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- EMDB-6737: Natural chromatin is heterogeneous and self associates in vitro -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6737
タイトルNatural chromatin is heterogeneous and self associates in vitro
マップデータCryotomogram of picoplankton chromatin in 5mM EDTA.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Chromatin released from the picoplankton Ostreococcus tauri, in 5mM EDTA
生物種Ostreococcus tauri (植物)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Cai S / Song Y / Chen C / Shi J / Gan L
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2018
タイトル: Natural chromatin is heterogeneous and self-associates in vitro.
著者: Shujun Cai / Yajiao Song / Chen Chen / Jian Shi / Lu Gan /
要旨: The 30-nm fiber is commonly formed by oligonucleosome arrays in vitro but rarely found inside cells. To determine how chromatin higher-order structure is controlled, we used electron cryotomography ...The 30-nm fiber is commonly formed by oligonucleosome arrays in vitro but rarely found inside cells. To determine how chromatin higher-order structure is controlled, we used electron cryotomography (cryo-ET) to study the undigested natural chromatin released from two single-celled organisms in which 30-nm fibers have not been observed in vivo: picoplankton and yeast. In the presence of divalent cations, most of the chromatin from both organisms is condensed into a large mass in vitro. Rare irregular 30-nm fibers, some of which include face-to-face nucleosome interactions, do form at the periphery of this mass. In the absence of divalent cations, picoplankton chromatin decondenses into open zigzags. By contrast, yeast chromatin mostly remains condensed, with very few open motifs. Yeast chromatin packing is largely unchanged in the absence of linker histone and mildly decondensed when histones are more acetylated. Natural chromatin is therefore generally nonpermissive of regular motifs, even at the level of oligonucleosomes.
履歴
登録2017年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2018年5月23日-
更新2018年5月23日-
現状2018年5月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_6737.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6737.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Cryotomogram of picoplankton chromatin in 5mM EDTA.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
9.12 Å/pix.
x 174 pix.
= 1586.88 Å		9.12 Å/pix.
x 1238 pix.
= 11290.56 Å		9.12 Å/pix.
x 2807 pix.
= 25599.84 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-6665. - 5158.
平均 (標準偏差)210.984970000000004 (±153.699569999999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-2855-82279
サイズ12382807174
Spacing28071238174
セルA: 25599.84 Å / B: 11290.56 Å / C: 1586.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z9.129.129.12
M x/y/z28071238174
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z25599.84011290.5601586.880
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-822-285579
NC/NR/NS28071238174
D min/max/mean-6665.0005158.000210.985

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添付データ

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追加マップ: Cryotomogram of yeast chromatin in 50mM EDTA.

ファイルemd_6737_additional.map
注釈Cryotomogram of yeast chromatin in 50mM EDTA.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chromatin released from the picoplankton Ostreococcus tauri, in 5...

全体名称: Chromatin released from the picoplankton Ostreococcus tauri, in 5mM EDTA
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Chromatin released from the picoplankton Ostreococcus tauri, in 5mM EDTA

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超分子 #1: Chromatin released from the picoplankton Ostreococcus tauri, in 5...

超分子名称: Chromatin released from the picoplankton Ostreococcus tauri, in 5mM EDTA
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Ostreococcus tauri (植物) / 株: RCC 745

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
144.0 mMSucrose
6.0 %Glycerol
5.0 mMEDTA
1.0 xProtease inhibitor cocktail, EDTA free
グリッドモデル: Protochips CF-4/2-2C-T / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: 15mA, Emitech K100X
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Sigma / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 62 / 平均電子線量: 2.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 11.0 µm / 倍率（補正後）: 15678 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 8700
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9) / 使用した粒子像数: 59
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.8)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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