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- EMDB-31605: Cryo-EM structure of cyanobacterial photosystem I in the presence... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31605
タイトルCryo-EM structure of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6
マップデータ3D refined map in C3 symmetry, which was used for model building and refinement.
試料
  • 複合体: Cryo-EM map of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6
    • 複合体: Photosystem I trimer
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 複合体: Ga-Substituted Ferredoxin
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
  • リガンド: x 11種
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Ferredoxin [2Fe-2S], plant / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ferredoxin-1 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit VIII ...Ferredoxin-1 / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I 4.8K protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア) / Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Li J / Kurisu G
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structure of cyanobacterial photosystem I complexed with ferredoxin at 1.97 Å resolution.
著者: Jiannan Li / Noriyuki Hamaoka / Fumiaki Makino / Akihiro Kawamoto / Yuxi Lin / Matthias Rögner / Marc M Nowaczyk / Young-Ho Lee / Keiichi Namba / Christoph Gerle / Genji Kurisu /
要旨: Photosystem I (PSI) is a light driven electron pump transferring electrons from Cytochrome c (Cyt c) to Ferredoxin (Fd). An understanding of this electron transfer process is hampered by a paucity of ...Photosystem I (PSI) is a light driven electron pump transferring electrons from Cytochrome c (Cyt c) to Ferredoxin (Fd). An understanding of this electron transfer process is hampered by a paucity of structural detail concerning PSI:Fd interface and the possible binding sites of Cyt c. Here we describe the high resolution cryo-EM structure of Thermosynechococcus elongatus BP-1 PSI in complex with Fd and a loosely bound Cyt c. Side chain interactions at the PSI:Fd interface including bridging water molecules are visualized in detail. The structure explains the properties of mutants of PsaE and PsaC that affect kinetics of Fd binding and suggests a molecular switch for the dissociation of Fd upon reduction. Calorimetry-based thermodynamic analyses confirms a single binding site for Fd and demonstrates that PSI:Fd complexation is purely driven by entropy. A possible reaction cycle for the efficient transfer of electrons from Cyt c to Fd via PSI is proposed.
履歴
登録2021年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月21日-
マップ公開2022年9月21日-
更新2022年9月28日-
現状2022年9月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31605.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D refined map in C3 symmetry, which was used for model building and refinement.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.806 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.024400305 - 0.089562714
平均 (標準偏差)-0.00020721252 (±0.002811805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 322.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_31605_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Post-process map in C3 symmetry. (Resolution: 1.97 A)

ファイルemd_31605_additional_1.map
注釈Post-process map in C3 symmetry. (Resolution: 1.97 A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Post-process map in C1 symmetry. (Resolution: 2.08 A)

ファイルemd_31605_additional_2.map
注釈Post-process map in C1 symmetry. (Resolution: 2.08 A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of 3D refine.

ファイルemd_31605_half_map_1.map
注釈Half map of 3D refine.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map of 3D refine.

ファイルemd_31605_half_map_2.map
注釈Half map of 3D refine.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM map of cyanobacterial photosystem I in the presence of fe...

全体名称: Cryo-EM map of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6
要素
  • 複合体: Cryo-EM map of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6
    • 複合体: Photosystem I trimer
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
    • 複合体: Ga-Substituted Ferredoxin
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
      • タンパク質・ペプチド: Ferredoxin-1
      • タンパク質・ペプチド: Photosystem I 4.8K protein
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: UNKNOWN LIGAND
  • リガンド: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: [2Ga-2S] cluster
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cryo-EM map of cyanobacterial photosystem I in the presence of fe...

超分子名称: Cryo-EM map of cyanobacterial photosystem I in the presence of ferredoxin and cytochrome c6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
詳細: Cytochrome C6 was not be built in model because of limited resolution
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
分子量実験値: 1.08 MDa

+
超分子 #2: Photosystem I trimer

超分子名称: Photosystem I trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#5, #7-#11
詳細: 12 subunits with 10x his-tag on N-ter of PsaF in each monomer.

