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万見
- EMDB-9997: Complex of yeast cytoplasmic dynein MTBD-High and MT with DTT -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9997
タイトルComplex of yeast cytoplasmic dynein MTBD-High and MT with DTT
マップデータCryo-EM map of MTBD-High/MT complex, filtered to the local resolution.
試料
  • 細胞: MTBD-High/MT complex with DTT
    • タンパク質・ペプチド: Alpha tubulin
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, cytoplasmic
キーワードDynein / Microtubule / MOTOR PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding ...karyogamy / astral microtubule / establishment of mitotic spindle localization / nuclear migration along microtubule / minus-end-directed microtubule motor activity / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / nuclear migration / spindle pole body / dynein intermediate chain binding / cytoplasmic microtubule / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / cytoplasmic microtubule organization / Neutrophil degranulation / mitotic spindle organization / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / cell cortex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 ...: / DYN1, AAA+ ATPase lid domain / : / Dynein heavy chain, ATPase lid domain / P-loop containing dynein motor region / Dynein heavy chain, tail / Dynein heavy chain, N-terminal region 1 / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, linker / Dynein heavy chain, AAA module D4 / Dynein heavy chain, coiled coil stalk / Dynein heavy chain / Dynein heavy chain, hydrolytic ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain, ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Dynein heavy chain AAA lid domain superfamily / Dynein heavy chain, domain 2, N-terminal / Dynein heavy chain, linker, subdomain 3 / Dynein heavy chain, AAA1 domain, small subdomain / Dynein heavy chain region D6 P-loop domain / Dynein heavy chain, N-terminal region 2 / Hydrolytic ATP binding site of dynein motor region / Microtubule-binding stalk of dynein motor / P-loop containing dynein motor region D4 / ATP-binding dynein motor region / Dynein heavy chain AAA lid domain / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Dynein heavy chain, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Komori Y / Nishida N
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Science and TechnologyJPMJCR14M1 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101115j003 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for two-way communication between dynein and microtubules.
著者: Noritaka Nishida / Yuta Komori / Osamu Takarada / Atsushi Watanabe / Satoko Tamura / Satoshi Kubo / Ichio Shimada / Masahide Kikkawa /
要旨: The movements of cytoplasmic dynein on microtubule (MT) tracks is achieved by two-way communication between the microtubule-binding domain (MTBD) and the ATPase domain via a coiled-coil stalk, but ...The movements of cytoplasmic dynein on microtubule (MT) tracks is achieved by two-way communication between the microtubule-binding domain (MTBD) and the ATPase domain via a coiled-coil stalk, but the structural basis of this communication remains elusive. Here, we regulate MTBD either in high-affinity or low-affinity states by introducing a disulfide bond to the stalk and analyze the resulting structures by NMR and cryo-EM. In the MT-unbound state, the affinity changes of MTBD are achieved by sliding of the stalk α-helix by a half-turn, which suggests that structural changes propagate from the ATPase-domain to MTBD. In addition, MT binding induces further sliding of the stalk α-helix even without the disulfide bond, suggesting how the MT-induced conformational changes propagate toward the ATPase domain. Based on differences in the MT-binding surface between the high- and low-affinity states, we propose a potential mechanism for the directional bias of dynein movement on MT tracks.
履歴
登録2019年7月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2020年3月4日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kiq
  • 表面レベル: 0.125
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6kiq
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9997.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9997.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of MTBD-High/MT complex, filtered to the local resolution.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 180 pix.
= 237.6 Å		1.32 Å/pix.
x 180 pix.
= 237.6 Å		1.32 Å/pix.
x 180 pix.
= 237.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.125 / ムービー #1: 0.125
最小 - 最大-0.36650035 - 0.8984432
平均 (標準偏差)0.0096481275 (±0.054478526)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 237.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z237.600237.600237.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ512512512
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.3670.8980.010

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MTBD-High/MT complex with DTT

全体名称: MTBD-High/MT complex with DTT
要素
  • 細胞: MTBD-High/MT complex with DTT
    • タンパク質・ペプチド: Alpha tubulin
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Dynein heavy chain, cytoplasmic

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超分子 #1: MTBD-High/MT complex with DTT

超分子名称: MTBD-High/MT complex with DTT / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: DTT was added to cleave the disulfide bond between CC1 and CC2 of MTBD-High
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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分子 #1: Alpha tubulin

分子名称: Alpha tubulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 45.95998 KDa
配列文字列: RECISIHVGQ AGVQIGNACW ELYCLEHGIQ PDGHVPRAVF VDLEPTVIDE VRTGTYRQLF HPEQLITGKE DAANNYARGH YTIGKEIID LVLDRIRKLA DQCTGLQGFS VFHSFGGGTG SGFTSLLMER LSVDYGKKSK LEFSIYPAPQ VSTAVVEPYN S ILTTHTTL ...文字列:
RECISIHVGQ AGVQIGNACW ELYCLEHGIQ PDGHVPRAVF VDLEPTVIDE VRTGTYRQLF HPEQLITGKE DAANNYARGH YTIGKEIID LVLDRIRKLA DQCTGLQGFS VFHSFGGGTG SGFTSLLMER LSVDYGKKSK LEFSIYPAPQ VSTAVVEPYN S ILTTHTTL EHSDCAFMVD NEAIYDICRR NLDIERPTYT NLNRLIGQIV SSITASLRFD GALNVDLTEF QTNLVPYPRG HF PLATYAP VISAEKAYHE QLSVAEITNA CFEPANQMVK CDPRHGKYMA CCLLYRGDVV PKDVNAAIAT IKTKRTIQFV DWC PTGFKV GINYEPPTVV PGGDLAKVQR AVCMLSNTTA IAEAWARLDH KFDLMYAKRA FVHWYVGEGM EEGEFSEARE DMAA LEKDY EEVGVDS

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 47.809746 KDa
配列文字列: REIVHIQAGQ CGNQIGAKFW EVISDEHGID PTGSYHGDSD LQLERINVYY NEAAGNKYVP RAILVDLEPG TMDSVRSGPF GQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP D RIMNTFSV ...文字列:
REIVHIQAGQ CGNQIGAKFW EVISDEHGID PTGSYHGDSD LQLERINVYY NEAAGNKYVP RAILVDLEPG TMDSVRSGPF GQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP D RIMNTFSV VPSPKVSDTV VEPYNATLSV HQLVENTDET YCIDNEALYD ICFRTLKLTT PTYGDLNHLV SATMSGVTTC LR FPGQLNA DLRKLAVNMV PFPRLHFFMP GFAPLTSRGS QQYRALTVPE LTQQMFDAKN MMAACDPRHG RYLTVAAVFR GRM SMKEVD EQMLNVQNKN SSYFVEWIPN NVKTAVCDIP PRGLKMSATF IGNSTAIQEL FKRISEQFTA MFRRKAFLHW YTGE GMDEM EFTEAESNMN DLVSEYQQYQ D

UniProtKB: Tubulin beta chain

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分子 #3: Dynein heavy chain, cytoplasmic

分子名称: Dynein heavy chain, cytoplasmic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 15.264564 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MKSIQDCEPT ILEAQRGVKN IKKQQLTEIR SMVNPPSGVK IVMEAVCAIL GYQFSNWRDI QQFIRKDDFI HNIVHYDTTL HMKPQIRKY MEEEFLSDPN FTYETINRAS KACGPLYQWV NAQINFSKCL E

UniProtKB: Dynein heavy chain, cytoplasmic

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMC8H18N2O6S2PIPES pH 6.8
1.0 mMC14H24N2O10EGTA
1.0 mMMgCl2magnesium chloride
0.01 %C14H22O(C2H4O)nNP40

詳細: DTT was added to the final concentration of 1 mM.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER/RHODIUM
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279.0 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 621 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.2219 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.7519 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: FSCtrue was calculated to validate the resolution. / 使用した粒子像数: 32666
Segment selection選択した数: 35636 / 詳細: particles were collected using PyFilamentPicker
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Cryo-EM map of microtubule filtered to 8 Angstroms
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: FREALIGN v9.11 and "super-particle" based approach were used to refine the angular assignment

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6kiq:
Complex of yeast cytoplasmic dynein MTBD-High and MT with DTT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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