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- EMDB-27249: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27249
タイトルYeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 1)
マップデータFull map
試料
  • 複合体: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 3)
    • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • RNA: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードRibonucleoprotein complex Mitochondria Biogenesis / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial small ribosomal subunit assembly / mitochondrial small ribosomal subunit / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / RNA splicing / methyltransferase activity / mRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...mitochondrial small ribosomal subunit assembly / mitochondrial small ribosomal subunit / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mitochondrial translation / RNA splicing / methyltransferase activity / mRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / small ribosomal subunit rRNA binding / rRNA binding / mitochondrial inner membrane / structural constituent of ribosome / translation / mitochondrion / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR ...Ribosomal protein S22, mitochondrial, budding yeast / Ribosomal protein S35, mitochondrial / Ribosomal protein Rsm22-like / : / Mitochondrial small ribosomal subunit Rsm22 / Eukaryotic mitochondrial regulator protein / IGR protein motif / Protein Fyv4 / IGR protein motif / IGR / PPR repeat family / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S12/S23 / S4 RNA-binding domain / S4 domain / RNA-binding S4 domain / RNA-binding S4 domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MRPS12 isoform 1 / Mitochondrial 15S rRNA processing factor CCM1 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Ribosome assembly protein RSM22, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS41 ...MRPS12 isoform 1 / Mitochondrial 15S rRNA processing factor CCM1 / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein uS4m / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS5m / Ribosome assembly protein RSM22, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS41 / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS45 / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS8m
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Burnside C / Harper N / Klinge S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Other private
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5T32GM136640-02 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Principles of mitoribosomal small subunit assembly in eukaryotes.
著者: Nathan J Harper / Chloe Burnside / Sebastian Klinge /
要旨: Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is ...Mitochondrial ribosomes (mitoribosomes) synthesize proteins encoded within the mitochondrial genome that are assembled into oxidative phosphorylation complexes. Thus, mitoribosome biogenesis is essential for ATP production and cellular metabolism. Here we used cryo-electron microscopy to determine nine structures of native yeast and human mitoribosomal small subunit assembly intermediates, illuminating the mechanistic basis for how GTPases are used to control early steps of decoding centre formation, how initial rRNA folding and processing events are mediated, and how mitoribosomal proteins have active roles during assembly. Furthermore, this series of intermediates from two species with divergent mitoribosomal architecture uncovers both conserved principles and species-specific adaptations that govern the maturation of mitoribosomal small subunits in eukaryotes. By revealing the dynamic interplay between assembly factors, mitoribosomal proteins and rRNA that are required to generate functional subunits, our structural analysis provides a vignette for how molecular complexity and diversity can evolve in large ribonucleoprotein assemblies.
履歴
登録2022年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月21日-
マップ公開2022年12月21日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27249.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27249.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Full map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.057 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.3
最小 - 最大-10.443467 - 27.062866
平均 (標準偏差)0.027765708 (±1.0685806)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 422.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27249_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_27249_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_27249_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 3)

全体名称: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 3)
要素
  • 複合体: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 3)
    • タンパク質・ペプチド: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Protein FYV4, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial
    • RNA: 15S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: uS12m
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 3)

超分子名称: Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 3)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 1.26 MDa

+
分子 #1: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase ...

分子名称: Probable S-adenosyl-L-methionine-dependent RNA methyltransferase RSM22, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 72.308328 KDa
配列文字列: MMKRCFSILP QNVRFSSKFT SLNLPKLDLA DFIDSNKRGI NVLPSYRDET ASTTQATNSK ELRLLSKTLQ GQSYRDQLEL NPDVSKAIN NNIMAVHIPN NLRRVATNYY KEIQEPNSLH RPCRTKMEVD AHIASIFLQN YGSIFQSLKE LQKRVGPDNF K PQRILDVG ...文字列:
MMKRCFSILP QNVRFSSKFT SLNLPKLDLA DFIDSNKRGI NVLPSYRDET ASTTQATNSK ELRLLSKTLQ GQSYRDQLEL NPDVSKAIN NNIMAVHIPN NLRRVATNYY KEIQEPNSLH RPCRTKMEVD AHIASIFLQN YGSIFQSLKE LQKRVGPDNF K PQRILDVG YGPATGIVAL NDILGPNYRP DLKDAVILGN AEMQERAKII LSRQLNEVVD TVEENVSTEK EQETDRRNKN FQ EDEHIGE VMTKKINIMT NLRSSIPASK EYDLIILTHQ LLHDGNQFPI QVDENIEHYL NILAPGGHIV IIERGNPMGF EII ARARQI TLRPENFPDE FGKIPRPWSR GVTVRGKKDA ELGNISSNYF LKVIAPCPHQ RKCPLQVGNP NFYTHKEGKD LKFC NFQKS IKRPKFSIEL KKGKLLATSW DGSQGNASRL KGTGRRNGRD YEILNYSYLI FERSHKDENT LKEIKKLRNE NVNGK YDIG SLGDDTQNSW PRIINDPVKR KGHVMMDLCA PSGELEKWTV SRSFSKQIYH DARKSKKGDL WASAAKTQIK GLGDLN VKK FHKLEKERIK QLKKEERQKA RKAMESYNEL EDSLQFDDHQ FSNFEVMKKL STFHGNDFLQ HVNRK

UniProtKB: Ribosome assembly protein RSM22, mitochondrial

+
分子 #2: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP13, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.045031 KDa
配列文字列: MGTITVVINE GPILLIRALH RATTNKKMFR STVWRRFAST GEIAKAKLDE FLIYHKTDAK LKPFIYRPKN AQILLTKDIR DPKTREPLQ PRPPVKPLSK QTLNDFIYSV EPNSTELLDW FKEWTGTSIR KRAIWTYISP IHVQKMLTAS FFKIGKYAHM V GLLYGIEH ...文字列:
MGTITVVINE GPILLIRALH RATTNKKMFR STVWRRFAST GEIAKAKLDE FLIYHKTDAK LKPFIYRPKN AQILLTKDIR DPKTREPLQ PRPPVKPLSK QTLNDFIYSV EPNSTELLDW FKEWTGTSIR KRAIWTYISP IHVQKMLTAS FFKIGKYAHM V GLLYGIEH KFLKAQNPSV FDIEHFFNTN IMCALHRNRL KDYKDAEIAQ RKLQVAWKKV LNRKNNTGLA NILVATLGRQ IG FTPELTG LQPVDISLPD IPNSSSGAEL KDLLSKYEGI YLIARTLLDI DQHNAQYLEL QEFIRQYQNA LSESSDPYDT HLK ALGLLE TPPPQESTEK EEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS27

+
分子 #3: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1

分子名称: Mitochondrial group I intron splicing factor CCM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 101.568547 KDa
配列文字列: MYMARCGPKN NVLCFPFQLS FLFSKRLINK RFKYTLQTED EKNMMGSLSK NKIITPEDVE FKLAQLREFS NTLKERIHNT KSVNSDGHQ SNSIAPISED SRNVNVTKTS SVPNEEKSKN LSDLIHSSFL EKMDHLVPKV IRERVADDDI LAKNLFDRSH S NWAPVIDR ...文字列:
MYMARCGPKN NVLCFPFQLS FLFSKRLINK RFKYTLQTED EKNMMGSLSK NKIITPEDVE FKLAQLREFS NTLKERIHNT KSVNSDGHQ SNSIAPISED SRNVNVTKTS SVPNEEKSKN LSDLIHSSFL EKMDHLVPKV IRERVADDDI LAKNLFDRSH S NWAPVIDR LYVSEKRFMD IDSREFSVWL NGTVKYLPFH SILHLDEMLL EQINGDVVKF NTHMYECIFN NLGNLKPTNF NQ DGTNDKV ILKMKELLER YDKALKITEE RINKKEGFPS KVPKMTQAIL NNCLKYSTKC SSFHDMDYFI TKFRDDYGIT PNK QNLTTV IQFYSRKEMT KQAWNTFDTM KFLSTKHFPD ICTYNTMLRI CEKERNFPKA LDLFQEIQDH NIKPTTNTYI MMAR VLASS SSNAVVSEGK SDSLRLLGWK YLHELEDKNL YRHKKDDLNL FLAMMALAAF DGDIELSRAL YYLFIAKKYK TLCAN WKGN ILVDQDTIWK STLMPEMLNY LMLAYARFDP RNLPVLSGYE KGIELRRKFL REFDSSMRLD DTDKLVKFKL PFLPIS DLN SEAQVLAESN AIWSFNMENG GTRNTLTSSN EAALEDIKKY RQLLDSFAQE AEDFNEFKFK VMYEVTKMQR ESINVNV FN KISLHTYLSI PINLKQQKEF LRRLTFFTFQ QHEFEAVIKR LYEGYRNIPS SHTRDQNSIS TEAISVSKPE TTEDLNLI M HDIWYITCLR HKIMMDTTLY ELVMKAAIEF QNEDLAKKVW NDRGKFRTTV PFLKMDQRIR IAKDQKFAHL MVEFFTKQG KYSDAIAIIL SSKNRFNWTY SMVRNLHKAL EEIEDRNSVE ILLDVVNKKS HAKALKWEEQ ELNM

