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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7150 | |||||||||
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タイトル | Apoferritin with 0.5 mM TCEP on a carbon nanowire grid plunged with Spotiton | |||||||||
![]() | Tomogram of apoferritin with 0.5 mM TCEP single particle | |||||||||
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生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
![]() | Noble AN / Dandey VP / Wei H / Brasch J / Chase J / Acharya P / Tan Y / Zhang Z / Kim LY / Scapin G ...Noble AN / Dandey VP / Wei H / Brasch J / Chase J / Acharya P / Tan Y / Zhang Z / Kim LY / Scapin G / Rapp M / Eng ET / Rice WJ / Cheng A / Negro CJ / Shapiro L / Kwong PD / Jeruzalmi D / des Georges A / Potter CS / Carragher B | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Routine single particle CryoEM sample and grid characterization by tomography. 著者: Alex J Noble / Venkata P Dandey / Hui Wei / Julia Brasch / Jillian Chase / Priyamvada Acharya / Yong Zi Tan / Zhening Zhang / Laura Y Kim / Giovanna Scapin / Micah Rapp / Edward T Eng / ...著者: Alex J Noble / Venkata P Dandey / Hui Wei / Julia Brasch / Jillian Chase / Priyamvada Acharya / Yong Zi Tan / Zhening Zhang / Laura Y Kim / Giovanna Scapin / Micah Rapp / Edward T Eng / William J Rice / Anchi Cheng / Carl J Negro / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / David Jeruzalmi / Amedee des Georges / Clinton S Potter / Bridget Carragher / ![]() 要旨: Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is often performed under the assumption that particles are not adsorbed to the air-water interfaces and in thin, vitreous ice. In this study, we ...Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is often performed under the assumption that particles are not adsorbed to the air-water interfaces and in thin, vitreous ice. In this study, we performed fiducial-less tomography on over 50 different cryoEM grid/sample preparations to determine the particle distribution within the ice and the overall geometry of the ice in grid holes. Surprisingly, by studying particles in holes in 3D from over 1000 tomograms, we have determined that the vast majority of particles (approximately 90%) are adsorbed to an air-water interface. The implications of this observation are wide-ranging, with potential ramifications regarding protein denaturation, conformational change, and preferred orientation. We also show that fiducial-less cryo-electron tomography on single particle grids may be used to determine ice thickness, optimal single particle collection areas and strategies, particle heterogeneity, and de novo models for template picking and single particle alignment. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 1.5 GB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 8.6 KB 8.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 230.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7135C ![]() 7138C ![]() 7139C ![]() 7140C ![]() 7141C ![]() 7142C ![]() 7143C ![]() 7144C ![]() 7145C ![]() 7146C ![]() 7147C ![]() 7148C ![]() 7149C ![]() 7151C ![]() 7152C ![]() 7153C ![]() 7154C C: 同じ文献を引用 ( |
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電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 35.3 / Data #1: Tilt-series image stacks [tilt series] Data #2: Appion-Protomo tilt-series alignments [tilt series] Data #3: Manual particle picking in Dynamo [picked particles - single frame - processed]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tomogram of apoferritin with 0.5 mM TCEP single particle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Apoferritin with 0.5 mM TCEP
全体 | 名称: Apoferritin with 0.5 mM TCEP |
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要素 |
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-超分子 #1: Apoferritin with 0.5 mM TCEP
超分子 | 名称: Apoferritin with 0.5 mM TCEP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Tomography on single particle sample |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 詳細: Spotiton. |
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切片作成 | その他: NO SECTIONING |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Appion-Protomo fiducial-less tilt-series alignment |
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最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 詳細: Saxton scheme / 使用した粒子像数: 33 |