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- EMDB-0469: Cryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of granisetron -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0469
タイトルCryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of granisetron
マップデータ5HT3A receptor in the presence of granisetron
試料
  • 複合体: Serotonin receptor
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-methyl-N-[(1R,5S)-9-methyl-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl]indazole-3-carboxamide
  • リガンド: CHLORIDE ION
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel ...5-hydroxytryptamine 3 receptor / 5-hydroxytryptamine 3 receptor, A subunit / : / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
5-hydroxytryptamine receptor 3A / 5-hydroxytryptamine receptor 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Basak S / Chakrapani S
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM108921 米国
American Heart Association17POST33671152 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)3R01GM108921-03S1 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Molecular mechanism of setron-mediated inhibition of full-length 5-HT receptor.
著者: Sandip Basak / Yvonne Gicheru / Abhijeet Kapoor / Megan L Mayer / Marta Filizola / Sudha Chakrapani /
要旨: Serotonin receptor (5-HTR) is the most common therapeutic target to manage the nausea and vomiting during cancer therapies and in the treatment of irritable bowel syndrome. Setrons, a class of ...Serotonin receptor (5-HTR) is the most common therapeutic target to manage the nausea and vomiting during cancer therapies and in the treatment of irritable bowel syndrome. Setrons, a class of competitive antagonists, cause functional inhibition of 5-HTR in the gastrointestinal tract and brainstem, acting as effective anti-emetic agents. Despite their prevalent use, the molecular mechanisms underlying setron binding and inhibition of 5-HTR are not fully understood. Here, we present the structure of granisetron-bound full-length 5-HTR solved by single-particle cryo-electron microscopy to 2.92 Å resolution. The reconstruction reveals the orientation of granisetron in the orthosteric site with unambiguous density for interacting sidechains. Molecular dynamics simulations and electrophysiology confirm the granisetron binding orientation and the residues central for ligand recognition. Comparison of granisetron-bound 5-HTR with the apo and serotonin-bound structures, reveals key insights into the mechanism underlying 5-HTR inhibition.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月11日-
登録2019年1月17日-
マップ公開2019年7月24日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0201
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0201
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6np0
  • 表面レベル: 0.0201
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0469.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0469.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈5HT3A receptor in the presence of granisetron
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.2 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.2 Å		1.06 Å/pix.
x 300 pix.
= 319.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0201 / ムービー #1: 0.0201
最小 - 最大-0.058081638 - 0.12321002
平均 (標準偏差)0.00022810294 (±0.0026679987)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 319.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.200319.200319.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0580.1230.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0469_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unfiltered half map 1

ファイルemd_0469_half_map_1.map
注釈unfiltered half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: unfiltered half map 2

ファイルemd_0469_half_map_2.map
注釈unfiltered half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Serotonin receptor

全体名称: Serotonin receptor
要素
  • 複合体: Serotonin receptor
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: 1-methyl-N-[(1R,5S)-9-methyl-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl]indazole-3-carboxamide
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: Serotonin receptor

超分子名称: Serotonin receptor / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
組換株: sf9
分子量理論値: 270 KDa

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分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 56.284109 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MRLCIPQVLL ALFLSMLTAP GEGSRRRATQ ARDTTQPALL RLSDHLLANY KKGVRPVRDW RKPTTVSIDV IMYAILNVDE KNQVLTTYI WYRQYWTDEF LQWTPEDFDN VTKLSIPTDS IWVPDILINE FVDVGKSPNI PYVYVHHRGE VQNYKPLQLV T ACSLDIYN ...文字列:
MRLCIPQVLL ALFLSMLTAP GEGSRRRATQ ARDTTQPALL RLSDHLLANY KKGVRPVRDW RKPTTVSIDV IMYAILNVDE KNQVLTTYI WYRQYWTDEF LQWTPEDFDN VTKLSIPTDS IWVPDILINE FVDVGKSPNI PYVYVHHRGE VQNYKPLQLV T ACSLDIYN FPFDVQNCSL TFTSWLHTIQ DINITLWRSP EEVRSDKSIF INQGEWELLE VFPQFKEFSI DISNSYAEMK FY VIIRRRP LFYAVSLLLP SIFLMVVDIV GFCLPPDSGE RVSFKITLLL GYSVFLIIVS DTLPATAIGT PLIGVYFVVC MAL LVISLA ETIFIVRLVH KQDLQRPVPD WLRHLVLDRI AWILCLGEQP MAHRPPATFQ ANKTDDCSGS DLLPAMGNHC SHVG GPQDL EKTPRGRGSP LPPPREASLA VRGLLQELSS IRHFLEKRDE MREVARDWLR VGYVLDRLLF RIYLLAVLAY SITLV TLWS IWHYS

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: 1-methyl-N-[(1R,5S)-9-methyl-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl]indazo...

分子名称: 1-methyl-N-[(1R,5S)-9-methyl-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl]indazole-3-carboxamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: CWB
分子量理論値: 312.409 Da
Chemical component information

ChemComp-CWB:
1-methyl-N-[(1R,5S)-9-methyl-9-azabicyclo[3.3.1]nonan-3-yl]indazole-3-carboxamide / グラニセトロン / 化学療法薬, アンタゴニスト*YM

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分子 #6: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: blot for 2.5 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 実像数: 1318 / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 243290
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6be1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 46757
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 95
得られたモデル

PDB-6np0:
Cryo-EM structure of 5HT3A receptor in presence of granisetron

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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