EMDB-31313: Beta-galactosidase on EG-grid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-31313

タイトル

Beta-galactosidase on EG-grid

マップデータ

試料

複合体: Beta-galactosidase
- タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase

キーワード

Beta-galactosidase / Hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

alkali metal ion binding / lactose catabolic process / beta-galactosidase complex / beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / carbohydrate binding / magnesium ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Fujita J / Makino F / Asahara H / Moriguchi M / Kumano S / Anzai I / Kishikawa J / Matsuura Y / Kato T / Namba K / Inoue T

資金援助

日本, 7件

Organization	Grant number	国
Japan Science and Technology	JPMJOP1861	日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)	16102003-0	日本
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO)	17101509-0	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP25000013	日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)	JP20K22630	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP19am0101117	日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)	JP17pc0101020	日本

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2023
タイトル: Epoxidized graphene grid for highly efficient high-resolution cryoEM structural analysis.
著者: Junso Fujita / Fumiaki Makino / Haruyasu Asahara / Maiko Moriguchi / Shota Kumano / Itsuki Anzai / Jun-Ichi Kishikawa / Yoshiharu Matsuura / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Tsuyoshi Inoue /

要旨: Functionalization of graphene is one of the most important fundamental technologies in a wide variety of fields including industry and biochemistry. We have successfully achieved a novel oxidative ...

履歴

登録	2021年5月17日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2022年5月25日	-
マップ公開	2022年5月25日	-
更新	2023年12月13日	-
現状	2023年12月13日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_31313.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_31313.map.gz	57.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-31313-v30.xml emd-31313.xml	21.7 KB 21.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_31313_fsc.xml	18.1 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_31313.png	195.6 KB
マスクデータ	emd_31313_msk_1.map	512 MB		マスクマップ
Filedesc metadata	emd-31313.cif.gz	5.8 KB
その他	emd_31313_additional_1.map.gz emd_31313_half_map_1.map.gz emd_31313_half_map_2.map.gz	327.4 MB 410.6 MB 410.6 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31313 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31313	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_31313_validation.pdf.gz	967 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_31313_full_validation.pdf.gz	966.6 KB	表示
XML形式データ	emd_31313_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	emd_31313_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31313 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31313	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	31310C 31311C 31312C 31314C 32159C 32160C 32161C 32162C 34106C 34743C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (23) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (22) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_31313.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.5 Å/pix. x 512 pix. = 253.44 Å	0.5 Å/pix. x 512 pix. = 253.44 Å	0.5 Å/pix. x 512 pix. = 253.44 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.495 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.015
最小 - 最大	-0.044968925 - 0.10958606
平均 (標準偏差)	0.0001134015 (±0.002761593)

対称性

空間群: 1

詳細

-
マスク #1

ファイル

emd_31313_msk_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: #1

ファイル

emd_31313_additional_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_31313_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_31313_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Beta-galactosidase

全体	名称: Beta-galactosidase
要素	複合体: Beta-galactosidase タンパク質・ペプチド: Beta-galactosidase

-
超分子 #1: Beta-galactosidase

超分子	名称: Beta-galactosidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The sample was purchased from SIGMA-Aldrich (Product code G5635).
由来(天然)	生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量	理論値: 466 KDa

-
分子 #1: Beta-galactosidase

分子	名称: Beta-galactosidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Escherichia coli
配列	文字列: MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEAV PESWLECDLP EADTVVVPSN WQMHGYDAPI YTNVTYPITV NPPFVPTENP TGCYSLTFNV DESWLQEGQT RIIFDGVNSA FHLWCNGRWV GYGQDSRLPS ...文字列: MTMITDSLAV VLQRRDWENP GVTQLNRLAA HPPFASWRNS EEARTDRPSQ QLRSLNGEWR FAWFPAPEAV PESWLECDLP EADTVVVPSN WQMHGYDAPI YTNVTYPITV NPPFVPTENP TGCYSLTFNV DESWLQEGQT RIIFDGVNSA FHLWCNGRWV GYGQDSRLPS EFDLSAFLRA GENRLAVMVL RWSDGSYLED QDMWRMSGIF RDVSLLHKPT TQISDFHVAT RFNDDFSRAV LEAEVQMCGE LRDYLRVTVS LWQGETQVAS GTAPFGGEII DERGGYADRV TLRLNVENPK LWSAEIPNLY RAVVELHTAD GTLIEAEACD VGFREVRIEN GLLLLNGKPL LIRGVNRHEH HPLHGQVMDE QTMVQDILLM KQNNFNAVRC SHYPNHPLWY TLCDRYGLYV VDEANIETHG MVPMNRLTDD PRWLPAMSER VTRMVQRDRN HPSVIIWSLG NESGHGANHD ALYRWIKSVD PSRPVQYEGG GADTTATDII CPMYARVDED QPFPAVPKWS IKKWLSLPGE TRPLILCEYA HAMGNSLGGF AKYWQAFRQY PRLQGGFVWD WVDQSLIKYD ENGNPWSAYG GDFGDTPNDR QFCMNGLVFA DRTPHPALTE AKHQQQFFQF RLSGQTIEVT SEYLFRHSDN ELLHWMVALD GKPLASGEVP LDVAPQGKQL IELPELPQPE SAGQLWLTVR VVQPNATAWS EAGHISAWQQ WRLAENLSVT LPAASHAIPH LTTSEMDFCI ELGNKRWQFN RQSGFLSQMW IGDKKQLLTP LRDQFTRAPL DNDIGVSEAT RIDPNAWVER WKAAGHYQAE AALLQCTADT LADAVLITTA HAWQHQGKTL FISRKTYRID GSGQMAITVD VEVASDTPHP ARIGLNCQLA QVAERVNWLG LGPQENYPDR LTAACFDRWD LPLSDMYTPY VFPSENGLRC GTRELNYGPH QWRGDFQFNI SRYSQQQLME TSHRHLLHAE EGTWLNIDGF HMGIGGDDSW SPSVSAEFQL SAGRYHYQLV WCQK UniProtKB: Beta-galactosidase

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

1.5 mg/mL

緩衝液

pH: 8
構成要素:

濃度	式
25.0 mM	HEPES
50.0 mM	NaCl
2.0 mM	MgCl₂
1.0 mM	TCEP

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE
詳細: The graphene grid was chemically oxidized and modified.

凍結

凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

詳細

Isopropyl-b-D-thiogalactopyranoside (IPTG) was supplemented to a final concentration of 5 mM.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	JEOL CRYO ARM 300
特殊光学系	エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 491997
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	想定した対称性 - 点群: D₂ (2回x2回 2面回転対称) アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 231395
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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