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- EMDB-48724: Lecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48724
タイトルLecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I dimer in HDL
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of 2 Lecithin:Cholesterol Acyltransferase molecules bound to Apolipoprotein dimer in HDL
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein A-I
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
キーワードComplex / Lecithin:Cholesterol Acyltransferase / Apolipoprotein A-I / HDL / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / Defective ABCA1 causes TGD / sterol ester esterase activity / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase ...phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activity / regulation of high-density lipoprotein particle assembly / platelet-activating factor acetyltransferase activity / Defective ABCA1 causes TGD / sterol ester esterase activity / high-density lipoprotein particle receptor binding / peptidyl-methionine modification / HDL clearance / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase / spherical high-density lipoprotein particle / Scavenging by Class B Receptors / 1-alkyl-2-acetylglycerophosphocholine esterase activity / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / regulation of intestinal cholesterol absorption / vitamin transport / blood vessel endothelial cell migration / apolipoprotein A-I binding / cholesterol import / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / apolipoprotein A-I receptor binding / ABC transporters in lipid homeostasis / A2-type glycerophospholipase activity / apolipoprotein receptor binding / negative regulation of cell adhesion molecule production / HDL assembly / phosphatidylcholine metabolic process / negative regulation of cytokine production involved in immune response / high-density lipoprotein particle binding / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / aflatoxin metabolic process / glucocorticoid metabolic process / very-low-density lipoprotein particle remodeling / acylglycerol homeostasis / phosphatidylcholine biosynthetic process / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron remodeling / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Chylomicron assembly / high-density lipoprotein particle clearance / phospholipid efflux / chylomicron / high-density lipoprotein particle remodeling / reverse cholesterol transport / positive regulation of cholesterol metabolic process / lipid storage / high-density lipoprotein particle assembly / phospholipid homeostasis / chemorepellent activity / lipoprotein biosynthetic process / cholesterol transfer activity / cholesterol transport / low-density lipoprotein particle / high-density lipoprotein particle / very-low-density lipoprotein particle / endothelial cell proliferation / regulation of Cdc42 protein signal transduction / HDL remodeling / cholesterol efflux / adrenal gland development / Scavenging by Class A Receptors / triglyceride homeostasis / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative chemotaxis / cholesterol binding / response to copper ion / cholesterol biosynthetic process / amyloid-beta formation / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of cholesterol efflux / endocytic vesicle / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Scavenging of heme from plasma / Retinoid metabolism and transport / cholesterol metabolic process / positive regulation of stress fiber assembly / phospholipid metabolic process / heat shock protein binding / endocytic vesicle lumen / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of phagocytosis / response to glucocorticoid / cholesterol homeostasis / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / lipid metabolic process / Heme signaling / PPARA activates gene expression / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Platelet degranulation / amyloid-beta binding / extracellular vesicle / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / blood microparticle / early endosome
類似検索 - 分子機能
Lecithin:cholesterol/phospholipid:diacylglycerol acyltransferase / Lecithin:cholesterol acyltransferase / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain / Lipases, serine active site. / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein A-I / Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.8 Å
データ登録者Coleman B / Bedi S / Hill JH / Morris J / Manthei KA / Hart RC / He Y / Shah AS / Jerome WG / Vaisar T ...Coleman B / Bedi S / Hill JH / Morris J / Manthei KA / Hart RC / He Y / Shah AS / Jerome WG / Vaisar T / Bornfeldt KE / Song H / Segrest JP / Heinecke JW / Aller SG / Tesmer JJG / Davidson S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)P01 HL116263 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL153118 米国
引用ジャーナル: J Lipid Res / 年: 2025
タイトル: Lecithin:cholesterol acyltransferase binds a discontinuous binding site on adjacent apolipoprotein A-I belts in HDL.
著者: Bethany Coleman / Shimpi Bedi / John H Hill / Jamie Morris / Kelly A Manthei / Rachel C Hart / Yi He / Amy S Shah / W Gray Jerome / Tomas Vaisar / Karin E Bornfeldt / Hyun Song / Jere P ...著者: Bethany Coleman / Shimpi Bedi / John H Hill / Jamie Morris / Kelly A Manthei / Rachel C Hart / Yi He / Amy S Shah / W Gray Jerome / Tomas Vaisar / Karin E Bornfeldt / Hyun Song / Jere P Segrest / Jay W Heinecke / Stephen G Aller / John J G Tesmer / W Sean Davidson /
要旨: Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) is a high-density lipoprotein (HDL) modifying protein that profoundly affects the composition and function of HDL subspecies. The cholesterol ...Lecithin:cholesterol acyltransferase (LCAT) is a high-density lipoprotein (HDL) modifying protein that profoundly affects the composition and function of HDL subspecies. The cholesterol esterification activity of LCAT is dramatically increased by apolipoprotein A-I (APOA1) on HDL, but the mechanism remains unclear. Using site-directed mutagenesis, cross-linking, mass spectrometry, electron microscopy, protein engineering, and molecular docking, we identified two LCAT binding sites formed by helices 4 and 6 from two antiparallel APOA1 molecules in HDL. Although the reciprocating APOA1 "belts" form two ostensibly symmetrical binding locations, LCAT can adopt distinct orientations at each site, as shown by our 9.8 Å cryoEM envelope. In one case, LCAT membrane binding domains align with the APOA1 belts and, in the other, the HDL phospholipids. By introducing disulfide bonds between the APOA1 helical domains, we demonstrated that LCAT does not require helical separation during its reaction cycle. This indicates that LCAT, anchored to APOA1 belts, accesses substrates and deposits products through interactions with the planar lipid surface. This model of the LCAT/APOA1 interaction provides insights into how LCAT and possibly other HDL-modifying factors engage the APOA1 scaffold, offering potential strategies to enhance LCAT activity in individuals with genetic defects.
履歴
登録2025年1月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月2日-
マップ公開2025年4月2日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48724.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48724.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.96 Å/pix.
x 126 pix.
= 246.96 Å		1.96 Å/pix.
x 126 pix.
= 246.96 Å		1.96 Å/pix.
x 126 pix.
= 246.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.23307376 - 1.5987242
平均 (標準偏差)-0.0054139285 (±0.07859828)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ126126126
Spacing126126126
セルA=B=C: 246.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_48724_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_48724_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of 2 Lecithin:Cholesterol Acyltransferase molecules bound...