UniProtKB: Mitochondrial 15S rRNA processing factor CCM1

+
分子 #4: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S28, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 33.116383 KDa
配列文字列: MSIVGRNAIL NLRISLCPLF MGKRSFVSSP VSNSAKAVKF LKAQRRKQKN EAKQATLKAS TDKVDPVLGR ADTPFITRIM AELKEPLVL SKGYNIEEVD KFLAAIESAK RERAELSGLN TEVVGIEDIE KLEDRREAIL RILSMRNSEN KNAIKMAVEL A RKEFERFP ...文字列:
MSIVGRNAIL NLRISLCPLF MGKRSFVSSP VSNSAKAVKF LKAQRRKQKN EAKQATLKAS TDKVDPVLGR ADTPFITRIM AELKEPLVL SKGYNIEEVD KFLAAIESAK RERAELSGLN TEVVGIEDIE KLEDRREAIL RILSMRNSEN KNAIKMAVEL A RKEFERFP GDTGSSEVQA ACMTVRIQNM ANHIKEHRKD FANTRNLRIL VQQRQAILRY LKRDNPEKYY WTIQKLGLND AA ITDEFNM DRRYMQDYEF FGDKILIRDS KKVANQKRKE IRKQKRATF

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15m

+
分子 #5: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.663011 KDa
配列文字列:
MTCGLVRIRL ARFGRKNSPV YNIVVANSRK ARDAKPIEVL GTYVPVPSPV TKRELKRGVV PIKDVKLDFD RTKYWIGVGA QPSETVTKL LRKAGILNDA WATSKNSNVN RKVVFERMET LE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16m

+
分子 #6: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.683986 KDa
配列文字列: MARQNFLGLV VSQGKMQKTV KVRVETKVFN KKINKELFHR RDYLVHDEGE ISREGDLVRI EATRPLSKRK FFAIAEIIRN KGQQFALYE SEAQLSVAKE EAQKAKEFLD KRSVRENKLN EKTTLLRDIR TIQDALSSGS TPKELLEIKQ RYGIQDFSQE T VRQLLQLD ...文字列:
MARQNFLGLV VSQGKMQKTV KVRVETKVFN KKINKELFHR RDYLVHDEGE ISREGDLVRI EATRPLSKRK FFAIAEIIRN KGQQFALYE SEAQLSVAKE EAQKAKEFLD KRSVRENKLN EKTTLLRDIR TIQDALSSGS TPKELLEIKQ RYGIQDFSQE T VRQLLQLD ISGLEVNLEK QRSLIDRIQT RLSELLSNDL KCDQFLKDHG VEDPLTLKKN IKKNLLRKHV MMDMQQPSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17m

+
分子 #7: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein RSM18, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.86649 KDa
配列文字列:
MQPIIKGAVS STFKRALYNF GIKEKKSVNI EMGRTQQTKK IDQSLSKKLP KGTIYDPFDF SMGRIHLDRK YQANKNSNRN DIMKSGANP LEFYARPRIL SRYVTSTGRI QHRDITGLSA KNQRRLSKAI RRCQAIGLM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18m

+
分子 #8: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein PET123, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 36.059281 KDa
配列文字列: MGKGAAKYGF KSGVFPTTRS ILKSPTTKQT DIINKVKSPK PKGVLGIGYA KGVKHPKGSH RLSPKVNFID VDNLIAKTVA EPQSIKSSN GSAQKVRLQK AELRRKFLIE AFRKEEARLL HKHEYLQKRT KELEKAKELE LEKLNKEKSS DLTIMTLDKM M SQPLLRNR ...文字列:
MGKGAAKYGF KSGVFPTTRS ILKSPTTKQT DIINKVKSPK PKGVLGIGYA KGVKHPKGSH RLSPKVNFID VDNLIAKTVA EPQSIKSSN GSAQKVRLQK AELRRKFLIE AFRKEEARLL HKHEYLQKRT KELEKAKELE LEKLNKEKSS DLTIMTLDKM M SQPLLRNR SPEESELLKL KRNYNRSLLN FQAHKKKLNE LLNLYHVANE FIVTESQLLK KIDKVFNDET EEFTDAYDVT SN FTQFGNR KLLLSGNTTL QTQINNAIMG SLSNEKFFDI SLVDSYLNKD LKNISNKIDS KLNPTSNGAG NNGNNNNTTN L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS26

+
分子 #9: Protein FYV4, mitochondrial

分子名称: Protein FYV4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.321684 KDa
配列文字列:
MIPSRISHKF PLFLRSSLAA PKAAYRFSST IPKPSDQVPD VDAFLNKIGR NCNELKDTFE NNWNNLFQWD SKILKEKGVN IQQRKYILK QVHNYRNNRP IHEIKLGKKS FFGGERKRKA FTAKWKAENK Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS41

+
分子 #10: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein NAM9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 56.450949 KDa
配列文字列: MPRKANLLKS LARGRVRTSF NKYNLFNLYK KGGVDLKSKS LYQQKWTAKQ ETRAYHGEHL TEKRWQTVFK PKLDSVAQLD ASLRGGEIK ETPFLLQTFA VLEKRLDFAL FRAMFASSVR QARQFILHGN VRVNGVKIKH PSYTLKPGDM FSVKPDKVLE A LGAKKPSF ...文字列:
MPRKANLLKS LARGRVRTSF NKYNLFNLYK KGGVDLKSKS LYQQKWTAKQ ETRAYHGEHL TEKRWQTVFK PKLDSVAQLD ASLRGGEIK ETPFLLQTFA VLEKRLDFAL FRAMFASSVR QARQFILHGN VRVNGVKIKH PSYTLKPGDM FSVKPDKVLE A LGAKKPSF QEALKIDKTQ IVLWNKYVKE AKTEPKEVWE KKLENFEKMS DSNPKKLQFQ EFLRQYNKNL ESQQYNALKG CT QEGILRK LLNVEKEIGK SNNEPLSIDE LKQGLPEIQD SQLLESLNNA YQEFFKSGEI RREIISKCQP DELISLATEM MNP NETTKK ELSDGAKSAL RSGKRIIAES VKLWTKNITD HFKTRMSDIS DGSLTFDPKW AKNLKYHDPI KLSELEGDEP KARK LINLP WQKNYVYGRQ DPKKPFFTPW KPRPFLSPFA ILPHHLEISF KTCHAVYLRD PVARPGQSEV ISPFDVPVHE RAYMY YLRN GK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4m

+
分子 #11: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 34.941102 KDa
配列文字列: MFKRQLSTSV RYLQHYDESL LSRYYPESLL KSIKLAQQTI PEDTKFRVSR NVEFAPPYLD DFTKIHPFWD YKPGMPHLHA QEENNNFSI FRWDQVQQPL PGEGNILPPG VSLPNDGGRK SKSADVAAGL HKQTGVDPDY ITRKLTMKPL VMKRVSNQTG K GKIASFYA ...文字列:
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UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5m

+
分子 #12: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein MRP17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.046702 KDa
配列文字列:
MLYELIGLVR ITNSNAPKLE AKELSSTIGK LIIQNRGVVR DIVPMGIRYL PKIMKKDQEK HFRAYHFLML FDSSAAVQSE ILRTLKKDP RVIRSSIVKV DLDKQLDRAS SLHRSLGKKS ILELVNEDYQ SI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6m

+
分子 #13: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S35, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 39.638172 KDa
配列文字列: MSYGLTGTSS KLRGTSSIFS WTQVRHFSRR RIAYPFYPFK KLGRQHPKKH DTNLKTAMRQ FLGPKNYKGE YVMNKYFTVP TNHVPNYIK PDLERGQSLE HPVTKKPLQL RYDGTLGPPP VENKRLQNIF KDRLLQPFPS NPHCKTNYVL SPQLKQSIFE E ITVEGLSA ...文字列:
MSYGLTGTSS KLRGTSSIFS WTQVRHFSRR RIAYPFYPFK KLGRQHPKKH DTNLKTAMRQ FLGPKNYKGE YVMNKYFTVP TNHVPNYIK PDLERGQSLE HPVTKKPLQL RYDGTLGPPP VENKRLQNIF KDRLLQPFPS NPHCKTNYVL SPQLKQSIFE E ITVEGLSA QQVSQKYGLK IPRVEAIVKL VSVENSWNRR NRVSSDLKTM DETLYRMFPV FDSDASFKRE NLSEIPVPQK TL ASRFLTI AESEPFGPVD AAHVLELEPA VETLRNLSTV GEHSSGHQQS TNKNTKVIYG ELVEGERSQY KFTNAKVGKV GYR YGSGNR DNKKDRRIGF NKLGQMVYI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS45

+
分子 #14: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial

分子名称: 37S ribosomal protein S8, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 17.496602 KDa
配列文字列:
MSLVKLANTC AHLQNCSKVR VALTSIPYTK LQLQFAYNLY QQGFLSSLQK GSTMGPDKDF VEVTPDNIST RRLWVGLKYR DNKPVLSSC KLISKPNSRI HLPMEDMKKL CSGVTIRNIK PLQPGELILV RAHNNIMDIN EAISKKLDGE VLCRVK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8m

+
分子 #16: uS12m

分子名称: uS12m / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.94874 KDa
配列文字列:
MLSRFMSNTW CTPLRQAQRL FSSTTTMQAT LNQIKRGSGP PRRKKISTAP QLDQCPQRKG VVLRVMVLKP KKPNSAQRKA CRVRLTNGN VVSAYIPGEG HDAQEHSIVY VRGGRCQDLP GVKYHVIRGA GDLSGVVNRI SSRSKYGAKK PSKS

