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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0677 | ||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the mammalian DP-state ATP synthase | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / Mitochondrial protein import / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of hydrolase activity / : / heme biosynthetic process / : ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / Mitochondrial protein import / angiostatin binding / ATPase inhibitor activity / Mitochondrial protein degradation / negative regulation of hydrolase activity / : / heme biosynthetic process / : / : / : / : / proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / negative regulation of endothelial cell proliferation / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / erythrocyte differentiation / ADP binding / ATPase binding / mitochondrial inner membrane / calmodulin binding / lipid binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Sus (哺乳類) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Gu JK / Zhang LX / Yi JB / Yang MJ | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound with inhibitory protein IF1. 著者: Jinke Gu / Laixing Zhang / Shuai Zong / Runyu Guo / Tianya Liu / Jingbo Yi / Peiyi Wang / Wei Zhuo / Maojun Yang / 要旨: The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom ...The mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase produces most of the ATP required by mammalian cells. We isolated porcine tetrameric ATP synthase and solved its structure at 6.2-angstrom resolution using a single-particle cryo-electron microscopy method. Two classical V-shaped ATP synthase dimers lie antiparallel to each other to form an H-shaped ATP synthase tetramer, as viewed from the matrix. ATP synthase inhibitory factor subunit 1 (IF1) is a well-known in vivo inhibitor of mammalian ATP synthase at low pH. Two IF1 dimers link two ATP synthase dimers, which is consistent with the ATP synthase tetramer adopting an inhibited state. Within the tetramer, we refined structures of intact ATP synthase in two different rotational conformations at 3.34- and 3.45-Å resolution. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0677.map.gz | 5.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0677-v30.xml emd-0677.xml | 8.3 KB 8.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0677.png | 55.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0677 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0677 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0677_validation.pdf.gz | 328.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0677_full_validation.pdf.gz | 327.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0677_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0677 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0677 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6j5iMC 0667C 0668C 0669C 0670C 6j54C 6j5aC 6j5jC 6j5kC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10283 (タイトル: Cryo-EM structure of the mammalian ATP synthase tetramer bound to inhibitory protein IF1 (Part1) Data size: 141.3 Data #1: Averaged micrographs of mammalian ATP synthase tetramer [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0677.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cryo-EM structure of the mammalian DP-state ATP synthase
全体 | 名称: Cryo-EM structure of the mammalian DP-state ATP synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: Cryo-EM structure of the mammalian DP-state ATP synthase
超分子 | 名称: Cryo-EM structure of the mammalian DP-state ATP synthase タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Sus (哺乳類) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.56 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 291128 |
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初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |