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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33426 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2 | ||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2 --- unsharpen | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Misfolded Tetrahymena Ribozyme / Topological Crossing / Cryo-EM / refolding / RNA | ||||||||||||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Li S / Palo M / Pintilie G / Zhang X / Su Z / Kappel K / Chiu W / Zhang K / Das R | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 5件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022 タイトル: Topological crossing in the misfolded ribozyme resolved by cryo-EM. 著者: Shanshan Li / Michael Z Palo / Grigore Pintilie / Xiaojing Zhang / Zhaoming Su / Kalli Kappel / Wah Chiu / Kaiming Zhang / Rhiju Das / 要旨: The group I intron has been a key system in the understanding of RNA folding and misfolding. The molecule folds into a long-lived misfolded intermediate (M) , which has been known to form extensive ...The group I intron has been a key system in the understanding of RNA folding and misfolding. The molecule folds into a long-lived misfolded intermediate (M) , which has been known to form extensive native-like secondary and tertiary structures but is separated by an unknown kinetic barrier from the native state (N). Here, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to resolve misfolded structures of the L-21 ScaI ribozyme. Maps of three M substates (M1, M2, M3) and one N state were achieved from a single specimen with overall resolutions of 3.5 Å, 3.8 Å, 4.0 Å, and 3.0 Å, respectively. Comparisons of the structures reveal that all the M substates are highly similar to N, except for rotation of a core helix P7 that harbors the ribozyme's guanosine binding site and the crossing of the strands J7/3 and J8/7 that connect P7 to the other elements in the ribozyme core. This topological difference between the M substates and N state explains the failure of 5'-splice site substrate docking in M, supports a topological isomer model for the slow refolding of M to N due to a trapped strand crossing, and suggests pathways for M-to-N refolding. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33426.map.gz | 31.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33426-v30.xml emd-33426.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33426.png | 54.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33426.cif.gz | 5 KB | ||
その他 | emd_33426_additional_1.map.gz emd_33426_half_map_1.map.gz emd_33426_half_map_2.map.gz | 59.8 MB 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33426 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33426 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33426_validation.pdf.gz | 688.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33426_full_validation.pdf.gz | 687.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33426_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33426_validation.cif.gz | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33426 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33426 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33426.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2 --- unsharpen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Cryo-EM structure of misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2...
ファイル | emd_33426_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2 --- sharpen | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_33426_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_33426_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2
全体 | 名称: Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2
超分子 | 名称: Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: RNA (388-MER)
分子 | 名称: RNA (388-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 125.402945 KDa |
配列 | 文字列: GGAGGGAAAA GUUAUCAGGC AUGCACCUGG UAGCUAGUCU UUAAACCAAU AGAUUGCAUC GGUUUAAAAG GCAAGACCGU CAAAUUGCG GGAAAGGGGU CAACAGCCGU UCAGUACCAA GUCUCAGGGG AAACUUUGAG AUGGCCUUGC AAAGGGUAUG G UAAUAAGC ...文字列: GGAGGGAAAA GUUAUCAGGC AUGCACCUGG UAGCUAGUCU UUAAACCAAU AGAUUGCAUC GGUUUAAAAG GCAAGACCGU CAAAUUGCG GGAAAGGGGU CAACAGCCGU UCAGUACCAA GUCUCAGGGG AAACUUUGAG AUGGCCUUGC AAAGGGUAUG G UAAUAAGC UGACGGACAU GGUCCUAACC ACGCAGCCAA GUCCUAAGUC AACAGAUCUU CUGUUGAUAU GGAUGCAGUU CA CAGACUA AAUGUCGGUC GGGGAAGAUG UAUUCUUCUC AUAAGAUAUA GUCGGACCUC UCCUUAAUGG GAGCUAGCGG AUG AAGUGA UGCAACACUG GAGCCGCUGG GAACUAAUUU GUAUGCGAAA GUAUAUUGAU UAGUUUUGGA GU GENBANK: GENBANK: X54512.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 42382 / 平均電子線量: 51.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |