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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0731 | |||||||||
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タイトル | CryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 8.1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cu containing nitrite reductase / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Achromobacter cycloclastes (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Adachi N / Yamaguchi T / Moriya T / Kawasaki M / Koiwai K / Shinoda A / Yamada Y / Yumoto F / Kohzuma T / Senda T | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021 タイトル: 2.85 and 2.99 Å resolution structures of 110 kDa nitrite reductase determined by 200 kV cryogenic electron microscopy. 著者: Naruhiko Adachi / Takahide Yamaguchi / Toshio Moriya / Masato Kawasaki / Kotaro Koiwai / Akira Shinoda / Yusuke Yamada / Fumiaki Yumoto / Takamitsu Kohzuma / Toshiya Senda / 要旨: Cu-containing nitrite reductases (NiRs) are 110 kDa enzymes that play central roles in denitrification. Although the NiRs have been well studied, with over 100 Protein Data Bank entries, such issues ...Cu-containing nitrite reductases (NiRs) are 110 kDa enzymes that play central roles in denitrification. Although the NiRs have been well studied, with over 100 Protein Data Bank entries, such issues as crystal packing, photoreduction, and lack of high pH cases have impeded structural analysis of their catalytic mechanisms. Here we show the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of Achromobacter cycloclastes NiR (AcNiR) at pH 6.2 and 8.1. The optimization of 3D-reconstruction parameters achieved 2.99 and 2.85 Å resolution. Comprehensive comparisons with cryo-EM and 56 AcNiR crystal structures suggested crystallographic artifacts in residues 185-215 and His255' due to packing and photoreduction, respectively. We used a newly developed map comparison method to detect structural change around the type 2 Cu site. While the theoretical estimation of coordinate errors of cryo-EM structures remains difficult, combined analysis using X-ray and cryo-EM structures will allow deeper insight into the local structural changes of proteins. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0731.map.gz | 355.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0731-v30.xml emd-0731.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0731.png | 65.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0731.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0731 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0731 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0731_validation.pdf.gz | 517.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0731_full_validation.pdf.gz | 516.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0731_validation.xml.gz | 7.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0731_validation.cif.gz | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0731 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0731 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6kngMC 0730C 6knfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10581 (タイトル: CryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 8.1 Data size: 1.0 TB Data #1: CryoEM map and model of Nitrite Reductase at pH 8.1 [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0731.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 437.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.88 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Nitrite reductase
全体 | 名称: Nitrite reductase |
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要素 |
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-超分子 #1: Nitrite reductase
超分子 | 名称: Nitrite reductase / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Achromobacter cycloclastes (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-分子 #1: Copper-containing nitrite reductase
分子 | 名称: Copper-containing nitrite reductase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: nitrite reductase (NO-forming) |
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由来(天然) | 生物種: Achromobacter cycloclastes (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 36.621332 KDa |
配列 | 文字列: VDISTLPRVK VDLVKPPFVH AHDQVAKTGP RVVEFTMTIE EKKLVIDREG TEIHAMTFNG SVPGPLMVVH ENDYVELRLI NPDTNTLLH NIDFHAATGA LGGGALTQVN PGEETTLRFK ATKPGVFVYH CAPEGMVPWH VTSGMNGAIM VLPRDGLKDE K GQPLTYDK ...文字列: VDISTLPRVK VDLVKPPFVH AHDQVAKTGP RVVEFTMTIE EKKLVIDREG TEIHAMTFNG SVPGPLMVVH ENDYVELRLI NPDTNTLLH NIDFHAATGA LGGGALTQVN PGEETTLRFK ATKPGVFVYH CAPEGMVPWH VTSGMNGAIM VLPRDGLKDE K GQPLTYDK IYYVGEQDFY VPKDEAGNYK KYETPGEAYE DAVKAMRTLT PTHIVFNGAV GALTGDHALT AAVGERVLVV HS QANRDTR PHLIGGHGDY VWATGKFRNP PDLDQETWLI PGGTAGAAFY TFRQPGVYAY VNHNLIEAFE LGAAGHFKVT GEW NDDLMT SVVKPASM UniProtKB: Copper-containing nitrite reductase |
-分子 #2: COPPER (II) ION
分子 | 名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: CU |
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分子量 | 理論値: 63.546 Da |
Chemical component information | ChemComp-CU: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8.1 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 名称: pottasium phosphate |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was washed by acetone prior to use. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 291 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting time was 15 seconds.. |
詳細 | This sample was mono-disperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 694 / 平均露光時間: 56.37 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: An ab initio model was generated using RELION3's own implementation of Stochastic Gradient Descent (SGD) algorithm and low-pass filtered to 25 A for use as an initial model for 3D refinement. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 89513 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) |