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- EMDB-8445: Structure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly inter... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8445
タイトルStructure of bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D
マップデータClass D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate
試料
  • 複合体: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Tan Y / Davis JH / Lyumkis D
資金援助 米国, シンガポール, 7件
OrganizationGrant number国
Jane Coffin Childs Foundation post-doctoral fellowship 米国
Leona M. and Harry B. Helmsley Charitable Trust Grant2012-PG-MED002 米国
National Institute of Aging K99 transitional awardAG050749 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM053757 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103310 米国
Agency for Science, Technology and Research Singapore シンガポール
Simons Foundation349247 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Modular Assembly of the Bacterial Large Ribosomal Subunit.
著者: Joseph H Davis / Yong Zi Tan / Bridget Carragher / Clinton S Potter / Dmitry Lyumkis / James R Williamson /
要旨: The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as ...The ribosome is a complex macromolecular machine and serves as an ideal system for understanding biological macromolecular assembly. Direct observation of ribosome assembly in vivo is difficult, as few intermediates have been isolated and thoroughly characterized. Herein, we deploy a genetic system to starve cells of an essential ribosomal protein, which results in the accumulation of assembly intermediates that are competent for maturation. Quantitative mass spectrometry and single-particle cryo-electron microscopy reveal 13 distinct intermediates, which were each resolved to ∼4-5 Å resolution and could be placed in an assembly pathway. We find that ribosome biogenesis is a parallel process, that blocks of structured rRNA and proteins assemble cooperatively, and that the entire process is dynamic and can be "re-routed" through different pathways as needed. This work reveals the complex landscape of ribosome assembly in vivo and provides the requisite tools to characterize additional assembly pathways for ribosomes and other macromolecular machines.
履歴
登録2016年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月16日-
マップ公開2016年12月14日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0266
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8445.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 320 pix.
= 419.2 Å		1.31 Å/pix.
x 320 pix.
= 419.2 Å		1.31 Å/pix.
x 320 pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0266 / ムービー #1: 0.0266
最小 - 最大-0.044663772 - 0.15514016
平均 (標準偏差)-0.0012299052 (±0.0062173274)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z419.200419.200419.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0450.155-0.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_8445_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate -...

ファイルemd_8445_additional.map
注釈Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate - Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate -...

ファイルemd_8445_half_map_1.map
注釈Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate - Halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate -...

ファイルemd_8445_half_map_2.map
注釈Class D bL17-Depleted 50S Ribosomal Biogenesis Intermediate - Halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D

全体名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D
要素
  • 複合体: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D

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超分子 #1: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D

超分子名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate - Class D
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: E. coli large ribosome subunit purified from bL17-depleted cells.
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: NCM3722 rplQ::cat, pHSL-rplQ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris Hydrochloride
100.0 mMNH4ClAmmonium Chloride
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.5 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic Acid
6.0 mMC2H6OSBeta-mercaptoethanol

詳細: Most of the sucrose was removed by spin concentration
グリッドモデル: C-Flat CF-1.2/1.3-4Au / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 3 microliter of the sample was added..
詳細Fraction was obtained directly from a sucrose gradient, and was spin-concentrated in a 100 kDa MW-cutoff filter.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data was acquired using tilts ranging from 10-60 degrees, in addition to untilted images at 0 degrees. The CTF was estimated on a per-particle basis to account for the gradient of CTF values across individual micrographs
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2479 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 34.27 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 38167 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 447017
詳細: 84028 particles were initially picked with DoG picker. These particles were put through 2D classification. Good class 2D class averages then served as templates for FindEM. FindEM picked a ...詳細: 84028 particles were initially picked with DoG picker. These particles were put through 2D classification. Good class 2D class averages then served as templates for FindEM. FindEM picked a total of 447017 particles.
CTF補正ソフトウェア: (名称: CTFFIND (ver. 3), CTFTILT, Gctf (ver. 0.5), Appion)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model was produced from the 2D class averages using Optimod in the Appion pipeline.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.07) / 使用した粒子像数: 26294
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Xmipp
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.07)
最終 3次元分類クラス数: 15 / 平均メンバー数/クラス: 8800 / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.07)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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