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万見
- EMDB-2842: Cryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-2842
タイトルCryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution
マップデータCryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution
試料
  • 試料: Tobacco Mosaic Virus
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)
キーワードtobacco mosaic virus / direct electron detectors / single particle helical reconstruction / high resolution
機能・相同性Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Tobacco mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Fromm SA / Bharat TAM / Jakobi AJ / Hagen WJH / Sachse C
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2015
タイトル: Seeing tobacco mosaic virus through direct electron detectors.
著者: Simon A Fromm / Tanmay A M Bharat / Arjen J Jakobi / Wim J H Hagen / Carsten Sachse /
要旨: With the introduction of direct electron detectors (DED) to the field of electron cryo-microscopy, a wave of atomic-resolution structures has become available. As the new detectors still require ...With the introduction of direct electron detectors (DED) to the field of electron cryo-microscopy, a wave of atomic-resolution structures has become available. As the new detectors still require comparative characterization, we have used tobacco mosaic virus (TMV) as a test specimen to study the quality of 3D image reconstructions from data recorded on the two direct electron detector cameras, K2 Summit and Falcon II. Using DED movie frames, we explored related image-processing aspects and compared the performance of micrograph-based and segment-based motion correction approaches. In addition, we investigated the effect of dose deposition on the atomic-resolution structure of TMV and show that radiation damage affects negative carboxyl chains first in a side-chain specific manner. Finally, using 450,000 asymmetric units and limiting the effects of radiation damage, we determined a high-resolution cryo-EM map at 3.35Å resolution. Here, we provide a comparative case study of highly ordered TMV recorded on different direct electron detectors to establish recording and processing conditions that enable structure determination up to 3.2Å in resolution using cryo-EM.
履歴
登録2014年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2014年12月24日-
マップ公開2014年12月24日-
更新2015年10月14日-
現状2015年10月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4udv
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4udv
  • 表面レベル: 1.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-4udv
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_2842.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_2842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 31.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of TMV at 3.35 A resolution
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 190 pix.
= 201.78 Å		1.06 Å/pix.
x 210 pix.
= 223.02 Å		1.06 Å/pix.
x 210 pix.
= 223.02 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.062 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.2 / ムービー #1: 1.2
最小 - 最大-3.42763209 - 5.53361225
平均 (標準偏差)0.01774475 (±0.73703128)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-105-105-95
サイズ210210190
Spacing210210190
セルA: 223.02 Å / B: 223.02 Å / C: 201.78001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0621.0621.062
M x/y/z210210190
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z223.020223.020201.780
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-105-105-95
NC/NR/NS210210190
D min/max/mean-3.4285.5340.018

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添付データ

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添付マップデータ: emd 2842 additional 1.map

ファイルemd_2842_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 2842 additional 2.map

ファイルemd_2842_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 2842 half map 1.map

ファイルemd_2842_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: emd 2842 half map 2.map

ファイルemd_2842_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tobacco Mosaic Virus

全体名称: Tobacco Mosaic Virus (ウイルス)
要素
  • 試料: Tobacco Mosaic Virus
  • ウイルス: Tobacco mosaic virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Tobacco Mosaic Virus

超分子名称: Tobacco Mosaic Virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was purified from infected leaves. / 集合状態: helical / Number unique components: 1
分子量理論値: 39.5 MDa

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超分子 #1: Tobacco mosaic virus

超分子名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: TMV / NCBI-ID: 12242 / 生物種: Tobacco mosaic virus / Sci species strain: vulgare / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: TMV
宿主生物種: Nicotiana tabacum (タバコ) / 別称: PLANTAE(HIGHER PLANTS)
分子量理論値: 39.5 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CP / 直径: 180 Å

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度11.0 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 50 mM NaPO4
グリッド詳細: Quantifoil 2/2 Cu 200 mesh grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 95 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
手法: Blot for 8 seconds with an offset of -2 mm ~30-45 seconds after sample application

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
アライメント法Legacy - 非点収差: CTFTILT
詳細Nanoprobe mode, dose rate ~41 e-/px/s on the camera level, fully automated acquisition using FEI EPU software
日付2013年10月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 109 / 平均電子線量: 30.7 e/Å2
詳細: each micrograph was recorded as a movie of 7 frames excluding the roll-in frame corresponding to 2 e-/A^2 accumulated dose which was discarded
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 131827 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Image processing was done using SPRING.
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 1.408 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 22.03 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPRING
詳細: final map was calculated only from frames 1-4 of each micrograph corresponding to an accumulated dose range of 2.0-18.4 e-/A^2
CTF補正詳細: CTFTILT (specific for each segment)
最終 角度割当詳細: SPIDER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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