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万見
- EMDB-3645: CryoEM density of TcdA1 in prepore state (SPHIRE tutorial) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3645
タイトルCryoEM density of TcdA1 in prepore state (SPHIRE tutorial)
マップデータCryoEM density of TcdA1 in prepore state
試料
  • 複合体: TcdA1
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Raunser S / Gatsogiannis S / Roderer S
引用ジャーナル: J Vis Exp / 年: 2017
タイトル: High-resolution Single Particle Analysis from Electron Cryo-microscopy Images Using SPHIRE.
著者: Toshio Moriya / Michael Saur / Markus Stabrin / Felipe Merino / Horatiu Voicu / Zhong Huang / Pawel A Penczek / Stefan Raunser / Christos Gatsogiannis /
要旨: SPHIRE (SPARX for High-Resolution Electron Microscopy) is a novel open-source, user-friendly software suite for the semi-automated processing of single particle electron cryo-microscopy (cryo-EM) ...SPHIRE (SPARX for High-Resolution Electron Microscopy) is a novel open-source, user-friendly software suite for the semi-automated processing of single particle electron cryo-microscopy (cryo-EM) data. The protocol presented here describes in detail how to obtain a near-atomic resolution structure starting from cryo-EM micrograph movies by guiding users through all steps of the single particle structure determination pipeline. These steps are controlled from the new SPHIRE graphical user interface and require minimum user intervention. Using this protocol, a 3.5 Å structure of TcdA1, a Tc toxin complex from Photorhabdus luminescens, was derived from only 9500 single particles. This streamlined approach will help novice users without extensive processing experience and a priori structural information, to obtain noise-free and unbiased atomic models of their purified macromolecular complexes in their native state.
履歴
登録2017年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年4月5日-
マップ公開2017年5月24日-
更新2018年5月2日-
現状2018年5月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.055
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3645.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM density of TcdA1 in prepore state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 352 pix.
= 401.28 Å		1.14 Å/pix.
x 352 pix.
= 401.28 Å		1.14 Å/pix.
x 352 pix.
= 401.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.055 / ムービー #1: 0.055
最小 - 最大-0.12000273 - 0.2384355
平均 (標準偏差)0.0010246624 (±0.008890688)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-176-176-176
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 401.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z401.280401.280401.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-176-176-176
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.1200.2380.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TcdA1

全体名称: TcdA1
要素
  • 複合体: TcdA1

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超分子 #1: TcdA1

超分子名称: TcdA1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Prepore state
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-19b
分子量理論値: 1.4 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMTRIS
150.0 mMNaCl
0.05 %Tween-20
グリッドモデル: Quantifoil 2/1 2nm C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Cs corrected microscope
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 112 / 平均電子線量: 2.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8416
CTF補正ソフトウェア - 名称: SPHIRE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: initial model was obtained using VIPER (SPHIRE) from 2D class averages
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
詳細: The density was filtered to its local resolution, using localfilt (SPHIRE)
使用した粒子像数: 4943
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 4500 / ソフトウェア - 名称: SPHIRE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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