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- EMDB-3217: In situ sub-tomogram average of the host-contact Chlamydia tracho... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3217
タイトルIn situ sub-tomogram average of the host-contact Chlamydia trachomatis type III secretion system
マップデータSub-tomogram average of Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)
試料
  • 試料: Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)
  • 細胞器官・細胞要素: Chlamydia trachomatis type III secretion system
キーワードinjectisome / type III secretion / T3SS
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 38.0 Å
データ登録者Nans A / Kudryashev M / Saibil HR / Hayward RD
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of a bacterial type III secretion system in contact with a host membrane in situ.
著者: Andrea Nans / Mikhail Kudryashev / Helen R Saibil / Richard D Hayward /
要旨: Many bacterial pathogens of animals and plants use a conserved type III secretion system (T3SS) to inject virulence effector proteins directly into eukaryotic cells to subvert host functions. Contact ...Many bacterial pathogens of animals and plants use a conserved type III secretion system (T3SS) to inject virulence effector proteins directly into eukaryotic cells to subvert host functions. Contact with host membranes is critical for T3SS activation, yet little is known about T3SS architecture in this state or the conformational changes that drive effector translocation. Here we use cryo-electron tomography and sub-tomogram averaging to derive the intact structure of the primordial Chlamydia trachomatis T3SS in the presence and absence of host membrane contact. Comparison of the averaged structures demonstrates a marked compaction of the basal body (4 nm) occurs when the needle tip contacts the host cell membrane. This compaction is coupled to a stabilization of the cytosolic sorting platform-ATPase. Our findings reveal the first structure of a bacterial T3SS from a major human pathogen engaged with a eukaryotic host, and reveal striking 'pump-action' conformational changes that underpin effector injection.
履歴
登録2015年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月18日-
マップ公開2015年12月16日-
更新2015年12月30日-
現状2015年12月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.84
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.84
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3217_sna...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3217.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.84 / ムービー #1: 3.84
最小 - 最大0.0 - 7.1382885
平均 (標準偏差)3.39157796 (±0.19868028)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 1382.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.45.45.4
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1382.4001382.4001382.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean0.0007.1383.392

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添付データ

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添付マップデータ: emd 3217 additional 1.map

ファイルemd_3217_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)

全体名称: Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)
要素
  • 試料: Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)
  • 細胞器官・細胞要素: Chlamydia trachomatis type III secretion system

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超分子 #1000: Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)

超分子名称: Chlamydia trachomatis type III secretion system (host-contact)
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Chlamydia trachomatis type III secretion system

超分子名称: Chlamydia trachomatis type III secretion system / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1
詳細: Type III secretion systems were imaged in contact with U2OS or HeLa cells grown directly on EM grids.
組換発現: No
由来(天然)生物種: Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

グリッド詳細: 200 mesh gold Quantifoil 3.5/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 6-10 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan Quantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2014年11月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 55 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.3 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -10.0 µm / 倍率（公称値）: 41000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt series - Axis1 - Min angle: -45 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Sub-tomograms were selected in IMOD and cropped in Dynamo. Alignment and averaging was carried out in Dynamo.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 38.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 196
CTF補正詳細: Each micrograph was phase-flipped in IMOD using the measured defocus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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