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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32099 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Streptavidin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu N / Zheng LM / Peng HL / Wang HW | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of Streptavidin 著者: Liu N / Zheng LM / Peng HL / Wang HW | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32099.map.gz | 6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32099-v30.xml emd-32099.xml | 11.6 KB 11.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_32099.png | 106.3 KB | ||
マスクデータ | emd_32099_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_32099_half_map_1.map.gz emd_32099_half_map_2.map.gz | 22.1 MB 22.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32099 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_32099_validation.pdf.gz | 576.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_32099_full_validation.pdf.gz | 575.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_32099_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_32099_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32099 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-32099 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gvkM M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32099.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5191 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_32099_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_32099_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_32099_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Streptavidin
全体 | 名称: Streptavidin |
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要素 |
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-超分子 #1: Streptavidin
超分子 | 名称: Streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 0.30000000000000004 nm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 260390 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |