+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-30868 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | liver ribosome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Ribosome display vector pRDV (その他) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang JG / Zhang DY / Sun L / Ji G / Huang XJ / Niu TX / Xu JS / Ma CY / Zhu Y / Gao N ...Zhang JG / Zhang DY / Sun L / Ji G / Huang XJ / Niu TX / Xu JS / Ma CY / Zhu Y / Gao N / Xu W / Sun F | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021 タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen hydrated lamellae from tissue specimens for in situ cryo-electron tomography 著者: Zhang J / Zhang D / Sun L / Ji G / Huang X / Niu T / Xu J / Ma C / Zhu Y / Gao N / Xu W / Sun F | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_30868.map.gz | 4.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-30868-v30.xml emd-30868.xml | 7.5 KB 7.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_30868.png | 237.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-30868 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_30868_validation.pdf.gz | 326.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_30868_full_validation.pdf.gz | 326.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_30868_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_30868_validation.cif.gz | 7.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-30868 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10713 (タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen-hydrated lamella of tissue specimen for in situ cryo-electron tomography Data size: 112.1 Data #1: ungaligned multi-frame micrographs of ribosome [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_30868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 41.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : liver ribosome
全体 | 名称: liver ribosome |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: liver ribosome
超分子 | 名称: liver ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Ribosome display vector pRDV (その他) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 3.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 13 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 13 / 使用した粒子像数: 13 |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |