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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9233 | |||||||||
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タイトル | T20S proteasome | |||||||||
![]() | T20S sharpened masked map | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å | |||||||||
![]() | Eng ET / Kopylov M / Jordan KJ / Rice WJ / Carragher BO / Potter CS | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Reducing cryoEM file storage using lossy image formats. 著者: Edward T Eng / Mykhailo Kopylov / Carl J Negro / Sarkis Dallaykan / William J Rice / Kelsey D Jordan / Kotaro Kelley / Bridget Carragher / Clinton S Potter / ![]() 要旨: Recent advances in instrumentation and software for cryoEM have increased the applicability and utility of this method. High levels of automation and faster data acquisition rates require hard ...Recent advances in instrumentation and software for cryoEM have increased the applicability and utility of this method. High levels of automation and faster data acquisition rates require hard decisions to be made regarding data retention. Here we investigate the efficacy of data compression applied to aligned summed movie files. Surprisingly, these images can be compressed using a standard lossy method that reduces file storage by 90-95% and yet can still be processed to provide sub-2 Å reconstructed maps. We do not advocate this as an archival method, but it may provide a useful means for retaining images as an historical record, especially at large facilities. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 30.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.8 KB 19.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 217.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 192.9 MB 194 MB 194.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9203C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data #1: unaligned multi-frame micrographs of T20S (18mar31a) [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | T20S sharpened masked map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6616 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: T20S unsharpened map
ファイル | emd_9233_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | T20S unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: T20S even half map
ファイル | emd_9233_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | T20S even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: T20S odd half map
ファイル | emd_9233_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | T20S odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : 20S proteasome
全体 | 名称: 20S proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: 20S proteasome
超分子 | 名称: 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 700 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.21 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: 20 mM Tris, 150 mM NaCl | |||||||||
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 75 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 詳細: Blotted for 2.5 seconds after a 30 second wait time.. | |||||||||
詳細 | 1.2/1.3 C-Flat grid, plasma cleaned |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K |
詳細 | Leginon |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1173 / 平均露光時間: 6.259 sec. / 平均電子線量: 62.59 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 5 frames per second. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.02 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.2 µm / 倍率(補正後): 75574 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 37000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |