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- EMDB-61926: Triangular complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-61926
タイトルTriangular complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein with 13 subunits
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: Nucleoprotein complexes of the Borna disease virus 1
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
キーワードnucleoprotein / complex / VIRAL PROTEIN
生物種Borna disease virus 1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.57 Å
データ登録者Sugita Y / Hirai Y / Horie M
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Science and Technology21460759 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)24K02284 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tetrameric nucleoprotein complex of the Borna disease virus 1 nucleoprotein (3D class 1)
著者: Sugita Y / Hirai Y / Horie M
履歴
登録2024年10月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月11日-
マップ公開2026年3月11日-
更新2026年3月11日-
現状2026年3月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_61926.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_61926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 170 pix.
= 202.98 Å		1.19 Å/pix.
x 170 pix.
= 202.98 Å		1.19 Å/pix.
x 170 pix.
= 202.98 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.194 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.14036049 - 0.3817683
平均 (標準偏差)0.0010702742 (±0.036524497)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 202.98 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_61926_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_61926_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_61926_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nucleoprotein complexes of the Borna disease virus 1

全体名称: Nucleoprotein complexes of the Borna disease virus 1
要素
  • 複合体: Nucleoprotein complexes of the Borna disease virus 1
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein

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超分子 #1: Nucleoprotein complexes of the Borna disease virus 1

超分子名称: Nucleoprotein complexes of the Borna disease virus 1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Borna disease virus 1 (ウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Full-length nucleoprotein of the Borna disease virus 1 strain He/80 with N-terminal hexahistidine tag
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Borna disease virus 1 (ウイルス) / 株: He/80
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLE MPPKRR LVDDADAMED QDLYEPPASL PKLPGKFLQY TVGGSDPHPG IGHEKDIRQN AVALLDQSRR DMFHTVTP S LVFLCLLIPG LHAAFVHGGV PRESYLSTPV TRGEQTVVKT AKFYGEKTTQ RDLTELEISS IFSHCCSLLI ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MLE MPPKRR LVDDADAMED QDLYEPPASL PKLPGKFLQY TVGGSDPHPG IGHEKDIRQN AVALLDQSRR DMFHTVTP S LVFLCLLIPG LHAAFVHGGV PRESYLSTPV TRGEQTVVKT AKFYGEKTTQ RDLTELEISS IFSHCCSLLI GVVIGSSSK IKAGAEQIKK RFKTMMAALN RPSHGETATL LQMFNPHEAI DWINGQPWVG SFVLSLLTTD FESPGKEFMD QIKLVASYAQ MTTYTTIKE YLAECMDATL TIPVVAYEIR DFLEVSAKLK EEHADLFPFL GAIRHPDAIK LAPRSFPNLA SAAFYWSKKE N PTMAGYRA STIQPGASVK ETQLARYRRR EISRGEDGAE LSGEISAIMR MIGVTGLN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.056 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 10212934
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 12699
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 161319 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1n93


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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