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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34106 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | GroEL on EG-grid stored for 3 months after graphene oxidation | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.06 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Fujita J / Makino F / Asahara H / Moriguchi M / Kumano S / Anzai I / Kishikawa J / Matsuura Y / Kato T / Namba K / Inoue T | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 7件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023 タイトル: Epoxidized graphene grid for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis. 著者: Junso Fujita / Fumiaki Makino / Haruyasu Asahara / Maiko Moriguchi / Shota Kumano / Itsuki Anzai / Jun-Ichi Kishikawa / Yoshiharu Matsuura / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Tsuyoshi Inoue / 要旨: Functionalization of graphene is one of the most important fundamental technologies in a wide variety of fields including industry and biochemistry. We have successfully achieved a novel oxidative ...Functionalization of graphene is one of the most important fundamental technologies in a wide variety of fields including industry and biochemistry. We have successfully achieved a novel oxidative modification of graphene using photoactivated ClO as a mild oxidant and confirmed the oxidized graphene grid is storable with its functionality for at least three months under N atmosphere. Subsequent chemical functionalization enabled us to develop an epoxidized graphene grid (EG-grid™), which effectively adsorbs protein particles for electron cryomicroscopy (cryoEM) image analysis. The EG-grid dramatically improved the particle density and orientation distribution. The density maps of GroEL and glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) were reconstructed at 1.99 and 2.16 Å resolution from only 504 and 241 micrographs, respectively. A sample solution of 0.1 mg ml was sufficient to reconstruct a 3.10 Å resolution map of SARS-CoV-2 spike protein from 1163 micrographs. The map resolutions of β-galactosidase and apoferritin easily reached 1.81 Å and 1.29 Å resolution, respectively, indicating its atomic-resolution imaging capability. Thus, the EG-grid will be an extremely powerful tool for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis of biological macromolecules. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34106.map.gz | 19.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34106-v30.xml emd-34106.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34106_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34106.png | 230.1 KB | ||
マスクデータ | emd_34106_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_34106_additional_1.map.gz emd_34106_half_map_1.map.gz emd_34106_half_map_2.map.gz | 110 MB 140.6 MB 140.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34106 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34106_validation.pdf.gz | 784.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34106_full_validation.pdf.gz | 784.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34106_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34106_validation.cif.gz | 26 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34106 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34106 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34106.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.868 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34106_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Filtered map
ファイル | emd_34106_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Filtered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34106_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34106_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : GroEL
全体 | 名称: GroEL |
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要素 |
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-超分子 #1: GroEL
超分子 | 名称: GroEL / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The sample was purchased from TaKaRa Bio Inc. (Product code 7330). |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 802 KDa |
-分子 #1: GroEL
分子 | 名称: GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAAKDVKFGN DARVKMLRGV NVLADAVKVT LGPKGRNVVL DKSFGAPTIT KDGVSVAREI ELEDKFENM GAQMVKEVAS KANDAAGDGT TTATVLAQAI ITEGLKAVAA GMNPMDLKRG I DKAVTAAV EELKALSVPC SDSKAIAQVG TISANSDETV GKLIAEAMDK ...文字列: MAAKDVKFGN DARVKMLRGV NVLADAVKVT LGPKGRNVVL DKSFGAPTIT KDGVSVAREI ELEDKFENM GAQMVKEVAS KANDAAGDGT TTATVLAQAI ITEGLKAVAA GMNPMDLKRG I DKAVTAAV EELKALSVPC SDSKAIAQVG TISANSDETV GKLIAEAMDK VGKEGVITVE DG TGLQDEL DVVEGMQFDR GYLSPYFINK PETGAVELES PFILLADKKI SNIREMLPVL EAV AKAGKP LLIIAEDVEG EALATLVVNT MRGIVKVAAV KAPGFGDRRK AMLQDIATLT GGTV ISEEI GMELEKATLE DLGQAKRVVI NKDTTTIIDG VGEEAAIQGR VAQIRQQIEE ATSDY DREK LQERVAKLAG GVAVIKVGAA TEVEMKEKKA RVEDALHATR AAVEEGVVAG GGVALI RVA SKLADLRGQN EDQNVGIKVA LRAMEAPLRQ IVLNCGEEPS VVANTVKGGD GNYGYNA AT EEYGNMIDMG ILDPTKVTRS ALQYAASVAG LMITTECMVT DLPKNDAADL GAAGGMGG M GGMGGMM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE 詳細: The graphene grid was oxidized and stored under nitrogen gas at room temperature for three months. Then the grid was chemically modified. | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |