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万見
- EMDB-10258: Cryo-EM structure of nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10258
タイトルCryo-EM structure of nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
マップデータNanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
試料
  • 複合体: Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
    • 複合体: ALG6
      • タンパク質・ペプチド: Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase
    • 複合体: 6AG9 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 6AG9-Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 6AG9-Fab light chain
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: water
機能・相同性
機能・相同性情報


dolichyl-P-Glc:Man9GlcNAc2-PP-dolichol alpha-1,3-glucosyltransferase / oligosaccharide-lipid intermediate biosynthetic process / dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase activity / Biosynthesis of the N-glycan precursor (dolichol lipid-linked oligosaccharide, LLO) and transfer to a nascent protein / dolichol-linked oligosaccharide biosynthetic process / hexosyltransferase activity / protein N-linked glycosylation / protein glycosylation / aerobic respiration / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, ALG6/ALG8 / Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase / ALG6, ALG8 glycosyltransferase family
類似検索 - ドメイン・相同性
Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Bloch JS / Pesciullesi G / Boilevin J / Nosol K / Irobalieva RN / Darbre T / Aebi M / Kossiakoff AA / Reymond JL / Locher KP
資金援助 スイス, 3件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationCRSII3_147632 スイス
Swiss National Science Foundation310030B_166672 スイス
Swiss National Science FoundationCRSII5_173709 スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structure and mechanism of the ER-based glucosyltransferase ALG6.
著者: Joël S Bloch / Giorgio Pesciullesi / Jérémy Boilevin / Kamil Nosol / Rossitza N Irobalieva / Tamis Darbre / Markus Aebi / Anthony A Kossiakoff / Jean-Louis Reymond / Kaspar P Locher /
要旨: In eukaryotic protein N-glycosylation, a series of glycosyltransferases catalyse the biosynthesis of a dolichylpyrophosphate-linked oligosaccharide before its transfer onto acceptor proteins. The ...In eukaryotic protein N-glycosylation, a series of glycosyltransferases catalyse the biosynthesis of a dolichylpyrophosphate-linked oligosaccharide before its transfer onto acceptor proteins. The final seven steps occur in the lumen of the endoplasmic reticulum (ER) and require dolichylphosphate-activated mannose and glucose as donor substrates. The responsible enzymes-ALG3, ALG9, ALG12, ALG6, ALG8 and ALG10-are glycosyltransferases of the C-superfamily (GT-Cs), which are loosely defined as containing membrane-spanning helices and processing an isoprenoid-linked carbohydrate donor substrate. Here we present the cryo-electron microscopy structure of yeast ALG6 at 3.0 Å resolution, which reveals a previously undescribed transmembrane protein fold. Comparison with reported GT-C structures suggests that GT-C enzymes contain a modular architecture with a conserved module and a variable module, each with distinct functional roles. We used synthetic analogues of dolichylphosphate-linked and dolichylpyrophosphate-linked sugars and enzymatic glycan extension to generate donor and acceptor substrates using purified enzymes of the ALG pathway to recapitulate the activity of ALG6 in vitro. A second cryo-electron microscopy structure of ALG6 bound to an analogue of dolichylphosphate-glucose at 3.9 Å resolution revealed the active site of the enzyme. Functional analysis of ALG6 variants identified a catalytic aspartate residue that probably acts as a general base. This residue is conserved in the GT-C superfamily. Our results define the architecture of ER-luminal GT-C enzymes and provide a structural basis for understanding their catalytic mechanisms.
履歴
登録2019年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月4日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2020年4月1日-
現状2020年4月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sni
  • 表面レベル: 0.019
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10258.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10258.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00768 / ムービー #1: 0.019
最小 - 最大-0.09224564 - 0.14414388
平均 (標準偏差)-0.00001527076 (±0.0032000486)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z252.000252.000252.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0920.144-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab

全体名称: Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
要素
  • 複合体: Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
    • 複合体: ALG6
      • タンパク質・ペプチド: Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase
    • 複合体: 6AG9 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 6AG9-Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: 6AG9-Fab light chain
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: water

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超分子 #1: Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab

超分子名称: Nanodisc reconstituted yeast ALG6 in complex with 6AG9 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 112.89472 KDa

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超分子 #2: ALG6

超分子名称: ALG6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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超分子 #3: 6AG9 Fab

超分子名称: 6AG9 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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分子 #1: Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase

分子名称: Dolichyl pyrophosphate Man9GlcNAc2 alpha-1,3-glucosyltransferase
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: dolichyl-P-Glc:Man9GlcNAc2-PP-dolichol alpha-1,3-glucosyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 64.423223 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPGGSTGRLA GAGGEFVDMA IGKRLLVNKP AEESFYASPM YDFLYPFRPV GNQWLPEYII FVCAVILRCT IGLGPYSGKG SPPLYGDFE AQRHWMEITQ HLPLSKWYWY DLQYWGLDYP PLTAFHSYLL GLIGSFFNPS WFALEKSRGF ESPDNGLKTY M RSTVIISD ...文字列:
GPGGSTGRLA GAGGEFVDMA IGKRLLVNKP AEESFYASPM YDFLYPFRPV GNQWLPEYII FVCAVILRCT IGLGPYSGKG SPPLYGDFE AQRHWMEITQ HLPLSKWYWY DLQYWGLDYP PLTAFHSYLL GLIGSFFNPS WFALEKSRGF ESPDNGLKTY M RSTVIISD ILFYFPAVIY FTKWLGRYRN QSPIGQSIAA SAILFQPSLM LIDHGHFQYN SVMLGLTAYA INNLLDEYYA MA AVCFVLS ICFKQMALYY APIFFAYLLS RSLLFPKFNI ARLTVIAFAT LATFAIIFAP LYFLGGGLKN IHQCIHRIFP FAR GIFEDK VANFWCVTNV FVKYKERFTI QQLQLYSLIA TVIGFLPAMI MTLLHPKKHL LPYVLIACSM SFFLFSFQVH EKTI LIPLL PITLLYSSTD WNVLSLVSWI NNVALFTLWP LLKKDGLHLQ YAVSFLLSNW LIGNFSFITP RFLPKSLTPG PSISS INSD YRRRSLLPYN VVWKSFIIGT YIAMGFYHFL DQFVAPPSKY PDLWVLLNCA VGFICFSIFW LWSYYKIFTS GSKSMK DL

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分子 #2: 6AG9-Fab heavy chain

分子名称: 6AG9-Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 24.953664 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC AREYWSWYSY SYGIDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVYSSSIHWV RQAPGKGLEW VASISSYSGY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC AREYWSWYSY SYGIDYWGQG TLVTVSSAST KGPSVFPLAP SSKSTSGGTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGALTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYI CNVNHKPSNT KVDKKVEPKS CDKTHT

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分子 #3: 6AG9-Fab light chain

分子名称: 6AG9-Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 23.65025 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYWVGYPI TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDSQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQSYWVGYPI TFGQGTKVEI KRTVAAPSVF IFPPSDSQLK SGTASVVCLL NNFYPREAKV QWKVDNALQS G NSQESVTE QDSKDSTYSL SSTLTLSKAD YEKHKVYACE VTHQGLSSPV TKSFNRGEC

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分子 #4: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 171764
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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