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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10037 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Yersinia pseudotuberculosis TcaA-TcaB | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM density map of Yersinia pseudotuberculosis TcaA-TcaB | |||||||||
試料 |
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キーワード | Toxin / membrane permeation / translocation / complex | |||||||||
生物種 | Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Roderer D / Leidreiter F | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019 タイトル: Common architecture of Tc toxins from human and insect pathogenic bacteria. 著者: F Leidreiter / D Roderer / D Meusch / C Gatsogiannis / R Benz / S Raunser / 要旨: Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution ...Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution structures of TcAs from different bacteria suggest a considerable difference in their architecture and possibly in their mechanism of action. Here, we present high-resolution structures of five TcAs from insect and human pathogens, which show a similar overall composition and domain organization. Essential structural features, including a trefoil protein knot, are present in all TcAs, suggesting a common mechanism of action. All TcAs form functional pores and can be combined with TcB-TcC subunits from other species to form active chimeric holotoxins. We identified a conserved ionic pair that stabilizes the shell, likely operating as a strong latch that only springs open after destabilization of other regions. Our results provide new insights into the architecture and mechanism of the Tc toxin family. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10037.map.gz | 47.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10037-v30.xml emd-10037.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10037.png | 71.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10037.cif.gz | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10037 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10037_validation.pdf.gz | 242.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10037_full_validation.pdf.gz | 241.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10037_validation.xml.gz | 8.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10037 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10037 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 620.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM density map of Yersinia pseudotuberculosis TcaA-TcaB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Y. pseudotuberculosis TcaA-TcaB pentamer
全体 | 名称: Y. pseudotuberculosis TcaA-TcaB pentamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Y. pseudotuberculosis TcaA-TcaB pentamer
超分子 | 名称: Y. pseudotuberculosis TcaA-TcaB pentamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Each protomer is a fusion protein of TcaA and TcaB |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-分子 #1: Toxin,Toxin complex subunit TcaB,Putative toxin subunit,Putative ...
