EMDB-39481: 2.08A Apoferritin Structure Solved Using an Indirect Scintillator...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-39481

タイトル

2.08A Apoferritin Structure Solved Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV

マップデータ

FSC-weighted, shapened and masked map by PostProcess.

試料

複合体: apoferritin

キーワード

apoferritin / ferritin / METAL BINDING PROTEIN

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Aramaki S / Yoshida Y / Tanihara T / Oyama K / Otsuki K / Terada Y / Matsunaga N / Ohdo S / Mayanagi K

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: High-Resolution Single Particle Analysis Using an Indirect Scintillator-Coupled CMOS Detector at 300 kV
著者: Aramaki S / Yoshida Y / Tanihara T / Oyama K / Otsuki K / Terada Y / Matsunaga N / Ohdo S / Mayanagi K

履歴

登録	2024年3月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年4月10日	-
マップ公開	2024年4月10日	-
更新	2024年4月10日	-
現状	2024年4月10日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_39481.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_39481.map.gz	13.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-39481-v30.xml emd-39481.xml	15.7 KB 15.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_39481_fsc.xml	12.3 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_39481.png	140 KB
マスクデータ	emd_39481_msk_1.map	22.2 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-39481.cif.gz	4.6 KB
その他	emd_39481_half_map_1.map.gz emd_39481_half_map_2.map.gz	16.8 MB 16.8 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-39481	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_39481_validation.pdf.gz	859.1 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_39481_full_validation.pdf.gz	858.6 KB	表示
XML形式データ	emd_39481_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_39481_validation.cif.gz	20.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39481 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-39481	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	39463C C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_39481.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

FSC-weighted, shapened and masked map by PostProcess.

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.85 Å/pix. x 180 pix. = 153.216 Å	0.85 Å/pix. x 180 pix. = 153.216 Å	0.85 Å/pix. x 180 pix. = 153.216 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.8512 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.04
最小 - 最大	-0.07437848 - 0.1794563
平均 (標準偏差)	0.0017000005 (±0.0146129215)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_39481_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_39481_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_39481_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : apoferritin

全体	名称: apoferritin
要素	複合体: apoferritin

-
超分子 #1: apoferritin

超分子	名称: apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量	理論値: 440 KDa

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

11 mg/mL

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	式	名称
18.0 mM	C₈H₁₈N₂O₄S	HEPES
272.0 mM	NaCl	sodium chloride
1.0 mM	C₄H₁₀O₂S₂	DTT

グリッド

モデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系	位相板: OTHER エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1893 / 平均露光時間: 2.3 sec. / 平均電子線量: 92.9 e/Å² / 詳細: TVIPS TemCam-XF416 (4k x 4k)
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.2 µm / 倍率（公称値）: 200000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 353902
初期モデル	モデルのタイプ: NONE / 詳細: from 3D initial reference process in RELION
最終再構成	想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta) / 使用した粒子像数: 173658
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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