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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3228 | |||||||||
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タイトル | Sub-tomogram averaging in RELION | |||||||||
マップデータ | ab-initio reconstruction of the S. cerevisiae 80S ribosome using sub-tomogram averaging in RELION | |||||||||
試料 |
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キーワード | sub-tomogram averaging / RELION / regularized-likelihood / tomography / cryo-EM / ribosome | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bharat TAM / Scheres SHW | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Sub-tomogram averaging in RELION 著者: Bharat TAM / Scheres SHW | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3228.map.gz | 19.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3228-v30.xml emd-3228.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3228_ribosome_picture_EMDB.png | 98.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3228 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3228 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3228_validation.pdf.gz | 251.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3228_full_validation.pdf.gz | 251 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3228_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3228 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3228 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10045 (タイトル: Sub-tomogram averaging in RELION / Data size: 842.8 Data #1: Raw data and also processed datafor sub-tomogram averaging of S. cerevisiae 80S ribosomes [class averages]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3228.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ab-initio reconstruction of the S. cerevisiae 80S ribosome using sub-tomogram averaging in RELION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.17 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S. cervisiae 80 S ribosome
全体 | 名称: S. cervisiae 80 S ribosome |
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要素 |
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-超分子 #1000: S. cervisiae 80 S ribosome
超分子 | 名称: S. cervisiae 80 S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: S. cerevisiae 80S ribosome
超分子 | 名称: S. cerevisiae 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: Sacharomyces cerevisiae / 別称: Saccharomyces cerevisiae |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
グリッド | 詳細: 200 mesh Copper/Rhodium grid R 2/2 from Quantifoil with a extra thin layer of carbon deposited before sample application |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum Energy Filter エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
日付 | 2013年5月24日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |