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タイトルTopological crossing in the misfolded ribozyme resolved by cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 119, Issue 37, Page e2209146119, Year 2022
掲載日2022年9月13日
著者Shanshan Li / Michael Z Palo / Grigore Pintilie / Xiaojing Zhang / Zhaoming Su / Kalli Kappel / Wah Chiu / Kaiming Zhang / Rhiju Das /
PubMed 要旨The group I intron has been a key system in the understanding of RNA folding and misfolding. The molecule folds into a long-lived misfolded intermediate (M) , which has been known to form extensive ...The group I intron has been a key system in the understanding of RNA folding and misfolding. The molecule folds into a long-lived misfolded intermediate (M) , which has been known to form extensive native-like secondary and tertiary structures but is separated by an unknown kinetic barrier from the native state (N). Here, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to resolve misfolded structures of the L-21 ScaI ribozyme. Maps of three M substates (M1, M2, M3) and one N state were achieved from a single specimen with overall resolutions of 3.5 Å, 3.8 Å, 4.0 Å, and 3.0 Å, respectively. Comparisons of the structures reveal that all the M substates are highly similar to N, except for rotation of a core helix P7 that harbors the ribozyme's guanosine binding site and the crossing of the strands J7/3 and J8/7 that connect P7 to the other elements in the ribozyme core. This topological difference between the M substates and N state explains the failure of 5'-splice site substrate docking in M, supports a topological isomer model for the slow refolding of M to N due to a trapped strand crossing, and suggests pathways for M-to-N refolding.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:36067294 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.01 - 4.01 Å
構造データ

33425

7xsk

EMDB-33425, PDB-7xsk:
Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

33426

7xsl

EMDB-33426, PDB-7xsl:
Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

33427

7xsm

EMDB-33427, PDB-7xsm:
Misfolded Tetrahymena ribozyme conformation 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.01 Å

33428

7xsn

EMDB-33428, PDB-7xsn:
Native Tetrahymena ribozyme conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

由来
  • tetrahymena thermophila (真核生物)
キーワードRNA / Misfolded Tetrahymena Ribozyme / Topological Crossing / Cryo-EM / refolding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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