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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10295 | ||||||||||||
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タイトル | Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, T=1 icosahedron | ||||||||||||
マップデータ | Sharpened map | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Mature retrovirus capsid assembly / VIRAL PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral process / nucleic acid binding / structural molecule activity / zinc ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Acton OJH / Taylor IA | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Structural basis for Fullerene geometry in a human endogenous retrovirus capsid. 著者: Oliver Acton / Tim Grant / Giuseppe Nicastro / Neil J Ball / David C Goldstone / Laura E Robertson / Kasim Sader / Andrea Nans / Andres Ramos / Jonathan P Stoye / Ian A Taylor / Peter B Rosenthal / 要旨: The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames ...The HML2 (HERV-K) group constitutes the most recently acquired family of human endogenous retroviruses, with many proviruses less than one million years old. Many maintain intact open reading frames and provirus expression together with HML2 particle formation are observed in early stage human embryo development and are associated with pluripotency as well as inflammatory disease, cancers and HIV-1 infection. Here, we reconstruct the core structural protein (CA) of an HML2 retrovirus, assemble particles in vitro and employ single particle cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to determine structures of four classes of CA Fullerene shell assemblies. These icosahedral and capsular assemblies reveal at high-resolution the molecular interactions that allow CA to form both pentamers and hexamers and show how invariant pentamers and structurally plastic hexamers associate to form the unique polyhedral structures found in retroviral cores. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10295.map.gz | 677.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10295-v30.xml emd-10295.xml | 15.1 KB 15.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10295.png | 34.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10295.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_10295_additional.map.gz | 676 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10295 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10295 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10295_validation.pdf.gz | 613.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10295_full_validation.pdf.gz | 612.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10295_validation.xml.gz | 8.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10295_validation.cif.gz | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10295 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10295 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10295.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 729 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_10295_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, T=1 ic...
全体 | 名称: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, T=1 icosahedron |
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要素 |
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-超分子 #1: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, T=1 ic...
超分子 | 名称: Human endogenous retrovirus (HML2) mature capsid assembly, T=1 icosahedron タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1.7 MDa |
-分子 #1: Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein
分子 | 名称: Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.570488 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: PVTLEPMPPG EGAQEGEPPT VEARYKSFSI KMLKDMKEGV KQYGPNSPYM RTLLDSIAHG HRLIPYDWEI LAKSSLSPSQ FLQFKTWWI DGVQEQVRRN RAANPPVNID ADQLLGIGQN WSTISQQALM QNEAIEQVRA ICLRAWEKIQ DPGSACPSFN T VRQGSKEP ...文字列: PVTLEPMPPG EGAQEGEPPT VEARYKSFSI KMLKDMKEGV KQYGPNSPYM RTLLDSIAHG HRLIPYDWEI LAKSSLSPSQ FLQFKTWWI DGVQEQVRRN RAANPPVNID ADQLLGIGQN WSTISQQALM QNEAIEQVRA ICLRAWEKIQ DPGSACPSFN T VRQGSKEP YPDFVARLQD VAQKSIADEK ARKVIVELMA YENANPECQS AIKPLKGKVP AGSDVISEYV KACDGIGGAM HK AMLMAQL E UniProtKB: Endogenous retrovirus group K member 24 Gag polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 16 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10935 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 64731 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 90 / 当てはまり具合の基準: map vs model FSC |
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得られたモデル | PDB-6ssj: |