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- EMDB-42814: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42814
タイトルHCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2
マップデータConformation 2 of the HCoV-NL63 RNA SL5 domain.
試料
  • 複合体: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2
    • RNA: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5
キーワードSL5 / coronavirus / 5' UTR / RNA
生物種Human coronavirus NL63 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.4 Å
データ登録者Kretsch RC / Xu L / Zheludev IN / Zhou X / Huang R / Nye G / Li S / Zhang K / Chiu W / Das R
資金援助 米国, 11件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122579 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24GM129541 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GRFPDGE1656518 米国
Other governmentNational Key R&D Program of China 2022YFC2303700
Other governmentNational Key R&D Program of China 2022YFA1302700
Other privateBioX Bowes fellowship
Other privateBioX Interdisciplinary Initiative Program
Other privateChEM-H COVID-19 Drug and Vaccine Prototyping seed grant
Department of Energy (DOE, United States)Coronavirus CARES Act 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)#U19AI171421 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Tertiary folds of the SL5 RNA from the 5' proximal region of SARS-CoV-2 and related coronaviruses.
著者: Rachael C Kretsch / Lily Xu / Ivan N Zheludev / Xueting Zhou / Rui Huang / Grace Nye / Shanshan Li / Kaiming Zhang / Wah Chiu / Rhiju Das /
要旨: Coronavirus genomes sequester their start codons within stem-loop 5 (SL5), a structured, 5' genomic RNA element. In most alpha- and betacoronaviruses, the secondary structure of SL5 is predicted to ...Coronavirus genomes sequester their start codons within stem-loop 5 (SL5), a structured, 5' genomic RNA element. In most alpha- and betacoronaviruses, the secondary structure of SL5 is predicted to contain a four-way junction of helical stems, some of which are capped with UUYYGU hexaloops. Here, using cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and computational modeling with biochemically-determined secondary structures, we present three-dimensional structures of SL5 from six coronaviruses. The SL5 domain of betacoronavirus SARS-CoV-2, resolved at 4.7 Å resolution, exhibits a T-shaped structure, with its UUYYGU hexaloops at opposing ends of a coaxial stack, the T's "arms." Further analysis of SL5 domains from SARS-CoV-1 and MERS (7.1 and 6.4-6.9 Å resolution, respectively) indicate that the junction geometry and inter-hexaloop distances are conserved features across the studied human-infecting betacoronaviruses. The MERS SL5 domain displays an additional tertiary interaction, which is also observed in the non-human-infecting betacoronavirus BtCoV-HKU5 (5.9-8.0 Å resolution). SL5s from human-infecting alphacoronaviruses, HCoV-229E and HCoV-NL63 (6.5 and 8.4-9.0 Å resolution, respectively), exhibit the same coaxial stacks, including the UUYYGU-capped arms, but with a phylogenetically distinct crossing angle, an X-shape. As such, all SL5 domains studied herein fold into stable tertiary structures with cross-genus similarities, with implications for potential protein-binding modes and therapeutic targets.
履歴
登録2023年11月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 46.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Conformation 2 of the HCoV-NL63 RNA SL5 domain.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 230 pix.
= 340.86 Å		1.48 Å/pix.
x 230 pix.
= 340.86 Å		1.48 Å/pix.
x 230 pix.
= 340.86 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.482 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.55
最小 - 最大-0.6297938 - 2.6733599
平均 (標準偏差)-0.0002486395 (±0.035776965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ230230230
Spacing230230230
セルA=B=C: 340.86 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42814_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of conformation 2 of the HCoV-NL63 RNA SL5 domain.

ファイルemd_42814_half_map_1.map
注釈Half map of conformation 2 of the HCoV-NL63 RNA SL5 domain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map of conformation 2 of the HCoV-NL63 RNA SL5 domain.

ファイルemd_42814_half_map_2.map
注釈Half map of conformation 2 of the HCoV-NL63 RNA SL5 domain.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2

全体名称: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2
要素
  • 複合体: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2
    • RNA: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5

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超分子 #1: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2

超分子名称: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5, conformation 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human coronavirus NL63 (ウイルス) / Synthetically produced: Yes
分子量理論値: 51.43 KDa

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分子 #1: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5

分子名称: HCoV-NL63 5' proximal stem-loop 5 / タイプ: rna / ID: 1
由来(天然)生物種: Human coronavirus NL63 (ウイルス)
配列文字列:
GGUAAACUGG UUAGGCAAGU GUUGUAUUUU CUGUGUCUAA GCACUGGUGA UUCUGUUCAC UAGUGCAUAC AUUGAUAUUU AAGUGGUGUU CCGUCACUGC UUAUUGUGGA AGCAACGUUC UGUCGUUGUG GAAACCAAUA ACUGCUAACC AUGUUUUACC

GENBANK: GENBANK: NC_005831.2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.28 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNa-C8H18N2O4SSodium HEPES
10.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8304 / 平均露光時間: 3.61 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 920960
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement / 使用した粒子像数: 106304
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
ソフトウェア - 詳細: Ab initio reconstruction multi-class
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform Refinement
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 286092 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: Heterogeneous refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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