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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10144 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Potato Leaf Roll Virus VLP | ||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM density map for Potato Leaf Roll Virus VLP | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Luteovirus / Polerovirus / VLP / Capsid. / VIRUS LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / viral capsid / structural molecule activity / Major capsid protein / Coat protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||
生物種 | Potato leafroll virus (ウイルス) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Byrne MJ / Ranson NA | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2019 タイトル: Combining Transient Expression and Cryo-EM to Obtain High-Resolution Structures of Luteovirid Particles. 著者: Matthew J Byrne / John F C Steele / Emma L Hesketh / Miriam Walden / Rebecca F Thompson / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / 要旨: The Luteoviridae are pathogenic plant viruses responsible for significant crop losses worldwide. They infect a wide range of food crops, including cereals, legumes, cucurbits, sugar beet, sugarcane, ...The Luteoviridae are pathogenic plant viruses responsible for significant crop losses worldwide. They infect a wide range of food crops, including cereals, legumes, cucurbits, sugar beet, sugarcane, and potato and, as such, are a major threat to global food security. Viral replication is strictly limited to the plant vasculature, and this phloem limitation, coupled with the need for aphid transmission of virus particles, has made it difficult to generate virus in the quantities needed for high-resolution structural studies. Here, we exploit recent advances in heterologous expression in plants to produce sufficient quantities of virus-like particles for structural studies. We have determined their structures to high resolution by cryoelectron microscopy, providing the molecular-level insight required to rationally interrogate luteovirid capsid formation and aphid transmission, thereby providing a platform for the development of preventive agrochemicals for this important family of plant viruses. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10144.map.gz | 201.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10144-v30.xml emd-10144.xml | 11 KB 11 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10144_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10144.png | 305.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10144.cif.gz | 5.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10144 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10144_validation.pdf.gz | 722.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10144_full_validation.pdf.gz | 722.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10144_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10144_validation.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10144 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM density map for Potato Leaf Roll Virus VLP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.066 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Potato leafroll virus
全体 | 名称: Potato leafroll virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Potato leafroll virus
超分子 | 名称: Potato leafroll virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12045 / 生物種: Potato leafroll virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Potato leafroll virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 23.193391 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: MSTVVVKGNV NGGVQQPRMR RRQSLRRRAN RVQPVVMVTA PGQPRRRRRR RGGNRRSRRT GVPRGRGSSE TFVFTKDNLV GNTQGSFTF GPSLSDCPAF KDGILKAYHE YKITSILLQF VSEASSTSSG SIAYELDPHC KVSSLQSYVN KFQITKGGAK T YQARMING ...文字列: MSTVVVKGNV NGGVQQPRMR RRQSLRRRAN RVQPVVMVTA PGQPRRRRRR RGGNRRSRRT GVPRGRGSSE TFVFTKDNLV GNTQGSFTF GPSLSDCPAF KDGILKAYHE YKITSILLQF VSEASSTSSG SIAYELDPHC KVSSLQSYVN KFQITKGGAK T YQARMING VEWHDSSEDQ CRILWKGNGK SSDSAGSFRV TIKVALQNPK UniProtKB: Coat protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 71.65 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | PDB-6sco: |