+
超分子 #3: Ga-Substituted Ferredoxin

超分子名称: Ga-Substituted Ferredoxin / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6, #12-#13
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 83.267773 KDa
配列文字列: MTISPPEREP KVRVVVDNDP VPTSFEKWAK PGHFDRTLAR GPQTTTWIWN LHALAHDFDT HTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVVFIWLSG MYFHGAKFSN YEAWLADPTG IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQLWRA SGITNEFQLY C TAIGGLVM ...文字列:
MTISPPEREP KVRVVVDNDP VPTSFEKWAK PGHFDRTLAR GPQTTTWIWN LHALAHDFDT HTSDLEDISR KIFSAHFGHL AVVFIWLSG MYFHGAKFSN YEAWLADPTG IKPSAQVVWP IVGQGILNGD VGGGFHGIQI TSGLFQLWRA SGITNEFQLY C TAIGGLVM AGLMLFAGWF HYHKRAPKLE WFQNVESMLN HHLAGLLGLG SLAWAGHQIH VSLPINKLLD AGVAAKDIPL PH EFILNPS LMAELYPKVD WGFFSGVIPF FTFNWAAYSD FLTFNGGLNP VTGGLWLSDT AHHHLAIAVL FIIAGHMYRT NWG IGHSLK EILEAHKGPF TGAGHKGLYE VLTTSWHAQL AINLAMMGSL SIIVAQHMYA MPPYPYLATD YPTQLSLFTH HMWI GGFLV VGGAAHGAIF MVRDYDPAMN QNNVLDRVLR HRDAIISHLN WVCIFLGFHS FGLYVHNDTM RAFGRPQDMF SDTGI QLQP VFAQWVQNLH TLAPGGTAPN AAATASVAFG GDVVAVGGKV AMMPIVLGTA DFMVHHIHAF TIHVTVLILL KGVLFA RSS RLIPDKANLG FRFPCDGPGR GGTCQVSGWD HVFLGLFWMY NCISVVIFHF SWKMQSDVWG TVAPDGTVSH ITGGNFA QS AITINGWLRD FLWAQASQVI GSYGSALSAY GLLFLGAHFI WAFSLMFLFS GRGYWQELIE SIVWAHNKLK VAPAIQPR A LSIIQGRAVG VAHYLLGGIA TTWAFFLARI ISVG

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 83.123648 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAIAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW VSGSLFHVAW QGNFEQWVQD PVNTRPIAH AIWDPQFGKA AVDAFTQAGA SNPVDIAYSG VYHWWYTIGM RTNGDLYQGA IFLLILASLA LFAGWLHLQP K FRPSLSWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAIAMAHD FESHDGMTEE NLYQKIFASH FGHLAIIFLW VSGSLFHVAW QGNFEQWVQD PVNTRPIAH AIWDPQFGKA AVDAFTQAGA SNPVDIAYSG VYHWWYTIGM RTNGDLYQGA IFLLILASLA LFAGWLHLQP K FRPSLSWF KNAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLIHVA IPESRGQHVG WDNFLSTMPH PAGLAPFFTG NWGVYAQNPD TA SHVFGTA QGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDMAHHH LAIAVLFIVA GHMYRTQFGI GHSIKEMMDA KDFFGTKVEG PFN MPHQGI YETYNNSLHF QLGWHLACLG VITSLVAQHM YSLPPYAFIA QDHTTMAALY THHQYIAGFL MVGAFAHGAI FLVR DYDPA QNKGNVLDRV LQHKEAIISH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VVVAFGTPEK QILIEPVFAQ FIQAAHGKLL YGFDT LLSN PDSIASTAWP NYGNVWLPGW LDAINSGTNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTTLILVKG ALDARGSKLM PDKKDF GYA FPCDGPGRGG TCDISAWDAF YLAMFWMLNT IGWVTFYWHW KHLGVWEGNV AQFNESSTYL MGWLRDYLWL NSSQLIN GY NPFGTNNLSV WAWMFLFGHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETLVWAHERT PLANLVRWKD KPVALSIVQA RLVGLAHF S VGYILTYAAF LIASTAAKFG

