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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9261 | |||||||||
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タイトル | Electron cryotomogram of Bdellovibrio bacteriovorus acquired by continuous tilting | |||||||||
マップデータ | Tomographic reconstruction of Bdellovibrio bacteriovorus cell. Binned 4 times. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Chreifi G / Chen S / Metskas LA / Kaplan M / Jensen GJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Rapid tilt-series acquisition for electron cryotomography. 著者: Georges Chreifi / Songye Chen / Lauren Ann Metskas / Mohammed Kaplan / Grant J Jensen / 要旨: Using a new Titan Krios stage equipped with a single-axis holder, we developed two methods to accelerate the collection of tilt-series. We demonstrate a continuous-tilting method that can record a ...Using a new Titan Krios stage equipped with a single-axis holder, we developed two methods to accelerate the collection of tilt-series. We demonstrate a continuous-tilting method that can record a tilt-series in seconds, but with loss of details finer than ∼4 nm. We also demonstrate a fast-incremental method that can record a tilt-series several-fold faster than current methods and with similar resolution. We characterize the utility of both methods in real biological electron cryotomography workflows. We identify opportunities for further improvements in hardware and software and speculate on the impact such advances could have on structural biology. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9261.map.gz | 880.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9261-v30.xml emd-9261.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9261.png | 126.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9261 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9261 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9261_validation.pdf.gz | 78.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9261_full_validation.pdf.gz | 78 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9261_validation.xml.gz | 499 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9261 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9261 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 9260C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10225 (タイトル: Bdellovibrio electron cryotomography tilt-series acquired by continuous tilting Data size: 2.1 Data #1: Bdellovibrio bacteriovorus electron cryotomography tilt-series acquired by continuous tilting [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1019.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomographic reconstruction of Bdellovibrio bacteriovorus cell. Binned 4 times. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 17.28 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bdellovibrio bacteriovorus
全体 | 名称: Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) |
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要素 |
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-超分子 #1: Bdellovibrio bacteriovorus
超分子 | 名称: Bdellovibrio bacteriovorus / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Bdellovibrio bacteriovorus (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: Ted Pella / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.08 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 1260 |
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