UniProtKB: MRPS12 isoform 1

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分子 #15: 15S ribosomal RNA

分子名称: 15S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 549.234062 KDa
配列文字列: UUUUAUAUAA UAAUAAUAAU AUAUAUAUAU AUAUAUUAUU AUAUUAGUUA UAUAAUAAGG AAAAGUAAAA AAUUUAUAAG AAUAUGAUG UUGGUUCAGA UUAAGCGCUA AAUAAGGACA UGACACAUGC GAAUCAUACG UUUAUUAUUG AUAAGAUAAU A AAUAUGUG ...文字列:
UUUUAUAUAA UAAUAAUAAU AUAUAUAUAU AUAUAUUAUU AUAUUAGUUA UAUAAUAAGG AAAAGUAAAA AAUUUAUAAG AAUAUGAUG UUGGUUCAGA UUAAGCGCUA AAUAAGGACA UGACACAUGC GAAUCAUACG UUUAUUAUUG AUAAGAUAAU A AAUAUGUG GUGUAAACGU GAGUAAUUUU AUUAGGAAUU AAUGAACUAU AGAAUAAGCU AAAUACUUAA UAUAUUAUUA UA UAAAAAU AAUUUAUAUA AUAAAAAGGA UAUAUAUAUA AUAUAUAUUU AUCUAUAGUC AAGCCAAUAA UGGUUUAGGU AGU AGGUUU AUUAAGAGUU AAACCUAGCC AACGAUCCAU AAUCGAUAAU GAAAGUUAGA ACGAUCACGU UGACUCUGAA AUAU AGUCA AUAUCUAUAA GAUACAGCAG UGAGGAAUAU UGGACAAUGA UCGAAAGAUU GAUCCAGUUA CUUAUUAGGA UGAUA UAUA AAAAUAUUUU AUUUUAUUUA UAAAUAUUAA AUAUUUAUAA UAAUAAUAAU AAUAAUAUAU AUAUAUAAAU UGAUUA AAA AUAAAAUCCA UAAAUAAUUA AAAUAAUGAU AUUAAUUACC AUAUAUAUUU UUAUAUGGAU AUAUAUAUUA AUAAUAA UA UUAAUUUUAU UAUUAUUAAU AAUAUAUUUU AAUAGUCCUG ACUAAUAUUU GUGCCAGCAG UCGCGGUAAC ACAAAGAG G GCGAGCGUUA AUCAUAAUGG UUUAAAGGAU CCGUAGAAUG AAUUAUAUAU UAUAAUUUAG AGUUAAUAAA AUAUAAUUA AAGAAUUAUA AUAGUAAAGA UGAAAUAAUA AUAAUAAUUA UAAGACUAAU AUAUGUGAAA AUAUUAAUUA AAUAUUAACU GACAUUGAG GGAUUAAAAC UAGAGUAGCG AAACGGAUUC GAUACCCGUG UAGUUCUAGU AGUAAACUAU GAAUACAAUU A UUUAUAAU AUAUAUUAUA UAUAAAUAAU AAAUGAAAAU GAAAGUAUUC CACCUGAAGA GUACGUUAGC AAUAAUGAAA CU CAAAACA AUAGACGGUU ACAGACUUAA GCAGUGGAGC AUGUUAUUUA AUUCGAUAAU CCACGACUAA CCUUACCAUA UUU UGAAUA UUAUAAUAAU UAUUAUAAUU AUUAUAUUAC AGGCGUUACA UUGUUGUCUU UAGUUCGUGC UGCAAAGUUU UAGA UUAAG UUCAUAAACG AACAAAACUC CAUAUAUAUA AUUUUAAUUA UAUAUAAUUU UAUAUUAUUU AUUAAUAUAA AGAAA GGAA UUAAGACAAA UCAUAAUGAU CCUUAUAAUA UGGGUAAUAG ACGUGCUAUA AUAAAAUGAU AAUAAAAUUA UAUAAA AUA UAUUUAAUUA UAUUUAAUUA AUAAUAUAAA ACAUUUUAAU UUUUAAUAUA UUUUUUUAUU AUAUAUUAAU AUGAAUU AU AAUCUGAAAU UCGAUUAUAU GAAAAAAGAA UUGCUAGUAA UACGUAAAUU AGUAUGUUAC GGUGAAUAUU CUAACUGU U UCGCACUAAU CACUCAUCAC GCGUUGAAAC AUAUUAUUAU CUUAUUAUUU AUAUAAUAUU UUUUAAUAAA UAUUAAUAA UUAUUAAUUU AUAUUUAUUU AUAUCAGAAA UAAUAUGAAU UAAUGCGAAG UUGAAAUACA GUUACCGUAG GGGAACCUGC GGUGGGCUU AUAAAUAUCU UAAAUAUUCU UACA

GENBANK: GENBANK: CP059539.1

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分子 #17: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 29 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14111 / 平均電子線量: 61.73 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 64000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3286640
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab Initio (Cryosparc)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PHENIX (ver. 1.19) / 使用した粒子像数: 19720
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5mrc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8d8j:
Yeast mitochondrial small subunit assembly intermediate (State 1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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