全体名称: Complex of 2 Lecithin:Cholesterol Acyltransferase molecules bound to Apolipoprotein dimer in HDL
要素
  • 複合体: Complex of 2 Lecithin:Cholesterol Acyltransferase molecules bound to Apolipoprotein dimer in HDL
    • タンパク質・ペプチド: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase
  • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein A-I
  • リガンド: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE

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超分子 #1: Complex of 2 Lecithin:Cholesterol Acyltransferase molecules bound...

超分子名称: Complex of 2 Lecithin:Cholesterol Acyltransferase molecules bound to Apolipoprotein dimer in HDL
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Apolipoprotein A-I

分子名称: Apolipoprotein A-I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: molecular dynamics simulation containing 2 molecules of apolipoprotein A-I and 100 POPC
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.120637 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: DEPPQSPWDR VKDLATVYVD VLKDSGRDYV SQFEGSALGK QLNLKLLDNW DSVTSTFSKL REQLGPVTQE FWDNLEKETE GLRQEMSKD LEEVKAKVQP YLDDFQKKWQ EEMELYRQKV EPLRAELQEG ARQKLHELQE KLSPLGEEMR DRARAHVDAL R THLAPYSD ...文字列:
DEPPQSPWDR VKDLATVYVD VLKDSGRDYV SQFEGSALGK QLNLKLLDNW DSVTSTFSKL REQLGPVTQE FWDNLEKETE GLRQEMSKD LEEVKAKVQP YLDDFQKKWQ EEMELYRQKV EPLRAELQEG ARQKLHELQE KLSPLGEEMR DRARAHVDAL R THLAPYSD ELRQRLAARL EALKENGGAR LAEYHAKATE HLSTLSEKAK PALEDLRQGL LPVLESFKVS FLSALEEYTK KL NTQ

UniProtKB: Apolipoprotein A-I

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分子 #2: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase

分子名称: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: 4XWG Lecithin:Cholesterol Acyltransferase crystal structure of closed conformation
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.879988 KDa
組換発現生物種: Human adenovirus 5 (ヒトアデノウイルス)
配列文字列: HTRPVILVPG YLGNQLEAKL DKPDVVNWMC YRKTEDFFTI WLDLNMFLPL GVDCWIDNTR VVYNRSSGLV SNAPGVQIRV PGFGKTYSV EYLDSSKLAG YLHTLVQNLV NNGYVRDETV RAAPYDWRLE PGQQEEYYRK LAGLVEEMHA AYGKPVFLIG H SLGCLHLL ...文字列:
HTRPVILVPG YLGNQLEAKL DKPDVVNWMC YRKTEDFFTI WLDLNMFLPL GVDCWIDNTR VVYNRSSGLV SNAPGVQIRV PGFGKTYSV EYLDSSKLAG YLHTLVQNLV NNGYVRDETV RAAPYDWRLE PGQQEEYYRK LAGLVEEMHA AYGKPVFLIG H SLGCLHLL YFLLRQPQAW KDRFIDGFIS LGAPWGGSIK PMLVLASGDN QGIPIMSSIK LKEEQRITTT SPWMFPSRMA WP EDHVFIS TPSFNYTGRD FQRFFADLHF EEGWYMWLQS RDLLAGLPAP GVEVYCLYGV GLPTPRTYIY DHGFPYTDPV GVL YEDGDD TVATRSTELC GLWQGRQPQP VHLLPLHGIQ HLNMVFSNLT LEHINAILLG AYRQGPPASP TASPEPPPPE

UniProtKB: Phosphatidylcholine-sterol acyltransferase

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分子 #3: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-...

分子名称: (4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 158 / 式: 6PL
分子量理論値: 763.1 Da
Chemical component information

ChemComp-6PL:
(4S,7R)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-9-OXO-7-[(PALMITOYLOXY)METHYL]-3,5,8-TRIOXA-4-PHOSPHAHEXACOSAN-1-AMINIUM 4-OXIDE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 44391
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9mxz:
Lecithin:Cholesterol Acyltransferase Bound to Apolipoprotein A-I dimer in HDL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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