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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3108 | |||||||||
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タイトル | Structure of the mouse serotonin receptor 5-HT3 in lipid vesicles | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of the mouse 5-HT3 receptor in lipid vesicles by sub-tomogram averaging. | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential ...Neurotransmitter receptors and postsynaptic signal transmission / serotonin-gated monoatomic cation channel activity / serotonin-activated cation-selective channel complex / serotonin receptor signaling pathway / excitatory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / serotonin binding / inorganic cation transmembrane transport / cleavage furrow / transmembrane transporter complex / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 12.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kudryashev M / Castano-Diez D / Deluz C / Hassaine G / Graf-Meyer A / Vogel H / Stahlberg H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: The Structure of the Mouse Serotonin 5-HT3 Receptor in Lipid Vesicles. 著者: Mikhail Kudryashev / Daniel Castaño-Díez / Cédric Deluz / Gherici Hassaine / Luigino Grasso / Alexandra Graf-Meyer / Horst Vogel / Henning Stahlberg / 要旨: The function of membrane proteins is best understood if their structure in the lipid membrane is known. Here, we determined the structure of the mouse serotonin 5-HT3 receptor inserted in lipid ...The function of membrane proteins is best understood if their structure in the lipid membrane is known. Here, we determined the structure of the mouse serotonin 5-HT3 receptor inserted in lipid bilayers to a resolution of 12 Å without stabilizing antibodies by cryo electron tomography and subtomogram averaging. The reconstruction reveals protein secondary structure elements in the transmembrane region, the extracellular pore, and the transmembrane channel pathway, showing an overall similarity to the available X-ray model of the truncated 5-HT3 receptor determined in the presence of a stabilizing nanobody. Structural analysis of the 5-HT3 receptor embedded in a lipid bilayer allowed the position of the membrane to be determined. Interactions between the densely packed receptors in lipids were visualized, revealing that the interactions were maintained by the short horizontal helices. In combination with methodological improvements, our approach enables the structural analysis of membrane proteins in response to voltage and ligand gating. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3108.map.gz | 7.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3108-v30.xml emd-3108.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3108.tif | 327.3 KB | ||
マスクデータ | emd_3108_msk_1.map | 8 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3108 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3108 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3108_validation.pdf.gz | 270.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3108_full_validation.pdf.gz | 269.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3108_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3108 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3108 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10046 (タイトル: Cryo electron tomography of mouse 5-HT3 receptors in lipid vesicles Data size: 158.8 Data #1: Tilt series of the 5-HT3 receptors reconstituted to lipid vesicles [class averages]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3108.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of the mouse 5-HT3 receptor in lipid vesicles by sub-tomogram averaging. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.67 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-セグメンテーションマップ: mask for the final visualization, contains one pentamer
注釈 | mask for the final visualization, contains one pentamer | ||||||||||||
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ファイル | emd_3108_msk_1.map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mouse serotonin receptor 5-HT3
全体 | 名称: Mouse serotonin receptor 5-HT3 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Mouse serotonin receptor 5-HT3
超分子 | 名称: Mouse serotonin receptor 5-HT3 / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: pentamer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 理論値: 244 MDa |
-分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor
分子 | 名称: 5-hydroxytryptamine receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: 5-HT3 / 詳細: Protein reconstituted into lipid vesicles. / コピー数: 5 / 集合状態: pentamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 別称: Mouse / 細胞中の位置: Plasma membrane |
分子量 | 理論値: 244 MDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: T-REx-293 cells / 組換プラスミド: pcDNA5/TO |
配列 | UniProtKB: 5-hydroxytryptamine receptor 3A |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Cryo-preparation |
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グリッド | 詳細: Holey carbon grids |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 2 second before plunding |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: corrected at high magnification |
詳細 | tomograms acquired without the energy filtration |
日付 | 2013年12月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 実像数: 46 / 平均電子線量: 41 e/Å2 / 詳細: 46 tomograms were selected for processing |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 ° |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were automatically picked from the surface of the vesicles in CTF-corrected cryo-electron tomograms. After a rough alignment deep classification into 20 classes was performed including 4 neighbouring pentamers in the alignment mask. Finally the central pentamers from each class were cropped, aligned and averaged resulting in a final structure. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 16000 |
CTF補正 | 詳細: ctfplotter |
最終 3次元分類 | クラス数: 20 |