNLFDSE IVQSESKSTE ALHSGNLTEH LKTVESILSK SRHEEY RIA NHIVAYLLSR SLKQNKTESD NSFAILTKIL LEDLLNMLSL PEWCGTETII RQFAMNLVMT VTNDKQAVSS KNAALDL IS LIVNKVLALF DLSLFEKHNI PAPTNFNDII SFIPSITRLN ELSQVSFNHF YFLCKGDISL ENILPYNYNK WFSFLLQL R KVCNDSEALK IIDNCIDKNM QKSQEGFQGP SPFKADENDE DIFIISLYHS SLFLNLKFFV SLIIGFLDSP QASLRTKCL RIINQMKTIP SILRTHPEVL AQIISKSNDQ SAIVRDTVLD LLGTYIMAYR ETIPQIYGCI ISGISDPSTI VRKRAIKQLC EVYEATEDL NIRVDIASKL LTRSNDEEET ISELSLEVLE KLWFSPASNE LDCQKGYEQL TFLEKQKLRV QYFPILKLCA E PSTERHVL LVTSLKTMLT SKEEINLSTL HTQIRLLLSC LFNQLIEVVT EDQVDESTKG ILYEIMSTLF VFSRAFPFLF DL SYLHLLK PYLRSASTIE EQRFLYYVVA IFRQVLPFQK EISESFLRSL ESVLLQRLTK AGTATLMEIV PCLCSLFTRL NDY ERLKKI VVSCLKSLEE ARHSENNFQK MVRLIDLIGL FSRYGDLNRI NDDWKHSLDF ISPECDDAYV ILLGYFQKLL KDAK GQLRI HIIDNMSRIC LRETSLFISP LMLSTLDMII AENNVNEVSV LFKSFLELLA ADEDLIFEAD QKLSLKGKQN VQSNK SVDR DMLKGTKDKQ WIEGVSASLM QHFLPCILDS CFSKNLRYSM LGIEILKCII HQGLVNPRMC FSTIIALESN AIKETR EVA ILLHTELHRR HESLIDGLYA QSADLIFSLQ KTEEYQTFKL GEFSPFQSAY TIVSADKSSK SRKKLIMQIL KPLKLDG ID LPSFTEEKVS FVSFCCVCLA GIPYVSIEEP LMIISTVDSV LATIGPTITG WMKKLDHERF KILAGINLCN LIYLKRYI K YAFSISDSSR PIREKKPLTL LNRGYVDLIT SDAKPDIVSK LVIKLFEEEN ILSGEDQVEG EQLTVV

UniProtKB: Sister chromatid cohesion protein mis4

+
分子 #3: Structural maintenance of chromosomes protein 1

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 140.728953 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGRLLRLEVE NFKSYRGHQI IGPFEDFTSI IGPNGAGKSN LMDAISFVLG VKSSHLRSTN VKELIYRGKI LQRDNTDFTD SSNPTTAYV KLMYELDNGE QREYKRAITP SGATEYKIDE EIVTFSEYCG SLQKENILVR ARNFLVFQGD VETIASQSPL E LSKLVEQI ...文字列:
MGRLLRLEVE NFKSYRGHQI IGPFEDFTSI IGPNGAGKSN LMDAISFVLG VKSSHLRSTN VKELIYRGKI LQRDNTDFTD SSNPTTAYV KLMYELDNGE QREYKRAITP SGATEYKIDE EIVTFSEYCG SLQKENILVR ARNFLVFQGD VETIASQSPL E LSKLVEQI SGSLEYKSEY DKSKDEQDKA VNLSAHSFNK KRGINAELRQ YQEQKTEAER YQSQKEKRDS AQLVYLLWKL FH LEKSISS NMAEVTRLKA DSIQLIERRD ENTKEIEKLK EKEGSIRRNL LAFDRKVRKQ EKLIASKRPE LISIAEKALE SKS NLRKIQ RKAAEIEKDY SDQASTLQVL ENQLTSLSAA EKEFLKDMQE KEQLKGLRLL PEDKEEYEGL RSEADKLNSN LLFK LQTLN RNIKVTSQSK DSLTSIVGDL ESKIKSLHES VSSLDTERAD LLAKINEKIE SLELEKHDQQ KKRLTYSELF HKTQE LNEE LQSCLQKILE ASADRNESKQ DAKKREALYA LKRIYPEVKG RIIDLCTPTQ KKYESAIAAA LGKNFDAIVV ETQAVA KEC IDYIKEQRIG IMTFFPMDTI AASPVNQKFR GTHKGARLAI DVLNFESEYE RVMISAVGNT LICDSMTVAR DLSYNKR LN AKTVTLEGTV IHKTGLITGG SSNNRSAKHW DDHDFDLLTQ TKDRLMHQIG EIEYQKSSCV ITESDTVKLH SLESEISL L KDKYTVVSRS VEDKKKEIGH YESLIKEKQP HLSELEMELR NFVKSRDELQ IQVEKVEEKI FSGFCKRIGI SDIHTYDEI HRTFTQSFTQ KQLEFTKQKS LLENRISFEK QRVSDTRLRL ERMHKFIEKD QESIDNYEQN REALESEVAT AEAELELLKE DFASENSKT EKILLAASEK KLVGKRLVSE LTKLSGNITL LESEIDRYVS EWHAILRKCK LEDIDVPLRE GSLTSIPIDD V SNSGDITM GEEPSEPVIN FEKFGVEVDY DELDEELRND GSESMASVLQ EKLREYSEEL DQMSPNLRAI ERLETVETRL AK LDEEFAA ARKAAKNAKE RFNAVKQKRL QKFQAAFSHI SEQIDPIYKE LTKSPAFPLG GTAYLTLDDL DEPYLGGIKF HAM PPMKRF RDMDQLSGGE KTMAALALLF AIHSYQPSPF FVLDEIDAAL DQTNVTKIAN YIRQHASSGF QFVVISLKNQ LFSK SEALV GIYRDQQENS SRTLSINLEG YVE

