+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37158 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Graphene sandwiched 20S proteasome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | D7 symmetry / protein degradation / HYDROLASE | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu N / Xu J / Wang HW | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024 タイトル: Graphene sandwich-based biological specimen preparation for cryo-EM analysis. 著者: Jie Xu / Xiaoyin Gao / Liming Zheng / Xia Jia / Kui Xu / Yuwei Ma / Xiaoding Wei / Nan Liu / Hailin Peng / Hong-Wei Wang / 要旨: High-quality specimen preparation plays a crucial role in cryo-electron microscopy (cryo-EM) structural analysis. In this study, we have developed a reliable and convenient technique called the ...High-quality specimen preparation plays a crucial role in cryo-electron microscopy (cryo-EM) structural analysis. In this study, we have developed a reliable and convenient technique called the graphene sandwich method for preparing cryo-EM specimens. This method involves using two layers of graphene films that enclose macromolecules on both sides, allowing for an appropriate ice thickness for cryo-EM analysis. The graphene sandwich helps to mitigate beam-induced charging effect and reduce particle motion compared to specimens prepared using the traditional method with graphene support on only one side, therefore improving the cryo-EM data quality. These advancements may open new opportunities to expand the use of graphene in the field of biological electron microscopy. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37158.map.gz | 13.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-37158-v30.xml emd-37158.xml | 11.9 KB 11.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37158.png | 134.9 KB | ||
マスクデータ | emd_37158_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-37158.cif.gz | 3.8 KB | ||
その他 | emd_37158_half_map_1.map.gz emd_37158_half_map_2.map.gz | 80.9 MB 81.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37158 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37158 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37158_validation.pdf.gz | 979.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_37158_full_validation.pdf.gz | 978.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37158_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37158_validation.cif.gz | 15.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37158 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37158 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37158.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8374 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_37158_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37158_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37158_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 20S proteasome
全体 | 名称: 20S proteasome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: 20S proteasome
超分子 | 名称: 20S proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: graphene sandwiched |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 14392 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |