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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3908 | ||||||||||||||||||
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タイトル | PolyA polymerase module of the cleavage and polyadenylation factor (CPF) from Saccharomyces cerevisiae | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | WD40 / Beta-propeller / Zinc finger / 3'end processing / RNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / termination of RNA polymerase II transcription / : / mitochondrion / RNA binding / nucleus ...: / : / Processing of Intronless Pre-mRNAs / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / termination of RNA polymerase II transcription / : / mitochondrion / RNA binding / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | SaccharSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)omyces (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Casanal A / Kumar A | ||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 5件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Architecture of eukaryotic mRNA 3'-end processing machinery. 著者: Ana Casañal / Ananthanarayanan Kumar / Chris H Hill / Ashley D Easter / Paul Emsley / Gianluca Degliesposti / Yuliya Gordiyenko / Balaji Santhanam / Jana Wolf / Katrin Wiederhold / Gillian L ...著者: Ana Casañal / Ananthanarayanan Kumar / Chris H Hill / Ashley D Easter / Paul Emsley / Gianluca Degliesposti / Yuliya Gordiyenko / Balaji Santhanam / Jana Wolf / Katrin Wiederhold / Gillian L Dornan / Mark Skehel / Carol V Robinson / Lori A Passmore / 要旨: Newly transcribed eukaryotic precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) are processed at their 3' ends by the ~1-megadalton multiprotein cleavage and polyadenylation factor (CPF). CPF cleaves pre-mRNAs, ...Newly transcribed eukaryotic precursor messenger RNAs (pre-mRNAs) are processed at their 3' ends by the ~1-megadalton multiprotein cleavage and polyadenylation factor (CPF). CPF cleaves pre-mRNAs, adds a polyadenylate tail, and triggers transcription termination, but it is unclear how its various enzymes are coordinated and assembled. Here, we show that the nuclease, polymerase, and phosphatase activities of yeast CPF are organized into three modules. Using electron cryomicroscopy, we determined a 3.5-angstrom-resolution structure of the ~200-kilodalton polymerase module. This revealed four β propellers, in an assembly markedly similar to those of other protein complexes that bind nucleic acid. Combined with in vitro reconstitution experiments, our data show that the polymerase module brings together factors required for specific and efficient polyadenylation, to help coordinate mRNA 3'-end processing. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3908.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3908-v30.xml emd-3908.xml | 23.2 KB 23.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_3908.png | 143.2 KB | ||
マスクデータ | emd_3908_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-3908.cif.gz | 7.6 KB | ||
その他 | emd_3908_half_map_1.map.gz emd_3908_half_map_2.map.gz | 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3908 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3908_validation.pdf.gz | 458.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3908_full_validation.pdf.gz | 458 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3908_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3908 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6eojMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10299 (タイトル: PolyA polymerase module of the cleavage and polyadenylation factor (CPF) from Saccharomyces cerevisiae Data size: 15.4 TB Data #1: Polished shiny particles [picked particles - multiframe - processed] Data #2: Unaligned super-resolution movies [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_3908_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_3908_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_3908_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of Cft1, Yth1, Pfs2 and Fip1
全体 | 名称: Complex of Cft1, Yth1, Pfs2 and Fip1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Cft1, Yth1, Pfs2 and Fip1
超分子 | 名称: Complex of Cft1, Yth1, Pfs2 and Fip1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: SaccharSaccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)omyces (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 270 KDa |
-分子 #1: Protein CFT1
分子 | 名称: Protein CFT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 153.577156 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQKD SPLSCLLLCT GVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK ISTLRMDPGS SCALLFNNDI IAFLPFHVNK NDDDEEEEDE D ENIDDSEL ...文字列: MNVYDDVLDA TVVSHSLATH FTTSDYEELL VVRTNILSVY RPTRDGKLYL TDEFKFHGLI TDIGLIPQKD SPLSCLLLCT GVAKISILK FNTLTNSIDT LSLHYYEGKF KGKSLVELAK ISTLRMDPGS SCALLFNNDI IAFLPFHVNK NDDDEEEEDE D ENIDDSEL IHSMNQKSQG TNTFNKRKRT KLGDKFTAPS VVLVASELYE GAKNIIDIQF LKNFTKPTIA LLYQPKLVWA GN TTISKLP TQYVILTLNI QPAESATKIE STTIAFVKEL PWDLHTIVPV SNGAIIVGTN ELAFLDNTGV LQSTVLLNSF ADK ELQKTK IINNSSLEIM FREKNTTSIW IPSSKSKNGG SNNDETLLLM DLKSNIYYIQ MEAEGRLLIK FDIFKLPIVN DLLK ENSNP KCITRLNATN SNKNMDLFIG FGSGNALVLR LNNLKSTIET REAHNPSSGT NSLMDINDDD DEEMDDLYAD EAPEN GLTT NDSKGTVETV QPFDIELLSS LRNVGPITSL TVGKVSSIDD VVKGLPNPNK NEYSLVATSG NGSGSHLTVI QTSVQP EIE LALKFISITQ IWNLKIKGRD RYLITTDSTK SRSDIYESDN NFKLHKGGRL RRDATTVYIS MFGEEKRIIQ VTTNHLY LY DTHFRRLTTI KFDYEVIHVS VMDPYILVTV SRGDIKIFEL EEKNKRKLLK VDLPEILNEM VITSGLILKS NMCNEFLI G LSKSQEEQLL FTFVTADNQI IFFTKDHNDR IFQLNGVDQL NESLYISTYQ LGDEIVPDPS IKQVMINKLG HDNKEEYLT ILTFGGEIYQ YRKLPQRRSR FYRNVTRNDL AITGAPDNAY AKGVSSIERI MHYFPDYNGY SVIFVTGSVP YILIKEDDST PKIFKFGNI PLVSVTPWSE RSVMCVDDIK NARVYTLTTD NMYYGNKLPL KQIKISNVLD DYKTLQKLVY HERAQLFLVS Y CKRVPYEA LGEDGEKVIG YDENVPHAEG FQSGILLINP KSWKVIDKID FPKNSVVNEM RSSMIQINSK TKRKREYIIA GV ANATTED TPPTGAFHIY DVIEVVPEPG KPDTNYKLKE IFQEEVSGTV STVCEVSGRF MISQSQKVLV RDIQEDNSVI PVA FLDIPV FVTDSKSFGN LLIIGDAMQG FQFIGFDAEP YRMISLGRSM SKFQTMSLEF LVNGGDMYFA ATDADRNVHV LKYA PDEPN SLSGQRLVHC SSFTLHSTNS CMMLLPRNEE FGSPQVPSFQ NVGGQVDGSV FKIVPLSEEK YRRLYVIQQQ IIDRE LQLG GLNPRMERLA NDFYQMGHSM RPMLDFNVIR RFCGLAIDRR KSIAQKAGRH AHFEAWRDII NIEFSMRSLC QGK UniProtKB: Protein CFT1 |
-分子 #2: mRNA 3'-end-processing protein YTH1
分子 | 名称: mRNA 3'-end-processing protein YTH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 24.560416 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: PSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRHW LRGLCKKNDQ CEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS KIPKCENYEM GFCPLGSSCP RRHIKKVFCQ RYMTGFCPLG K DECDMEHP ...文字列: PSLIHPDTAK YPFKFEPFLR QEYSFSLDPD RPICEFYNSR EGPKSCPRGP LCPKKHVLPI FQNKIVCRHW LRGLCKKNDQ CEYLHEYNL RKMPECVFFS KNGYCTQSPD CQYLHIDPAS KIPKCENYEM GFCPLGSSCP RRHIKKVFCQ RYMTGFCPLG K DECDMEHP QFIIPDEGSK LRIKRDDEIN TRKMDEEKER RLNAIINGEV UniProtKB: mRNA 3'-end-processing protein YTH1 |
-分子 #3: Polyadenylation factor subunit 2,Polyadenylation factor subunit 2
分子 | 名称: Polyadenylation factor subunit 2,Polyadenylation factor subunit 2 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c |
分子量 | 理論値: 53.636645 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPNA YRGRDRVINL PSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL WNASSFTFET LMQAHDSAVT TMKYSHDSDW MISGDADGMI K IWQPNFSM ...文字列: MDGHNQNQYQ NQNQIQQSQQ PPLKKYVTQR RSVDVSSPYI NLYYNRRHGL PNLVVEPETS YTIDIMPPNA YRGRDRVINL PSKFTHLSS NKVKHVIPAI QWTPEGRRLV VATYSGEFSL WNASSFTFET LMQAHDSAVT TMKYSHDSDW MISGDADGMI K IWQPNFSM VKEIDAAHTE SIRDMAFSSN DSKFVTCSDD NILKIWNFSN GKQERVLSGH HWDVKSCDWH PEMGLIASAS KD NLVKLWD PRSGNCISSI LKFKHTVLKT RFQPTKGNLL MAISKDKSCR VFDIRYSMKE LMCVRDETDY MTLEWHPINE SMF TLACYD GSLKHFDLLQ NLNEPILTIP YAHDKCITSL SYNPVGHIFA TAAKDRTIRF WTRARPIDPN AYDDPTYNNK KING WFFGI NNDINAVREK SEFGAAPPPP ATLEPHALPN MNGFINKKPR QEIPGIDSNI KSSTLPGLSI (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) UniProtKB: Polyadenylation factor subunit 2 |
-分子 #4: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.9 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil UltrAuFoil / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 4227 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6eoj: |