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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10266 | ||||||||||||
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タイトル | Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | ER / insertase / complex / tail-anchor / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis / protein-membrane adaptor activity ...arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis / protein-membrane adaptor activity / vesicle-mediated transport / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of protein ubiquitination / epidermal growth factor receptor signaling pathway / defense response / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / signal transduction / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | McDowell MA / Heimes M | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Structural Basis of Tail-Anchored Membrane Protein Biogenesis by the GET Insertase Complex. 著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk ...著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk Flemming / Stefan Pfeffer / Blanche Schwappach / Carol V Robinson / Irmgard Sinning / 要旨: Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and ...Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and inserts tail-anchored (TA) proteins into the endoplasmic reticulum (ER) membrane with an insertase (yeast Get1/Get2 or mammalian WRB/CAML) that captures the TA from a cytoplasmic chaperone (Get3 or TRC40, respectively). Here, we present cryo-electron microscopy reconstructions, native mass spectrometry, and structure-based mutagenesis of human WRB/CAML/TRC40 and yeast Get1/Get2/Get3 complexes. Get3 binding to the membrane insertase supports heterotetramer formation, and phosphatidylinositol binding at the heterotetramer interface stabilizes the insertase for efficient TA insertion in vivo. We identify a Get2/CAML cytoplasmic helix that forms a "gating" interaction with Get3/TRC40 important for TA insertion. Structural homology with YidC and the ER membrane protein complex (EMC) implicates an evolutionarily conserved insertion mechanism for divergent substrates utilizing a hydrophilic groove. Thus, we provide a detailed structural and mechanistic framework to understand TA membrane insertion. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10266.map.gz | 84.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10266-v30.xml emd-10266.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10266_fsc_1.xml emd_10266_fsc_2.xml | 10.4 KB 5.8 KB | 表示 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10266.png | 55.6 KB | ||
マスクデータ | emd_10266_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10266.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_10266_additional.map.gz | 82.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10266 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10266_validation.pdf.gz | 556.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10266_full_validation.pdf.gz | 556.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10266_validation.xml.gz | 6.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10266_validation.cif.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10266 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10266 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10266.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10266_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_10266_additional.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
全体 | 名称: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer
超分子 | 名称: Homo sapiens WRB/CAML heterotetramer in complex with a TRC40 dimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 150 KDa |
-超分子 #2: ATPase ASNA1
超分子 | 名称: ATPase ASNA1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Tail-anchored protein insertion receptor WRB and calcium signal-m...
超分子 | 名称: Tail-anchored protein insertion receptor WRB and calcium signal-modulating cyclophilin ligand タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: ATPase ASNA1
分子 | 名称: ATPase ASNA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.14607 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GAMAAGVAGW GVEAEEFEDA PDVEPLEPTL SNIIEQRSLK WIFVGGKGGV GKTTCSCSLA VQLSKGRESV LIISTDPAHN ISDAFDQKF SKVPTKVKGY DNLFAMEIDP SLGVAELPDE FFEEDNMLSM GKKMMQEAMS AFPGIDEAMS YAEVMRLVKG M NFSVVVFD ...文字列: GAMAAGVAGW GVEAEEFEDA PDVEPLEPTL SNIIEQRSLK WIFVGGKGGV GKTTCSCSLA VQLSKGRESV LIISTDPAHN ISDAFDQKF SKVPTKVKGY DNLFAMEIDP SLGVAELPDE FFEEDNMLSM GKKMMQEAMS AFPGIDEAMS YAEVMRLVKG M NFSVVVFD TAPTGHTLRL LNFPTIVERG LGRLMQIKNQ ISPFISQMCN MLGLGDMNAD QLASKLEETL PVIRSVSEQF KD PEQTTFI CVCIAEFLSL YETERLIQEL AKCKIDTHNI IVNQLVFPDP EKPCKMCEAR HKIQAKYLDQ MEDLYEDFHI VKL PLLPHE VRGADKVNTF SALLLEPYKP PSAQGSWSHP QFEK UniProtKB: ATPase GET3 |
-分子 #2: Tail-anchored protein insertion receptor WRB
分子 | 名称: Tail-anchored protein insertion receptor WRB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 20.821668 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MSSAAADHWA WLLVLSFVFG CNVLRILLPS FSSFMSRVLQ KDAEQESQMR AEIQDMKQEL STVNMMDEFA RYARLERKIN KMTDKLKTH VKARTAQLAK IKWVISVAFY VLQAALMISL IWKYYSVPVA VVPSKWITPL DRLVAFPTRV AGGVGITCWI L VCNKVVAI VLHPFSGSGS LEVLFQ UniProtKB: Guided entry of tail-anchored proteins factor 1 |
-分子 #3: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand
分子 | 名称: Calcium signal-modulating cyclophilin ligand / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.279671 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDSFRIFRLV GCALLALGVR AFVCKYLSIF APFLTLQLAY MGLYKYFPKS EKKIKTTVLT AALLLSGIPA EVINRSMDTY SKMGEVFTD LCVYFFTFIF CHELLDYWGS EVPGSGSENL YFQSGSGS UniProtKB: Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.8 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 2 sec. | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||
詳細 | complex stabilised in PMAL-C8 amphipol |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9470 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 45.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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詳細 | 3SJA |
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-6so5: |
-原子モデル構築 2
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-6so5: |