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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6458 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of 11-fold NAIP2/NLRC4 inflammasome | |||||||||
試料 |
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キーワード | Inflammasome / NLRC4 / NAIP2 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to bacterium / inflammatory response ...IPAF inflammasome complex / pyroptotic inflammatory response / detection of bacterium / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / protein homooligomerization / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / regulation of apoptotic process / defense response to bacterium / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / protein homodimerization activity / ATP binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang L / Chen S / Ruan J / Wu J / Tong AB / Yin Q / Li Y / David L / Lu A / Wang WL ...Zhang L / Chen S / Ruan J / Wu J / Tong AB / Yin Q / Li Y / David L / Lu A / Wang WL / Marks C / Ouyang Q / Zhang X / Mao Y / Wu H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: Cryo-EM structure of the activated NAIP2-NLRC4 inflammasome reveals nucleated polymerization. 著者: Liman Zhang / Shuobing Chen / Jianbin Ruan / Jiayi Wu / Alexander B Tong / Qian Yin / Yang Li / Liron David / Alvin Lu / Wei Li Wang / Carolyn Marks / Qi Ouyang / Xinzheng Zhang / Youdong Mao / Hao Wu / 要旨: The NLR family apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) bind conserved bacterial ligands, such as the bacterial rod protein PrgJ, and recruit NLR family CARD-containing protein 4 (NLRC4) as the ...The NLR family apoptosis inhibitory proteins (NAIPs) bind conserved bacterial ligands, such as the bacterial rod protein PrgJ, and recruit NLR family CARD-containing protein 4 (NLRC4) as the inflammasome adapter to activate innate immunity. We found that the PrgJ-NAIP2-NLRC4 inflammasome is assembled into multisubunit disk-like structures through a unidirectional adenosine triphosphatase polymerization, primed with a single PrgJ-activated NAIP2 per disk. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction at subnanometer resolution revealed a ~90° hinge rotation accompanying NLRC4 activation. Unlike in the related heptameric Apaf-1 apoptosome, in which each subunit needs to be conformationally activated by its ligand before assembly, a single PrgJ-activated NAIP2 initiates NLRC4 polymerization in a domino-like reaction to promote the disk assembly. These insights reveal the mechanism of signal amplification in NAIP-NLRC4 inflammasomes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6458.map.gz | 313.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6458-v30.xml emd-6458.xml | 13.2 KB 13.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6458.png | 322.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6458 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6458 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6458_validation.pdf.gz | 401.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6458_full_validation.pdf.gz | 401.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6458_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6458 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6458 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3jblMC 6459C 6460C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10063 (タイトル: Cryo-EM Structure of the Activated NAIP2/NLRC4 Inflammasome Reveals Nucleated Polymerization Data size: 1.7 TB Data #1: Drift-corrected micrographs of NLRC4/NAIP2 inflammasome [micrographs - single frame] Data #2: Single-particle stacks of NLRC4/NAIP2 inflammasome [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6458.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 335 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of 11-fold NAIP2/NLRC4 inflammasome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk
全体 | 名称: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk |
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要素 |
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-超分子 #1000: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk
超分子 | 名称: NAIP2/NLRC4 inflammasome, 11-fold disk / タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The sample contains multiple oligomeric states, including 10-fold, 11-fold, and 12-fold disks. 集合状態: One NAIP2 subunit and ten NLRC subunits / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 1.8 MDa / 理論値: 1.8 MDa |
-分子 #1: NLR family CARD domain-containing protein 4
分子 | 名称: NLR family CARD domain-containing protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NLRC4 詳細: One activated NAIP2 induces polymerization of NLRC4. コピー数: 10 集合状態: NLRC4 inflammasome comprises ten NLRC4 and one NAIP2 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: RAW 264.7 / 別称: mouse 組織: Abelson murine leukemia virus-induced tumor; ascites 細胞: macrophage / 細胞中の位置: cytosol |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: IPLB-SF21-AE / 組換細胞: Sf21 / 組換プラスミド: pFastBac1 |
配列 | UniProtKB: NLR family CARD domain-containing protein 4 |
-分子 #2: NLR family, apoptosis inhibitory protein 2
分子 | 名称: NLR family, apoptosis inhibitory protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: NAIP2 詳細: One activated NAIP2 induces polymerization of NLRC4. コピー数: 1 集合状態: NLRC4 inflammasome comprises one NAIP2 and ten NLRC4 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: RAW 264.7 / 別称: mouse 組織: Abelson murine leukemia virus-induced tumor; ascites 細胞: macrophage / 細胞中の位置: cytosol |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 組換株: IPLB-SF21-AE / 組換細胞: Sf21 / 組換プラスミド: pFastBac1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 2 mM DTT |
グリッド | 詳細: 400 mesh C-flat grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 103 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for one second before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | OTHER |
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温度 | 最低: 79.5 K / 最高: 80 K / 平均: 79.5 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 21,000 times magnification. |
日付 | 2015年4月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 9113 / 平均電子線量: 48 e/Å2 詳細: average of 36 frames recorded by the direct electron detector ビット/ピクセル: 8 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 28736 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 21000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Wiener-type filter |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider, EMAN2, Relion / 使用した粒子像数: 75114 |