+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10284 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from an aminoglycoside resistant clinical isolate | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | Ribosome / Pseudomonas aeruginosa | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome ...large ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginos (緑膿菌) / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.89 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Halfon Y / Jimenez-Fernande A | |||||||||||||||
資金援助 | デンマーク, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structure of ribosomes from an aminoglycoside-resistant clinical isolate. 著者: Yehuda Halfon / Alicia Jimenez-Fernandez / Ruggero La Rosa / Rocio Espinosa Portero / Helle Krogh Johansen / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Matthew Belousoff / ...著者: Yehuda Halfon / Alicia Jimenez-Fernandez / Ruggero La Rosa / Rocio Espinosa Portero / Helle Krogh Johansen / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Matthew Belousoff / Søren Molin / Ada Yonath / 要旨: Resistance to antibiotics has become a major threat to modern medicine. The ribosome plays a fundamental role in cell vitality by the translation of the genetic code into proteins; hence, it is a ...Resistance to antibiotics has become a major threat to modern medicine. The ribosome plays a fundamental role in cell vitality by the translation of the genetic code into proteins; hence, it is a major target for clinically useful antibiotics. We report here the cryo-electron microscopy structures of the ribosome of a pathogenic aminoglycoside (AG)-resistant strain, as well as of a nonresistance strain isolated from a cystic fibrosis patient. The structural studies disclosed defective ribosome complex formation due to a conformational change of rRNA helix H69, an essential intersubunit bridge, and a secondary binding site of the AGs. In addition, a stable conformation of nucleotides A1486 and A1487, pointing into helix h44, is created compared to a non-AG-bound ribosome. We suggest that altering the conformations of ribosomal protein uL6 and rRNA helix H69, which interact with initiation-factor IF2, interferes with proper protein synthesis initiation. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10284.map.gz | 28.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10284-v30.xml emd-10284.xml | 66.7 KB 66.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10284.png | 93.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10284.cif.gz | 12.9 KB | ||
その他 | emd_10284_additional.map.gz | 192.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10284 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10284 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10284_validation.pdf.gz | 430.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10284_full_validation.pdf.gz | 430.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10284_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10284_validation.cif.gz | 8.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10284 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10284 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10284.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-追加マップ: Unsharp map
ファイル | emd_10284_additional.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Unsharp map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate
+超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa 70s ribosome from a clinical isolate
+分子 #1: Pseudomonas aeruginosa strain PAO1 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S rRNA
+分子 #33: 16S rRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L9
+分子 #9: 50S ribosomal protein L11
+分子 #10: 50S ribosomal protein L13
+分子 #11: 50S ribosomal protein L14
+分子 #12: 50S ribosomal protein L15
+分子 #13: 50S ribosomal protein L16
+分子 #14: 50S ribosomal protein L17
+分子 #15: 50S ribosomal protein L18
+分子 #16: 50S ribosomal protein L19
+分子 #17: 50S ribosomal protein L20
+分子 #18: 50S ribosomal protein L21
+分子 #19: 50S ribosomal protein L22
+分子 #20: 50S ribosomal protein L23
+分子 #21: 50S ribosomal protein L24
+分子 #22: 50S ribosomal protein L25
+分子 #23: 50S ribosomal protein L27
+分子 #24: 50S ribosomal protein L28
+分子 #25: Ribosomal protein uL29
+分子 #26: 50S ribosomal protein L30
+分子 #27: 50S ribosomal protein L31
+分子 #28: 50S ribosomal protein L32
+分子 #29: 50S ribosomal protein L33
+分子 #30: 50S ribosomal protein L34
+分子 #31: 50S ribosomal protein L35
+分子 #32: 50S ribosomal protein L36
+分子 #34: 30S ribosomal protein S2
+分子 #35: 30S ribosomal protein S3
+分子 #36: 30S ribosomal protein S4
+分子 #37: 30S ribosomal protein S5
+分子 #38: 30S ribosomal protein S6
+分子 #39: 30S ribosomal protein S7
+分子 #40: 30S ribosomal protein S8
+分子 #41: 30S ribosomal protein S9
+分子 #42: 30S ribosomal protein S10
+分子 #43: 30S ribosomal protein S11
+分子 #44: 30S ribosomal protein S12
+分子 #45: 30S ribosomal protein S13
+分子 #46: 30S ribosomal protein S14
+分子 #47: 30S ribosomal protein S15
+分子 #48: 30S ribosomal protein S16
+分子 #49: 30S ribosomal protein S17
+分子 #50: 30S ribosomal protein S18
+分子 #51: 30S ribosomal protein S19
+分子 #52: 30S ribosomal protein S20
+分子 #53: 30S ribosomal protein S21
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |