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万見
- EMDB-3404: Asymmetric cryo-EM reconstruction of phage MS2 reveals genome str... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3404
タイトルAsymmetric cryo-EM reconstruction of phage MS2 reveals genome structure in situ
マップデータDensity of RNA and A-protein of bacteriophage MS2
試料
  • 試料: Bacteriophage MS2 RNA and A-protein
  • RNA: Enterobacterio phage MS2, complete genome
キーワードMS2 / RNA genome / structure / cryo-EM
生物種Enterobacterio phage MS2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 10.5 Å
データ登録者Koning RI / Gomez-Blanco J / Akopjana I / Vargas J / Kazaks A / Tars K / Carazo JM / Koster AJ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Asymmetric cryo-EM reconstruction of phage MS2 reveals genome structure in situ.
著者: Roman I Koning / Josue Gomez-Blanco / Inara Akopjana / Javier Vargas / Andris Kazaks / Kaspars Tars / José María Carazo / Abraham J Koster /
要旨: In single-stranded ribonucleic acid (RNA) viruses, virus capsid assembly and genome packaging are intertwined processes. Using cryo-electron microscopy and single particle analysis we determined the ...In single-stranded ribonucleic acid (RNA) viruses, virus capsid assembly and genome packaging are intertwined processes. Using cryo-electron microscopy and single particle analysis we determined the asymmetric virion structure of bacteriophage MS2, which includes 178 copies of the coat protein, a single copy of the A-protein and the RNA genome. This reveals that in situ, the viral RNA genome can adopt a defined conformation. The RNA forms a branched network of stem-loops that almost all allocate near the capsid inner surface, while predominantly binding to coat protein dimers that are located in one-half of the capsid. This suggests that genomic RNA is highly involved in genome packaging and virion assembly.
履歴
登録2016年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年4月6日-
マップ公開2016年9月21日-
更新2016年10月12日-
現状2016年10月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3404.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3404.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 111 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density of RNA and A-protein of bacteriophage MS2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 310 pix.
= 353.4 Å		1.14 Å/pix.
x 310 pix.
= 353.4 Å		1.14 Å/pix.
x 310 pix.
= 353.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.42515033 - 0.03816911
平均 (標準偏差)-0.03042487 (±0.08298364)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ310310310
Spacing310310310
セルA=B=C: 353.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z310310310
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z353.400353.400353.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS310310310
D min/max/mean-0.4250.038-0.030

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage MS2 RNA and A-protein

全体名称: Bacteriophage MS2 RNA and A-protein
要素
  • 試料: Bacteriophage MS2 RNA and A-protein
  • RNA: Enterobacterio phage MS2, complete genome

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超分子 #1000: Bacteriophage MS2 RNA and A-protein

超分子名称: Bacteriophage MS2 RNA and A-protein / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Purified by gel filtration / 集合状態: One copy of genomic RNA and one A-protein / Number unique components: 1
分子量理論値: 1.28 MDa

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分子 #1: Enterobacterio phage MS2, complete genome

分子名称: Enterobacterio phage MS2, complete genome / タイプ: rna / ID: 1
詳細: This map is a difference map of the MS2 virion (cryo-EM density map by SPA EMD-3403) and the capsid (178 copies of pbd entry 2MS2)
分類: OTHER / Structure: SINGLE STRANDED / Synthetic?: No
由来(天然)生物種: Enterobacterio phage MS2 (ファージ) / 別称: Phage MS2
分子量理論値: 1.28 MDa
配列文字列: GGGTGGGACC CCTTTCGGGG TCCTGCTCAA CTTCCTGTCG AGCTAATGCC ATTTTTAATG TCTTTAGCGA GACGCTACCA TGGCTATCGC TGTAGGTAGC CGGAATTCCA TTCCTAGGAG GTTTGACCTG TGCGAGCTTT TAGTACCCTT GATAGGGAGA ACGAGACCTT ...文字列:
GGGTGGGACC CCTTTCGGGG TCCTGCTCAA CTTCCTGTCG AGCTAATGCC ATTTTTAATG TCTTTAGCGA GACGCTACCA TGGCTATCGC TGTAGGTAGC CGGAATTCCA TTCCTAGGAG GTTTGACCTG TGCGAGCTTT TAGTACCCTT GATAGGGAGA ACGAGACCTT CGTCCCCTCC GTTCGCGTTT ACGCGGACGG TGAGACTGAA GATAACTCAT TCTCTTTAAA ATATCGTTCG AACTGGACTC CCGGTCGTTT TAACTCGACT GGGGCCAAAA CGAAACAGTG GCACTACCCC TCTCCGTATT CACGGGGGGC GTTAAGTGTC ACATCGATAG ATCAAGGTGC CTACAAGCGA AGTGGGTCAT CGTGGGGTCG CCCGTACGAG GAGAAAGCCG GTTTCGGCTT CTCCCTCGAC GCACGCTCCT GCTACAGCCT CTTCCCTGTA AGCCAAAACT TGACTTACAT CGAAGTGCCG CAGAACGTTG CGAACCGGGC GTCGACCGAA GTCCTGCAAA AGGTCACCCA GGGTAATTTT AACCTTGGTG TTGCTTTAGC AGAGGCCAGG TCGACAGCCT CACAACTCGC GACGCAAACC ATTGCGCTCG TGAAGGCGTA CACTGCCGCT CGTCGCGGTA ATTGGCGCCA GGCGCTCCGC TACCTTGCCC TAAACGAAGA TCGAAAGTTT CGATCAAAAC ACGTGGCCGG CAGGTGGTTG GAGTTGCAGT TCGGTTGGTT ACCACTAATG AGTGATATCC AGGGTGCATA TGAGATGCTT ACGAAGGTTC ACCTTCAAGA GTTTCTTCCT ATGAGAGCCG TACGTCAGGT CGGTACTAAC ATCAAGTTAG ATGGCCGTCT GTCGTATCCA GCTGCAAACT TCCAGACAAC GTGCAACATA TCGCGACGTA TCGTGATATG GTTTTACATA AACGATGCAC GTTTGGCATG GTTGTCGTCT CTAGGTATCT TGAACCCACT AGGTATAGTG TGGGAAAAGG TGCCTTTCTC ATTCGTTGTC GACTGGCTCC TACCTGTAGG TAACATGCTC GAGGGCCTTA CGGCCCCCGT GGGATGCTCC TACATGTCAG GAACAGTTAC TGACGTAATA ACGGGTGAGT CCATCATAAG CGTTGACGCT CCCTACGGGT GGACTGTGGA GAGACAGGGC ACTGCTAAGG CCCAAATCTC AGCCATGCAT CGAGGGGTAC AATCCGTATG GCCAACAACT GGCGCGTACG TAAAGTCTCC TTTCTCGATG GTCCATACCT TAGATGCGTT AGCATTAATC AGGCAACGGC TCTCTAGATA GAGCCCTCAA CCGGAGTTTG AAGCATGGCT TCTAACTTTA CTCAGTTCGT TCTCGTCGAC AATGGCGGAA CTGGCGACGT GACTGTCGCC CCAAGCAACT TCGCTAACGG GGTCGCTGAA TGGATCAGCT CTAACTCGCG TTCACAGGCT TACAAAGTAA CCTGTAGCGT TCGTCAGAGC TCTGCGCAGA ATCGCAAATA CACCATCAAA GTCGAGGTGC CTAAAGTGGC AACCCAGACT GTTGGTGGTG TAGAGCTTCC TGTAGCCGCA TGGCGTTCGT ACTTAAATAT GGAACTAACC ATTCCAATTT TCGCTACGAA TTCCGACTGC GAGCTTATTG TTAAGGCAAT GCAAGGTCTC CTAAAAGATG GAAACCCGAT TCCCTCAGCA ATCGCAGCAA ACTCCGGCAT CTACTAATAG ACGCCGGCCA TTCAAACATG AGGATTACCC ATGTCGAAGA CAACAAAGAA GTTCAACTCT TTATGTATTG ATCTTCCTCG CGATCTTTCT CTCGAAATTT ACCAATCAAT TGCTTCTGTC GCTACTGGAA GCGGTGATCC GCACAGTGAC GACTTTACAG CAATTGCTTA CTTAAGGGAC GAATTGCTCA CAAAGCATCC GACCTTAGGT TCTGGTAATG ACGAGGCGAC CCGTCGTACC TTAGCTATCG CTAAGCTACG GGAGGCGAAT GGTGATCGCG GTCAGATAAA TAGAGAAGGT TTCTTACATG ACAAATCCTT GTCATGGGAT CCGGATGTTT TACAAACCAG CATCCGTAGC CTTATTGGCA ACCTCCTCTC TGGCTACCGA TCGTCGTTGT TTGGGCAATG CACGTTCTCC AACGGTGCTC CTATGGGGCA CAAGTTGCAG GATGCAGCGC CTTACAAGAA GTTCGCTGAA CAAGCAACCG TTACCCCCCG CGCTCTGAGA GCGGCTCTAT TGGTCCGAGA CCAATGTGCG CCGTGGATCA GACACGCGGT CCGCTATAAC GAGTCATATG AATTTAGGCT CGTTGTAGGG AACGGAGTGT TTACAGTTCC GAAGAATAAT AAAATAGATC GGGCTGCCTG TAAGGAGCCT GATATGAATA TGTACCTCCA GAAAGGGGTC GGTGCTTTCA TCAGACGCCG GCTCAAATCC GTTGGTATAG ACCTGAATGA TCAATCGATC AACCAGCGTC TGGCTCAGCA GGGCAGCGTA GATGGTTCGC TTGCGACGAT AGACTTATCG TCTGCATCCG ATTCCATCTC CGATCGCCTG GTGTGGAGTT TTCTCCCACC AGAGCTATAT TCATATCTCG ATCGTATCCG CTCACACTAC GGAATCGTAG ATGGCGAGAC GATACGATGG GAACTATTTT CCACAATGGG AAATGGGTTC ACATTTGAGC TAGAGTCCAT GATATTCTGG GCAATAGTCA AAGCGACCCA AATCCATTTT GGTAACGCCG GAACCATAGG CATCTACGGG GACGATATTA TATGTCCCAG TGAGATTGCA CCCCGTGTGC TAGAGGCACT TGCCTACTAC GGTTTTAAAC CGAATCTTCG TAAAACGTTC GTGTCCGGGC TCTTTCGCGA GAGCTGCGGC GCGCACTTTT ACCGTGGTGT CGATGTCAAA CCGTTTTACA TCAAGAAACC TGTTGACAAT CTCTTCGCCC TGATGCTGAT ATTAAATCGG CTACGGGGTT GGGGAGTTGT CGGAGGTATG TCAGATCCAC GCCTCTATAA GGTGTGGGTA CGGCTCTCCT CCCAGGTGCC TTCGATGTTC TTCGGTGGGA CGGACCTCGC TGCCGACTAC TACGTAGTCA GCCCGCCTAC GGCAGTCTCG GTATACACCA AGACTCCGTA CGGGCGGCTG CTCGCGGATA CCCGTACCTC GGGTTTCCGT CTTGCTCGTA TCGCTCGAGA ACGCAAGTTC TTCAGCGAAA AGCACGACAG TGGTCGCTAC ATAGCGTGGT TCCATACTGG AGGTGAAATC ACCGACAGCA TGAAGTCCGC CGGCGTGCGC GTTATACGCA CTTCGGAGTG GCTAACGCCG GTTCCCACAT TCCCTCAGGA GTGTGGGCCA GCGAGCTCTC CTCGGTAGCT GACCGAGGGA CCCCCGTAAA CGGGGTGGGT GTGCTCGAAA GAGCACGGGT GCGAAAGCGG TCCGGCTCCA CCGAAAGGTG GGCGGGCTTC GGCCCAGGGA CCTCCCCCTA AAGAGAGGAC CCGGGATTCT CCCGATTTGG TAACTAGCTG CTTGGCTAGT TACCACCCA

