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万見
- EMDB-1048: Three-dimensional structure of bacteriophage T4 baseplate. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1048
タイトルThree-dimensional structure of bacteriophage T4 baseplate.
マップデータmap contains the baseplate and the proximal part of the tail tube
試料
  • 試料: Bacteriophage T4 baseplate-tail tube assembly
  • タンパク質・ペプチド: baseplate-tail tube complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / virus tail, fiber / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process ...symbiont entry into host cell via disruption of host cell wall peptidoglycan / virus tail, baseplate / virus tail, fiber / viral tail assembly / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / virus tail / symbiont entry into host / viral release from host cell / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / defense response to bacterium / symbiont entry into host cell / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage T4, Gp12 / Short tail fibre protein, C-terminal / Short tail fibre protein, C-terminal superfamily / Phage short tail fibre protein gp12, middle domain / Short tail fibre protein receptor-binding domain / Phage tail collar domain / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, C-terminal / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, N-terminal / Phage tail collar domain superfamily / Gp27, baseplate hub, domain 3 ...Bacteriophage T4, Gp12 / Short tail fibre protein, C-terminal / Short tail fibre protein, C-terminal superfamily / Phage short tail fibre protein gp12, middle domain / Short tail fibre protein receptor-binding domain / Phage tail collar domain / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, C-terminal / Bacteriophage T4, Gp27, baseplate hub, N-terminal / Phage tail collar domain superfamily / Gp27, baseplate hub, domain 3 / Gp27, baseplate hub, domain 4 / Gp27, baseplate hub, domain 2 / Phage Tail Collar Domain / Baseplate structural protein, domain 2 / Baseplate structural protein, domain 1 / Baseplate structural protein Gp11 / Bacteriophage T4, Gp11, C-terminal finger domain / Baseplate structural protein Gp11, N-terminal domain superfamily / Baseplate structural protein Gp11 superfamily / Baseplate structural protein Gp11, C-terminal domain / GP11 baseplate wedge protein / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp6 / : / : / : / : / : / : / Baseplate wedge protein gp6-like, helical domain / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain I / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain II / Baseplate wedge protein gp6, domain II / Baseplate structural protein gp6, C-terminal domain III / Baseplate wedge protein gp10 domain 3 / Baseplate structural protein Gp9 C-terminal domain superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Bacteriophage T4, Gp8 superfamily / Bacteriophage T4, Gp8 / Gp5, C-terminal / Gp5 C-terminal repeat (3 copies) / : / Baseplate structural protein Gp10, C-terminal domain / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 / Baseplate structural protein Gp9/Gp10 middle domain superfamily / Gp9-like superfamily / : / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, N-terminal / Bacteriophage T4 gp9/10-like protein, C-terminal / Protein Gp5, N-terminal OB-fold domain / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Gp5 N-terminal OB domain / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme-like domain superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Baseplate protein gp9 / Baseplate wedge protein gp10 / Baseplate wedge protein gp11 / Short tail fiber protein gp12 / Pre-baseplate central spike protein Gp5 / Baseplate central spike complex protein gp27 / Baseplate wedge protein gp6 / Baseplate wedge protein gp8
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Kostyuchenko VA / Leiman PG / Chipman PR / Kanamaru S / vanRaaij MJ / Arisaka F / Mesyanzhinov VV / Rossmann MG
引用ジャーナル: Nat Struct Biol / 年: 2003
タイトル: Three-dimensional structure of bacteriophage T4 baseplate.
著者: Victor A Kostyuchenko / Petr G Leiman / Paul R Chipman / Shuji Kanamaru / Mark J van Raaij / Fumio Arisaka / Vadim V Mesyanzhinov / Michael G Rossmann /
要旨: The baseplate of bacteriophage T4 is a multiprotein molecular machine that controls host cell recognition, attachment, tail sheath contraction and viral DNA ejection. We report here the three- ...The baseplate of bacteriophage T4 is a multiprotein molecular machine that controls host cell recognition, attachment, tail sheath contraction and viral DNA ejection. We report here the three-dimensional structure of the baseplate-tail tube complex determined to a resolution of 12 A by cryoelectron microscopy. The baseplate has a six-fold symmetric, dome-like structure approximately 520 A in diameter and approximately 270 A long, assembled around a central hub. A 940 A-long and 96 A-diameter tail tube, coaxial with the hub, is connected to the top of the baseplate. At the center of the dome is a needle-like structure that was previously identified as a cell puncturing device. We have identified the locations of six proteins with known atomic structures, and established the position and shape of several other baseplate proteins. The baseplate structure suggests a mechanism of baseplate triggering and structural transition during the initial stages of T4 infection.
履歴
登録2003年5月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年5月19日-
マップ公開2003年9月19日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2
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  • 原子モデルPDB-3h3w
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1048.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1048.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map contains the baseplate and the proximal part of the tail tube
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.98 Å/pix.
x 196 pix.
= 583.829 Å		2.98 Å/pix.
x 196 pix.
= 583.829 Å		2.98 Å/pix.
x 196 pix.
= 583.829 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.97872 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.45 / ムービー #1: 2
最小 - 最大-7.64827013 - 10.344811440000001
平均 (標準偏差)0.0 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-98-98-97
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 583.8291 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.97871938775512.97871938775512.9787193877551
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z583.829583.829583.829
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ0052
NX/NY/NZ12812855
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-98-98-97
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-7.64810.3450.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage T4 baseplate-tail tube assembly

全体名称: Bacteriophage T4 baseplate-tail tube assembly
要素
  • 試料: Bacteriophage T4 baseplate-tail tube assembly
  • タンパク質・ペプチド: baseplate-tail tube complex

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超分子 #1000: Bacteriophage T4 baseplate-tail tube assembly

超分子名称: Bacteriophage T4 baseplate-tail tube assembly / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: the complex has sixfold symmetry / Number unique components: 1

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分子 #1: baseplate-tail tube complex

分子名称: baseplate-tail tube complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Enterobacteria phage T4 (ファージ) / 株: T4 18-,23- / 別称: bacteriophage T4 / Organelle: baseplate and tail tube
組換発現生物種: Escherichia coli BE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

+
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: water
グリッド詳細: holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

+
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/T
日付2001年1月30日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 15 / 平均電子線量: 25 e/Å2
詳細: images were scanned at 7 micron per pixel and averaged 2x2 to give 14 micron per pixel
ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダー: 626 Single Tilt Cryotransfer System / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

+
画像解析

CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: modified SPIDER version was used to allow reconstruction of the whole baseplate-tail tube assembly
使用した粒子像数: 945

+
原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

+
原子モデル構築 2

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

+
原子モデル構築 3

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

+
原子モデル構築 4

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

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原子モデル構築 5

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

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原子モデル構築 6

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

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原子モデル構築 7

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

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原子モデル構築 8

ソフトウェア名称: Situs 2.0, Colores
詳細Protocol: laplacian filtered real space
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-1pdf:
Fitting of gp11 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate-tail tube complex

PDB-1pdi:
Fitting of the C-terminal part of the short tail fibers into the cryo-EM reconstruction of T4 baseplate

PDB-1pdj:
Fitting of gp27 into cryoEM reconstruction of bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdl:
Fitting of gp5 in the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdm:
Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

PDB-1pdp:
Fitting of gp9 structure into the bacteriophage T4 baseplate cryoEM reconstruction

PDB-2fl8:
Fitting of the gp10 trimer structure into the cryoEM map of the bacteriophage T4 baseplate in the hexagonal conformation.

PDB-3h3w:
Fitting of the gp6 crystal structure into 3D cryo-EM reconstruction of bacteriophage T4 dome-shaped baseplate

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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