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分子 #3: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.809207 KDa
配列文字列:
MAHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAGQIA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

+
分子 #4: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 15.389494 KDa
配列文字列:
MTTLTGQPPL YGGSTGGLLS AADTEEKYAI TWTSPKEQVF EMPTAGAAVM REGENLVYFA RKEQCLALAA QQLRPRKIND YKIYRIFPD GETVLIHPKD GVFPEKVNKG REAVNSVPRS IGQNPNPSQL KFTGKKPYDP

+
分子 #5: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.399485 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVKI LRPESYWYNE VGTVASVDQT PGVKYPVIVR FDKVNYTGYS GSASGVNTNN FALHEVQEVA PPKKGK

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 19.098062 KDa
組換発現生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
配列文字列:
HHHHHHHHHH MRRFLALLLV LTLWLGFTPL ASADVAGLVP CKDSPAFQKR AAAAVNTTAD PASGQKRFER YSQALCGEDG LPHLVVDGR LSRAGDFLIP SVLFLYIAGW IGWVGRAYLI AVRNSGEANE KEIIIDVPLA IKCMLTGFAW PLAALKELAS G ELTAKDNE ITVSPR

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.297234 KDa
配列文字列:
MMGSYAASFL PWIFIPVVCW LMPTVVMGLL FLYIEGEA

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.770698 KDa
配列文字列:
MKHFLTYLST APVLAAIWMT ITAGILIEFN RFYPDLLFHP L

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit PsaK

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 8.483983 KDa
配列文字列:
MVLATLPDTT WTPSVGLVVI LCNLFAIALG RYAIQSRGKG PGLPIALPAL FEGFGLPELL ATTSFGHLLA AGVVSGLQYA GAL

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 16.261685 KDa
配列文字列:
MAEELVKPYN GDPFVGHLST PISDSGLVKT FIGNLPAYRQ GLSPILRGLE VGMAHGYFLI GPWVKLGPLR DSDVANLGGL ISGIALILV ATACLAAYGL VSFQKGGSSS DPLKTSEGWS QFTAGFFVGA MGSAFVAFFL LENFSVVDGI MTGLFN

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 3.426115 KDa
配列文字列:
MALTDTQVYV ALVIALLPAV LAFRLSTELY K

+
分子 #12: Ferredoxin-1

分子名称: Ferredoxin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 10.853959 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MATYKVTLVR PDGSETTIDV PEDEYILDVA EEQGLDLPFS CRAGACSTCA GKLLEGEVDQ SDQSFLDDDQ IEKGFVLTCV AYPRSDCKI LTNQEEELY

+
分子 #13: Photosystem I 4.8K protein

分子名称: Photosystem I 4.8K protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 4.424317 KDa
組換発現生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
配列文字列:
MSTMATKSAK PTYAFRTFWA VLLLAINFLV AAYYFGILK

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #15: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 285 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #16: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 6 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE / フィロキノン

+
分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 9 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #18: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 72 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / β-カロチン

+
分子 #19: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 9 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

+
分子 #20: UNKNOWN LIGAND

分子名称: UNKNOWN LIGAND / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 51 / 式: UNL
分子量理論値: 40.078 Da
Chemical component information


化合物 画像なし

ChemComp-UNL:
Unknown ligand

+
分子 #21: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

分子名称: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: DGD
分子量理論値: 949.299 Da
Chemical component information

ChemComp-DGD:
DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

+
分子 #22: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

+
分子 #23: [2Ga-2S] cluster

分子名称: [2Ga-2S] cluster / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 3 / 式: GAK
分子量理論値: 203.576 Da
Chemical component information

ChemComp-GAK:
[2Ga-2S] cluster

+
分子 #24: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 348 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度30 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207142
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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