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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76-77 | |||||||||
![]() | unsharped map | |||||||||
![]() |
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![]() | SARS-CoV-2 / Spike / single chain fragment / VIRAL PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Berlinguer M / Chaves-Sanjuan A / Milazzo FM / Minenkova O / De Santis R / Bolognesi M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of scFv76-77 in complex with SARS-CoV-2 Omicron Spike protein 著者: Chaves-Sanjuan A / Bolognesi M | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 120.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 68.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 230.2 MB 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | unsharped map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.889 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: sharped map
ファイル | emd_50427_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharped map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_50427_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_50427_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragmen...
全体 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76-77 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragmen...
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 Spike protein in complex with the single chain fragment scFv76-77 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 510 KDa |
-超分子 #2: SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein
超分子 | 名称: SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: scFv76-77 single chain fragment
超分子 | 名称: scFv76-77 single chain fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein
分子 | 名称: SARS-CoV-2 (B.1.1.529/Omicron variant) Spike protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG KQGNFKNLRE ...文字列: QCVNLTTRTQ LPPAYTNSFT RGVYYPDKVF RSSVLHSTQD LFLPFFSNVT WFHVISRFDN PVLPFNDGVY FASIEKSNII RGWIFGTTLD SKTQSLLIVN NATNVVIKVC EFQFCNDPFL DVYYHKNNKS WMESEFRVYS SANNCTFEYV SQPFLMDLEG KQGNFKNLRE FVFKNIDGYF KIYSKHTPII VPEDLPQGFS ALEPLVDLPI GINITRFQTL LALHRSSSGW TAGAAAYYVG YLQPRTFLLK YNENGTITDA VDCALDPLSE TKCTLKSFTV EKGIYQTSNF RVQPTESIVR FPNITNLCPF DEVFNATRFA SVYAWNRKRI SNCVADYSVL YNLAPFFTFK CYGVSPTKLN DLCFTNVYAD SFVIRGDEVR QIAPGQTGNI ADYNYKLPDD FTGCVIAWNS NKLDSKVSGN YNYLYRLFRK SNLKPFERDI STEIYQAGNK PCNGVAGFNC YFPLRSYSFR PTYGVGHQPY RVVVLSFELL HAPATV(NAG)CGP KKSTNLVKNK CVNFNFNGLK GTGVLTESNK KFLPFQQFGR DIADTTDAVR DPQTLEILDI TPCSFGGVSV ITPGTNTSNQ VAVLYQGVNC TEVNVFQTRA GCLIGAEYVN NSYECDIPIG AGICASYQTS QSIIAYTMSL GAENSVAYSN NSIAIPTNFT ISVTTEILPV SMTKTSVDCT MYICGDSTEC SNLLLQYGSF CTQLKRALTG IAVEQDKNTQ EVFAQVKQIY KTPPIKYFGG FNFSQILPDP SKSKRSFIED LLFNKVTKFK GLTVLPPLLT DEMIAQYTSA LLAGTITSGW TFGAGAALQI PFAMQMAYRF NGIGVTQNVL YENQKLIANQ FNSAIGKIQD SLSSTASALG KLQDVVNHNA QALNTLVKQL SSKFGAISSV LNDIFSRLDP PEAEVQIDRL ITGRLQSLQT YVTQQLIRAA EIRASANLAA TKMSECVLGQ SKRVDFCGKG YHLMSFPQSA PHGVVFLHVT YVPAQEKNFT TAPAICHDGK AHFPREGVFV SNGTHWFVTQ RNFYEPQIIT TDNTFVSGNC DVVIGIVNNT VYDPLQPELD S |
-分子 #2: scFv76-77 single chain fragment
分子 | 名称: scFv76-77 single chain fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: RTMEEVQLLQ SAGGLVQPG G SLRLSCAA SG FTVSANY MSW VRQAPG KGLE WVSVI YPGGS TFYA DSVKGR FTI SKDNSKN TL YLQMNSLR V EDTAVYYCA RDLSVAGAFD IWGQGTLVT V SSGGGGSG GG GSGGGGS EIV LTQSPG TLSL SPGEK ...文字列: RTMEEVQLLQ SAGGLVQPG G SLRLSCAA SG FTVSANY MSW VRQAPG KGLE WVSVI YPGGS TFYA DSVKGR FTI SKDNSKN TL YLQMNSLR V EDTAVYYCA RDLSVAGAFD IWGQGTLVT V SSGGGGSG GG GSGGGGS EIV LTQSPG TLSL SPGEK ATLFC RASQ TFSSNY LAW YQQKPGQ AP SLLIYGGS T RAAGIPDRF SGSGSGTDFT LTINRLEPE D FAIYYCQE YG SSPRVTF GQG TRLEIK RAAA GDYKD DDDKH HHHH H |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: PBS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4132 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 120000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |