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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0335 | |||||||||||||||
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タイトル | MicroED Structure of the CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag | |||||||||||||||
![]() | Electron crystallographic map from 3D crystals (MicroED) of a CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag. | |||||||||||||||
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![]() | Bevirimat / HIV-1 Gag / MicroED / Immature Hexagonal Lattice / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex ...host cellular component / Synthesis And Processing Of GAG, GAGPOL Polyproteins / host cell nuclear membrane / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Minus-strand DNA synthesis / Plus-strand DNA synthesis / 2-LTR circle formation / Uncoating of the HIV Virion / viral budding via host ESCRT complex / Vpr-mediated nuclear import of PICs / Early Phase of HIV Life Cycle / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / Binding and entry of HIV virion / Membrane binding and targetting of GAG proteins / viral process / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / host multivesicular body / viral capsid / viral nucleocapsid / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||
![]() | Purdy MD / Shi D | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: MicroED structures of HIV-1 Gag CTD-SP1 reveal binding interactions with the maturation inhibitor bevirimat. 著者: Michael D Purdy / Dan Shi / Jakub Chrustowicz / Johan Hattne / Tamir Gonen / Mark Yeager / ![]() 要旨: HIV-1 protease (PR) cleavage of the Gag polyprotein triggers the assembly of mature, infectious particles. Final cleavage of Gag occurs at the junction helix between the capsid protein CA and the SP1 ...HIV-1 protease (PR) cleavage of the Gag polyprotein triggers the assembly of mature, infectious particles. Final cleavage of Gag occurs at the junction helix between the capsid protein CA and the SP1 spacer peptide. Here we used MicroED to delineate the binding interactions of the maturation inhibitor bevirimat (BVM) using very thin frozen-hydrated, 3D microcrystals of a CTD-SP1 Gag construct with and without bound BVM. The 2.9-Å MicroED structure revealed that a single BVM molecule stabilizes the six-helix bundle via both electrostatic interactions with the dimethylsuccinyl moiety and hydrophobic interactions with the pentacyclic triterpenoid ring. These results provide insight into the mechanism of action of BVM and related maturation inhibitors that will inform further drug discovery efforts. This study also demonstrates the capabilities of MicroED for structure-based drug design. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 25.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.3 KB 14.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 547.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6n3jMC ![]() 0337C ![]() 6n3uC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Electron crystallographic map from 3D crystals (MicroED) of a CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.45712 Å / Y: 0.44928 Å / Z: 0.47463 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
全体 | 名称: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag |
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要素 |
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-超分子 #1: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
超分子 | 名称: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: NL4-3 |
分子量 | 理論値: 12.17387 KDa |
-分子 #1: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag
分子 | 名称: CTD-SP1 fragment of HIV-1 Gag / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.192895 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: HMHHHHHHGG SPTSILDIRQ GPKEPFRDYV DRFYKTLRAE QASQEVKNWM TETLLVQNAN PDCKTILKAL GPGATLEEMM TACQGVGGP GHKARVLAEA MSQVTNTATI M UniProtKB: Gag protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Glow discharge 30s each side | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 6 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 0.05 e/Å2 詳細: Data from 6 crystals was merged for structure determination. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 2000 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES | |||||||||||||||||||||
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Molecular replacement | ソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. dev-2747) | |||||||||||||||||||||
Merging software list | ソフトウェア - 名称: AIMLESS | |||||||||||||||||||||
Crystallography statistics | Number intensities measured: 10480 / Number structure factors: 10480 / Fourier space coverage: 79.8 / R sym: 0.255 / R merge: 0.564 / Overall phase error: 0 / Overall phase residual: 1 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 3.0 Å 殻:
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