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 1

+
分子 #4: Structural maintenance of chromosomes protein 3

分子名称: Structural maintenance of chromosomes protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
分子量理論値: 137.048344 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MYITKIVIQG FKSYKDYTVI EPLSPHHNVI VGRNGSGKSN FFAAIRFVLS DAYTHLSREE RQALLHEGPG ATVMSAYVEV TFANADNRF PTGKSEVVLR RTIGLKKDEY SLDKKTVSKT EVINLLESAG FSRSNPYYIV PQGRVTSLTN AKDSERLELL K EVAGTQIY ...文字列:
MYITKIVIQG FKSYKDYTVI EPLSPHHNVI VGRNGSGKSN FFAAIRFVLS DAYTHLSREE RQALLHEGPG ATVMSAYVEV TFANADNRF PTGKSEVVLR RTIGLKKDEY SLDKKTVSKT EVINLLESAG FSRSNPYYIV PQGRVTSLTN AKDSERLELL K EVAGTQIY ENRRAESNKI MDETIQKSEK IDELLQYIEE RLRELEEEKN DLAVYHKKDN ERRCLEYAIY SREHDEINSV LD ALEQDRI AALERNDDDS GAFIQREERI ERIKAEITEL NHSLELLRVE KQQNDEDYTN IMKSKVALEL QSSQLSRQIE FSK KDESSK LNILSELESK ISEKENELSE ILPKYNAIVS EADDLNKRIM LLKNQKQSLL DKQSRTSQFT TKKERDEWIR NQLL QINRN INSTKENSDY LKTEYDEMEN ELKAKLSRKK EIEISLESQG DRMSQLLANI TSINERKENL TDKRKSLWRE EAKLK SSIE NVKDDLSRSE KALGTTMDRN TSNGIRAVKD IAERLKLEGY YGPLCELFKV DNRFKVAVEA TAGNSLFHIV VDNDET ATQ ILDVIYKENA GRVTFMPLNK LRPKAVTYPD ASDALPLIQY LEFDPKFDAA IKQVFSKTIV CPSIETASQY ARSHQLN GI TLSGDRSDKK GALTAGYRDY RNSRLDAIKN VKTYQIKFSD LQESLEKCRS EIESFDQKIT ACLDDLQKAQ LSLKQFER D HIPLKDELVT ITGETTDLQE SMHHKSRMLE LVVLELHTLE QQANDLKSEL SSEMDELDPK DVEALKSLSG QIENLSHEF DAIIKERAHI EARKTALEYE LNTNLYLRRN PLKAEIGSDN RIDESELNSV KRSLLKYENK LQIIKSSSSG LEEQMQRINS EISDKRNEL ESLEELQHEV ATRIEQDAKI NERNAAKRSL LLARKKECNE KIKSLGVLPE EAFIKYVSTS SNAIVKKLHK I NEALKDYG SVNKKAYEQF NNFTKQRDSL LARREELRRS QESISELTTV LDQRKDEAIE RTFKQVAKSF SEIFVKLVPA GR GELVMNR RSELSQSIEQ DISMDIDTPS QKSSIDNYTG ISIRVSFNSK DDEQLNINQL SGGQKSLCAL TLIFAIQRCD PAP FNILDE CDANLDAQYR SAIAAMVKEM SKTSQFICTT FRPEMVKVAD NFYGVMFNHK VSTVESISKE EAMAFVEG

UniProtKB: Structural maintenance of chromosomes protein 3

+
分子 #5: DNA (32-MER)

分子名称: DNA (32-MER) / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.852384 KDa
配列文字列:
(DC)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG) (DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DA)(DC)

+
分子 #6: DNA (32-MER)

分子名称: DNA (32-MER) / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 9.82931 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC) (DA)(DA)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG) (DC)(DT)(DG)

+
分子 #7: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

分子名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: BEF
分子量理論値: 66.007 Da
Chemical component information

ChemComp-BEF:
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION

+
分子 #8: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 33.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 883184
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 255148
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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