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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10279 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of SERINC from Drosophila melanogaster | |||||||||
マップデータ | main map - auto-sharpened by cryosparc | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Serine incorporator 2 / Serine incorporator/TMS membrane protein / Serine incorporator (Serinc) / phosphatidylserine metabolic process / sphingolipid metabolic process / membrane => GO:0016020 / membrane / Membrane protein TMS1d 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Pye VE / Nans A / Cherepanov P | |||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: A bipartite structural organization defines the SERINC family of HIV-1 restriction factors. 著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / ...著者: Valerie E Pye / Annachiara Rosa / Cinzia Bertelli / Weston B Struwe / Sarah L Maslen / Robin Corey / Idlir Liko / Mark Hassall / Giada Mattiuzzo / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / Yasuhiro Takeuchi / Phillip J Stansfeld / J Mark Skehel / Carol V Robinson / Massimo Pizzato / Peter Cherepanov / 要旨: The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of ...The human integral membrane protein SERINC5 potently restricts HIV-1 infectivity and sensitizes the virus to antibody-mediated neutralization. Here, using cryo-EM, we determine the structures of human SERINC5 and its orthologue from Drosophila melanogaster at subnanometer and near-atomic resolution, respectively. The structures reveal a novel fold comprised of ten transmembrane helices organized into two subdomains and bisected by a long diagonal helix. A lipid binding groove and clusters of conserved residues highlight potential functional sites. A structure-based mutagenesis scan identified surface-exposed regions and the interface between the subdomains of SERINC5 as critical for HIV-1-restriction activity. The same regions are also important for viral sensitization to neutralizing antibodies, directly linking the antiviral activity of SERINC5 with remodeling of the HIV-1 envelope glycoprotein. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10279.map.gz | 79 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10279-v30.xml emd-10279.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10279_fsc.xml | 10.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10279.png | 117.4 KB | ||
マスクデータ | emd_10279_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10279_additional.map.gz emd_10279_half_map_1.map.gz emd_10279_half_map_2.map.gz | 41.7 MB 77.6 MB 77.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10279 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10279 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10279_validation.pdf.gz | 518.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10279_full_validation.pdf.gz | 518.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10279_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10279_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10279 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10279 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10279.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | main map - auto-sharpened by cryosparc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10279_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: volume map without sharpening
ファイル | emd_10279_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | volume map without sharpening | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_10279_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_10279_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : SERINC homo-hexamer
全体 | 名称: SERINC homo-hexamer |
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要素 |
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-超分子 #1: SERINC homo-hexamer
超分子 | 名称: SERINC homo-hexamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: homo-hexamer of SERINC from Drosophila melanogaster recombinantly expressed and purified in detergent micelle; imaged as single particle. |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 328.05646 KDa |
-分子 #1: Membrane protein TMS1d
分子 | 名称: Membrane protein TMS1d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) |
分子量 | 理論値: 54.721738 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
配列 | 文字列: MGAALGICSA AQCAMCCGGT AASMCCSACP SCTNASSSRF MYAFILLVGT VLGAIALSPG LQDTLKKMPF CINSTSSYSS GALSAVSGG SLQVDCEYAL GYMAVYRVCF GMACFFALMS LIMLGVKSSR DPRSHIQNNF WPLKFLICFG AAIGAIFIPD G SFGPAMMW ...文字列: MGAALGICSA AQCAMCCGGT AASMCCSACP SCTNASSSRF MYAFILLVGT VLGAIALSPG LQDTLKKMPF CINSTSSYSS GALSAVSGG SLQVDCEYAL GYMAVYRVCF GMACFFALMS LIMLGVKSSR DPRSHIQNNF WPLKFLICFG AAIGAIFIPD G SFGPAMMW VGLIGGLAFI LVQLVIIVDF AHSLAENWIE SAENSRGYYY ALAGVTLLCY ILSLTGITLL YIYFTTSTGC GI NKFFISI NLIFCLAISV ISILPAVQER LPHSGLLQSS LVTLYTVYLT WSAVANNPEK ECNPGMFGMM EGFGNATTTA APS THTTRV TFDTTNIIGL VVWLLCILYN CISSAVEVSK ISHDNSEKRV LTEALSDTEA GTDGSGKPST DTETEGVTYS WSMF HLVFV CASLYVMMTL TNWYKPHSEI ELFNGNEASM WVKIVSSWLG VFIYGWSLAA PIVLTNRDFS TGGSSGLEVL FQGPG SGGS AWSHPQFEKG GGSGGGSGGS AWSHPQFEK |
-分子 #2: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol
分子 | 名称: Lauryl Maltose Neopentyl Glycol / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: LMN |
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分子量 | 理論値: 1.005188 KDa |
Chemical component information | ChemComp-AV0: |
-分子 #3: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
分子 | 名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: P5S |
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分子量 | 理論値: 792.075 Da |
Chemical component information | ChemComp-P5S: |
-分子 #4: CARDIOLIPIN
分子 | 名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: CDL |
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分子量 | 理論値: 1.464043 KDa |
Chemical component information | ChemComp-CDL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: wait 60 seconds, blot for 3-4 seconds. | ||||||||||||||||||
詳細 | Freshly purified mono-dispersed sample |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 / 詳細: 5,807 movies were collected |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 150.6 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6sp2: |