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: Vitrification
グリッド詳細: Cu 300 Mesh with quantifoil R2/2 support film, glow discharged in air at 0.2 mbar for 1 minute at 30 mA.
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE MIXTURE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: LEICA EM GP
手法: Blotted using filter paper for 1 to 2 seconds before blotting

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77 K / 最高: 97 K / 平均: 87 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Cs corrector / Legacy - Electron beam tilt params: 15
日付2014年5月19日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 14 µm / 実像数: 751 / 平均電子線量: 35 e/Å2
詳細: Images are average of 7 frames recorded in movie mode on direct electron detector
ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 61403 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.02 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Movies were aligned using Optical Flow, CTFs were estimated using CTFFIND3, and were used to select the best quality micrographs. A total of 22,441 particles were picked automatically using Xmipp. Particles were classified using 2D reference-free Relion approach. Relion was used for 3D refinement using icosahedral symmetry and gold-standard approach.Chimera was used to retract density of capsid.
CTF補正詳細: Per image
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.5 Å / 解像度の算出法: OTHER
ソフトウェア - 名称: Scipion, Xmipp, CTFFIND3, Relion
詳細: This map is a difference map of the MS2 virion (cryo-EM density map by SPA EMD-3403) and the capsid (178 copies of pbd entry 2MS2)
使用した粒子像数: 18977
最終 2次元分類クラス数: 5201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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