分子 | 名称: Toxin,Toxin complex subunit TcaB,Putative toxin subunit,Putative toxin subunit,Toxin,Toxin complex subunit TcaB,Putative toxin subunit,Putative toxin subunit,Toxin,Toxin complex subunit ...名称: Toxin,Toxin complex subunit TcaB,Putative toxin subunit,Putative toxin subunit,Toxin,Toxin complex subunit TcaB,Putative toxin subunit,Putative toxin subunit,Toxin,Toxin complex subunit TcaB,Putative toxin subunit,Putative toxin subunit,Toxin,Toxin complex subunit TcaB,Putative toxin subunit,Putative toxin subunit タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌) |
分子量 | 理論値: 231.985031 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MASQDNIDHT ASVIADTDNT IHQQAKAEER HRQAARRATQ LRNDPVLSGI NKLAFSVAPK ILQPEARTDL SLAEGIPERA NEYADPASI QSLFSPGRYL CELYHVAKEL HEDGNKLHID KRRPDLQDLV LNNSNMNQEV SSLEILLNVL QTKTPLDELT K DTEAHAND ...文字列: MASQDNIDHT ASVIADTDNT IHQQAKAEER HRQAARRATQ LRNDPVLSGI NKLAFSVAPK ILQPEARTDL SLAEGIPERA NEYADPASI QSLFSPGRYL CELYHVAKEL HEDGNKLHID KRRPDLQDLV LNNSNMNQEV SSLEILLNVL QTKTPLDELT K DTEAHAND SSFTLPYDDN LTVINAILED KAISLREIAV LLTEESDFSP TPALVQEQLG LNPASYALID IKSPLDESYA KR LAHATQL SVEQLQWLNK NAIENSSNKN DPAKLEILAV ISEYRRLHQR YGLSVDPFIA IINAVNTTHT NENKTSFFQQ IFS TLDVDA GFNFLDQGSW EVIIRKALGI TAEELLRIAK YCFGKSSISN VKMNSKKFSQ LYRMAMIPRT LGVSFSQAEY LWQL YSHSD ENIMEKIAQG NALTIIDAII VLENTLQWMS EQKLDITTLQ AMLTKQYSTT ATPELFNFLS NIYQTLGKQV YSESL KPNL YRSLANGFHL KANVVAGLVN WLAKNDSEFT LERFWQNISM TFAEEPSLHQ LEVHQPLLIQ CQKLSQYVLI AQWAEL SEQ EIALILLPNG IDNRGSAPSP SITLLKLLSE FKLCQQEAKV SQSELFDIMQ QLITDTNEKQ EKLRNSADKV IRSIAKS IG SINNSMDDID STISIRNGSA TLFPPEHPMY KALKLEVSNL EKSKIQLEGK KKEEEIKLEQ AKDNIQSLIN NWDSEIII R LADAYHWDIN IANSMFILIF GEKINFTFHY ENRNDYHYEE HYGYRFEQKP MYSFDKKLTN GFGSILLLKN HIYIAEKLK IHPGTIIKIK NYIFDDKSNE LENIANKLRV NLGSPTSTVL NKINESRRDA LVNYYLAKNV SGDEKIKTAE QLYQYLLLDT KIGHEVKTS PIAEAISSLQ IYINRCVDGE ENDLHEKNIS THFSSDNFLH GWNSYNKRYA RWAGKEKLMY YAADYIDPTL R YNKTELFN TFEQSINNSR LTEKSVKSAL QSYLISYEKL AQIDTIKELY VENIKTHFFL GKTRESPCQY YWRSGEQLSN DS HHLRWSE WKKVECNING TEEKFFINLS WYRNRLYVDW LNKTAFKTDE GKGKSEYHYN AAYKNDNNAW NDNISNMKIG LPW EQSKDI DEIPPIFINQ DNVNSNSKNE TYFITSGSTI NNIPLFHGGY LEGEIKISFD KNKVKFTLEK PFERINEKSD YVIQ INADM SDFNEIKNEK GESVTVEIKK NFNIMAYSLD EEYLGGNSFN RITFDTNIIH ELDGDISLLP PDSLPLVEKL QTSVD ELLS YSTQKDKIGL DAFSGSYGIY FWEFFFHIPF LASMRFLNEQ RFDLAQHWLK YLLNSAGYRD RNGNLLKEGD NILYWN SLP LQQDTDWDKN TLTLPTDDPD VIAMQDPMQY KLAIFMRTLD LIISQGDQAY RQLERDTLAE AKIYYIQASQ LLGSRPD LN RGHQWENIKL AEESRQAENG HFLPPYNEIL LSYWDKLEIR LYNLRHNLNL DGQPLHLPLF ATPVDPKALQ RQHGAGNG I NSGEQMATAQ TSLYRFPLLI ERAKSAVSSV IQFGNSLQSV LERQDNEAMT LLFQQQQQKV LQHTKDIQNN NIQVLQANL EATNSLKSAA KQRSKHYKEL LDNGISSREQ SGLDLRIDAG AVNIASVAPL MLAAALDTAP NVFGLADGGS HWGAVPYATS ATLQISAGL TESRANINDI KANYDRREQE WTLQKNQADK DAEQLAHQYT SVQEQLNMAQ KQRNLAELEQ GHADALYQMQ S TRFTGKEL YNWMAGRLSG LYFQLFDATQ PLCLMAKAVL EKEVDKAKTD GLFIRSGWND LYQGLLAGED LQLNLQKLEN VW LMEEQRA LEVERTVSLA QHYQQLSDHK FNLAEIVTGY MAQDKDQKTG NEQDFVELKN STLIASLSIK GLNLVEDYPE TMH LGDIRR IKQISVSLPA LLGPYQDVQA TLDYAGENTH LAKGCTALAI SRGMNDSGQF QLDFNDGKYL PFEGIDISDK GTLV LRFPN ATSKQKLLLQ SLSDIILHIR YTIRS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 130.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.25 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 237295 |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPHIRE |